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水稻日本晴和93-11基因组参考序列的质量分析

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水稻日本晴和93-11基因组参考序列的质量分析
论文目录
 
摘要第1-9页
Abstract第9-11页
缩略语表第11-12页
1 前言第12-32页
  1.1 全基因组测序发展综述第12-14页
    1.1.1 全基因组测序的提出和重要性第12-13页
    1.1.2 基因组测序的常见方法第13-14页
  1.2 DNA测序的方法发展第14-17页
    1.2.1 第一代测序方法第14-15页
    1.2.2 第二代测序方法第15-16页
    1.2.3 第三代测序方法第16-17页
  1.3 全基因组测序技术的发展第17-18页
  1.4 水稻研究的重要性第18-20页
  1.5 水稻的分类和特点第20页
  1.6 水稻全基因组测序的研究进展第20-26页
    1.6.1 水稻全基因组测序的发展第20-23页
    1.6.2 水稻全基因组测序存在的问题第23-26页
      1.6.2.1 水稻基因组中序列中的空缺第23页
      1.6.2.2 水稻基因组中序列中的组装错误第23-25页
      1.6.2.3 水稻基因组序列的测序质量第25-26页
  1.7 高质量的全基因组序列在生物研究中的重要性第26-27页
    1.7.1 全基因组序列对功能基因组学研究的重要性第26-27页
    1.7.2 全基因组序列对比较基因组学研究的重要性第27页
  1.8 完善全基因组序列的方法和进展第27-30页
  1.9 本研究的目的和意义第30-32页
2 材料与方法第32-41页
  2.1 实验材料第32-33页
    2.1.1 植物材料第32页
    2.1.2 BAC文库材料第32页
    2.1.3 指纹分析及BAC末端序列第32页
    2.1.4 水稻全基因组序列第32-33页
    2.1.5 物理图谱资源第33页
  2.2 BAC末端序列的比对分析第33页
  2.3 基因组DNA的提取第33-34页
  2.4 水稻BAC原位荧光杂交技术(BAC-FISH)第34-38页
    2.4.1 染色体切片制备第34页
    2.4.2 BAC克隆质粒提取第34-36页
    2.4.3 BAC探针的制备第36页
    2.4.4 荧光原位杂交实验第36-37页
      2.4.4.1 杂交第36-37页
      2.4.4.2 检测第37页
    2.4.5 镜检第37-38页
  2.5 基因组参考序列与物理图谱的比对分析第38页
  2.6 序列分析第38-41页
3 结果与分析第41-75页
  3.1 日本晴全基因组序列中组装错误的检测与修正第41-57页
    3.1.1 93-11和中花11物理图谱与同本晴序列比对中的反向匹配末端序列第41-44页
    3.1.2 日本晴物理图谱与日本晴序列比对中的反向匹配末端序列第44-46页
    3.1.3 含有反向匹配末段的双末端BAC克隆分析第46-49页
    3.1.4 对于可能存在组装错误区段的序列分析和点阵图分析第49-53页
    3.1.5 日本晴基因组序列中组装倒置错误的验证第53-55页
    3.1.6 日本晴中得到验证的组装倒置错误的纠正第55-57页
  3.2 日本晴基因组序列中空缺补缺资源的构建第57-68页
    3.2.1 日本晴基因组序列中的空缺分析第57-59页
    3.2.2 93-11、中花11、珍汕97、明恢63物理图谱与日本晴序列比对第59-60页
    3.2.3 不同水稻品种基因组比对分析中可以覆盖日本晴空缺的克隆和克隆群分析第60-66页
    3.2.4 覆盖日本晴基因组物理空缺的克隆的验证第66-68页
  3.3 93-11全基因组序列中存在的部分错误第68-75页
    3.3.1 93-11和日本晴全基因组序列与93-11物理图谱比对中有争议的BAC克隆第68-71页
    3.3.2 93-11物理图谱与日本晴和93-11全基因组序列比对中有争议的BAC克隆在93-11中的核型定位第71-75页
4 讨论第75-81页
  4.1 日本晴全基因组序列中组装错误产生的原因和类型分析第75-77页
  4.2 日本晴基因组序列中存在的潜在的拼装错误第77-78页
  4.3 日本晴基因组序列中空缺的闭合资源第78-79页
  4.4 93-11基因组序列中存在的组装错误第79页
  4.5 总结第79-81页
参考文献第81-90页
附录第90-107页
附录A 附表第90-106页
附录B 简历第106-107页
论文发表和投稿情况第107-108页
会议摘要第108-109页
致谢第109页

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