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单核细胞增生李斯特菌分子分型研究及CRISPR/Cas系统解析

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单核细胞增生李斯特菌分子分型研究及CRISPR/Cas系统解析
论文目录
 
摘要第1-7页
Abstract第7-10页
英文缩写词表第10-12页
目录第12-17页
第一章 绪论第17-42页
  1.1 食品工业中微生物安全问题第17-18页
  1.2 单核细胞增生李斯特菌食物中毒及流行病学特征第18-23页
    1.2.1 单增李斯特菌的生物学特性第19页
    1.2.2 L. monocytogenes 的致病力第19-20页
    1.2.3 L. monocytogenes 的耐药现状第20-21页
    1.2.4 L. monocytogenes 的流行情况第21-23页
  1.3 L. MONOCYTOGENES 污染源追溯的方法第23-30页
    1.3.1 用于 L. monocytogenes 的分型技术的研究进展第23-24页
    1.3.2 PFGE 分型技术第24-27页
    1.3.3 脂肪酸甲酯指纹图谱技术第27-30页
  1.4 微生物免疫防御系统——CRISPR/CAS 系统第30-40页
    1.4.1 CASS 系统的基本结构第31-34页
    1.4.2 CASS 系统的分类第34-35页
    1.4.3 CASS 系统的作用机制及生物学功能第35-38页
    1.4.4 CASS 系统的应用第38-40页
    1.4.5 L. monocytogenes CRISPR 领域的研究进展第40页
  1.5 本课题的研究意义及主要内容第40-42页
第二章 我国食品中 L. MONOCYTOGENES 的污染现状及致病能力第42-63页
  2.1 引言第42页
  2.2 实验材料第42-46页
    2.2.1 菌株来源第42-44页
    2.2.2 实验仪器第44页
    2.2.3 主要试剂第44-45页
    2.2.4 培养基和溶液配制第45-46页
  2.3 实验方法第46-50页
    2.3.1 我国常见食品中食源性致病菌污染情况分析第46-47页
    2.3.2 L. monocytogenes 血清型及进化谱系分析第47-50页
    2.3.3 统计分析第50页
  2.4 实验结果与讨论第50-61页
    2.4.1 我国常见零售食品中主要食源性致病菌的污染情况第50-53页
    2.4.2 不同地区 L. monocytogenes 污染情况比较第53-55页
    2.4.3 不同种类的食品中 L. monocytogenes 污染情况比较第55-57页
    2.4.4 L. monocytogenes 食品分离株的血清型及谱系分析第57-61页
  2.5 本章小结第61-63页
第三章 L. MONOCYTOGENES 耐药表型及分子机制的研究第63-80页
  3.1 引言第63-64页
  3.2 实验材料第64-66页
    3.2.1 实验菌株第64页
    3.2.2 质控菌株第64页
    3.2.3 实验仪器第64页
    3.2.4 主要试剂及药敏纸片第64-65页
    3.2.5 培养基及溶液配制第65-66页
  3.3 实验方法第66-73页
    3.3.1 耐药表型检测第66-71页
    3.3.2 耐药基因的检测第71-73页
  3.4 实验结果与讨论第73-79页
    3.4.1 抗生素的选择第73-74页
    3.4.2 药敏实验结果第74-76页
    3.4.3 耐药性与食品来源的相关性分析第76-77页
    3.4.4 耐药性与血清型的相关性分析第77-78页
    3.4.5 耐药基因检测结果与分析第78-79页
  3.5 本章小结第79-80页
第四章 L.MONOCYTOGENES 的基因指纹图谱分析第80-94页
  4.1 引言第80页
  4.2 实验材料第80-83页
    4.2.1 实验菌株第80页
    4.2.2 实验仪器第80-81页
    4.2.3 主要试剂第81-82页
    4.2.4 培养基和溶液配制第82-83页
  4.3 实验流程第83-84页
  4.4 实验方法第84-88页
    4.4.1 胶块的制备第84-85页
    4.4.2 细胞的裂解第85页
    4.4.3 洗胶块第85-86页
    4.4.4 胶块内 DNA 的酶切第86页
    4.4.5 制备 SKG 琼脂糖大胶、上样第86-87页
    4.4.6 电泳第87页
    4.4.7 染色及图像保存第87-88页
    4.4.8 结果分析第88页
  4.5 实验结果与分析第88-93页
    4.5.1 限制性内切酶的选择第88页
    4.5.2 L. monocytogenes 食品分离株的同源性分析第88-91页
    4.5.3 PFGE 型别与菌株来源的关系第91-92页
    4.5.4 四环素耐药株同源性分析第92-93页
  4.6 本章小结第93-94页
第五章 L. MONOCYTOGENES 脂肪酸分析第94-108页
  5.1 引言第94页
  5.2 实验材料第94-97页
    5.2.1 实验菌株第94页
    5.2.2 实验仪器第94-95页
    5.2.3 主要试剂第95页
    5.2.4 培养基和主要试剂配制第95-97页
  5.3 实验流程第97页
  5.4 实验方法第97-99页
    5.4.1 脂肪酸的提取第97-98页
    5.4.2 脂肪酸的检测——气象色谱第98-99页
    5.4.3 数据分析第99页
  5.5 实验结果第99-104页
    5.5.1 脂肪酸分析方法在种水平上对 LM 的判别能力第99页
    5.5.2 L.monocytogenes 的脂肪酸成分第99页
    5.5.3 不同血清型的菌株间各脂肪酸组分含量水平的比较第99-101页
    5.5.4 聚类分析第101-104页
  5.6 讨论第104-106页
  5.7 本章小结第106-108页
第六章 L. MONOCYTOGENES CRISPR 系统的解析第108-148页
  6.1 引言第108-109页
  6.2 实验材料第109-113页
    6.2.1 实验菌株第109-110页
    6.2.2 实验仪器第110页
    6.2.3 主要试剂第110-111页
    6.2.4 培养基和溶液配制第111-113页
  6.3 实验方法第113-123页
    6.3.1 基因组及 CRISPR 的获得第113页
    6.3.2 CRISPR 结构基因座位的确定第113-114页
    6.3.3 DNA 模板的制备(CTAB 法)第114页
    6.3.4 CRISPR loci 序列的 PCR 扩增第114-116页
    6.3.5 将 PCR 扩增的 CRISPR loci 片段插入质粒载体第116-119页
    6.3.6 CRISPR loci 序列的测定第119-121页
    6.3.7 CRISPR loc 序列拼接第121-122页
    6.3.8 生物信息学分析第122页
    6.3.9 统计分析第122-123页
  6.4 实验结果与讨论第123-146页
    6.4.1 L. monocytogenes CRISPR-Cas 系统的基因座位第123-125页
    6.4.2 河北省食品分离株 CRISPR 位点的 PCR 检测第125-126页
    6.4.3 L. monocytogenes CRISPR 基本结构特征及活力第126-130页
    6.4.4 repeat-spacer 阵列排布及菌株趋异进化第130-134页
    6.4.5 L. monocytogenes CRISPR 结构的谱系特异性与基因分型第134-136页
    6.4.6 L.monocytogenes CRISPR-Cas 系统的功能第136-141页
    6.4.7 不同菌株 CRISPR LMb 位点的异同第141-146页
  6.5 本章小结第146-148页
结论与展望第148-150页
结论第148-149页
创新之处第149页
展望第149-150页
参考文献第150-170页
附录第170-192页
攻读博士学位期间取得的研究成果第192-194页
致谢第194-195页
附件第195页

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