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奶牛链球菌型乳腺炎乳腺组织基因表达与microRNA分析及miR-122对EPO和JAK-STAT通路靶向调控

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奶牛链球菌型乳腺炎乳腺组织基因表达与microRNA分析及miR-122对EPO和JAK-STAT通路靶向调控
论文目录
 
摘要第1-5页
Abstract第5-8页
缩略词索引表第8-16页
第一章 文献综述第16-39页
前言第16页
1 奶牛乳腺炎的研究进展第16-21页
  1.1 奶牛乳腺炎的致病因素第16页
  1.2 奶牛乳腺炎的类型及特征第16-17页
  1.3 奶牛乳腺炎的诊断第17-18页
    1.3.1 临床诊断第17页
    1.3.2 实验室诊断第17-18页
  1.4 奶牛乳腺炎对奶牛业的影响第18-19页
  1.5 奶牛乳腺的防御反应第19页
  1.6 奶牛乳腺炎的治疗第19-20页
    1.6.1 抗生素及中草药第19-20页
    1.6.2 抗性基因第20页
  1.7 链球菌型乳腺炎研究进展第20-21页
    1.7.1 链球菌简介第20-21页
    1.7.2 链球菌型乳腺炎第21页
    1.7.3 链球菌型乳腺炎动物模型第21页
2 miRNA的研究进展第21-26页
  2.1 miRNA的生物学合成第21-22页
  2.2 miRNA的作用机制第22-23页
  2.3 miRNA的鉴定第23页
  2.4 miRNA的功能研究第23-25页
    2.4.1 miRNA靶基因的预测第23-24页
    2.4.2 miRNA靶基因的验证第24-25页
  2.5 miRNA与乳腺炎第25页
  2.6 miR-122第25-26页
3 JAK-STAT信号通路第26-29页
  3.1 JAK-STAT通路简介第26-27页
  3.2 JAK-STAT通路与免疫调节第27页
  3.3 miRNA与JAK-STAT通路第27-28页
  3.4 EPO与JAK-STAT通路第28-29页
4 原代乳腺上皮细胞培养研究进展第29页
  4.1 原代乳腺上皮细胞培养概述第29页
  4.2 原代乳腺上皮细胞培养方法比较第29页
5 本研究的目的与意义第29-30页
参考文献第30-39页
第二章 奶牛链球菌型乳腺炎乳腺组织基因表达分析第39-55页
1 材料与方法第39-42页
  1.1 试验动物第39页
  1.2 菌种复苏第39页
  1.3 主要试剂与仪器设备第39-40页
  1.4 奶牛链球菌型乳腺炎模型的建立第40页
  1.5 组织样品的采集第40页
  1.6 样品芯片分析前处理第40-42页
    1.6.1 总RNA的提取第40-41页
    1.6.2 总RNA的纯化第41页
    1.6.3 cDNA第一链和第二链一步法合成第41页
    1.6.4 荧光标记cRNA合成与纯化第41-42页
    1.6.5 cRNA样品片段化和芯片杂交、洗涤及扫描第42页
    1.6.6 表达谱芯片数据分析第42页
2 结果第42-51页
  2.1 奶牛链球菌型乳腺炎模型建立第42-43页
  2.2 样品总RNA质控第43页
  2.3 基因芯片杂交扫描第43-44页
  2.4 基因芯片数据处理第44-45页
  2.5 差异表达基因第45-49页
  2.6 差异表达基因KEGG分析第49-51页
3 讨论第51-52页
  3.1 奶牛链球菌型乳腺炎模型的建立第51-52页
  3.2 基因芯片差异表达基因与奶牛乳腺炎的相关研究第52页
4 小结第52-53页
参考文献第53-55页
第三章 奶牛链球菌型乳腺炎乳腺组织microRNA表达分析第55-75页
1 材料和方法第55-60页
  1.1 试验动物及链球菌型乳腺炎诱导第55页
  1.2 样品采集及总RNA的提取与纯化第55页
  1.3 Solexa测序构建小RNA文库第55-56页
  1.4 测序结果生物信息学分析第56-59页
    1.4.1 小RNA长度分布第57页
    1.4.2 样品间小RNA公共及特有序列分析第57页
    1.4.3 小RNA序列比对注释第57页
    1.4.4 已知miRNA鉴定与新的miRNA预测第57-58页
    1.4.5 miRNA差异分析第58页
    1.4.6 miRNA靶基因预测分析第58页
    1.4.7 GO富集分析第58-59页
    1.4.8 KEGG通路分析第59页
  1.5 部分差异表达miRNA荧光定量验证第59-60页
    1.5.1 miRNA反转录为cDNA第59-60页
    1.5.2 荧光定量反应第60页
2 结果第60-70页
  2.1 数据处理及长度分布第60-62页
  2.2 样品间小RNA公共及特有序列分析第62-63页
  2.3 小RNA序列比对注释第63-65页
  2.4 候选miRNA的预测第65页
  2.5 miRNA的差异分析第65-68页
  2.6 miRNA荧光定量验证第68页
  2.7 对已知差异miRNA的靶基因预测及GO分析和KEGG分析第68-70页
3 讨论第70-71页
4 小结第71页
参考文献第71-75页
第四章 Bta-miR-122靶向EPO的双荧光素酶验证第75-87页
1 材料与方法第75-81页
  1.1 主要仪器、试剂和材料第75-76页
  1.2 牛EPO基因野生型重组载体构建第76-79页
    1.2.1 奶牛乳腺组织RNA的提取第76页
    1.2.2 EPO基因3'UTR片段的PCR扩增及纯化第76-78页
    1.2.3 PCR产物的双酶切及回收纯化与连接第78页
    1.2.4 转化第78页
    1.2.5 菌落PCR鉴定第78-79页
    1.2.6 PCR产物测序第79页
  1.3 牛EPO基因突变型载体构建第79-80页
    1.3.1 突变分段PCR第79页
    1.3.2 突变两段拼接第79-80页
    1.3.3 拼接后PCR双酶切、回收纯化及连接第80页
    1.3.4 菌落扩大培养提取质粒第80页
  1.4 293T细胞转染第80-81页
  1.5 数据处理和分析第81页
2 结果与分析第81-84页
  2.1 EPO基因3'UTR PCR扩增第81-82页
  2.2 菌落PCR产物电泳结果第82页
  2.3 阳性克隆测序结果第82-83页
  2.4 野生型载体突变第83页
  2.5 miR-122与EPO 3'UTR靶位点双荧光素酶报告基因的检测结果第83-84页
3 讨论第84-85页
  3.1 miRNA靶基因的预测与鉴定第84-85页
  3.2 miR-122靶向调控EPO基因第85页
4 小结第85页
参考文献第85-87页
第五章 奶牛原代乳腺上皮细胞培养方法的建立及细胞转染条件的优化第87-100页
1 材料与方法第87-91页
  1.1 主要仪器设备与试剂第87-88页
  1.2 奶牛乳腺上皮细胞原代培养第88页
  1.3 乳腺上皮细胞的纯化与传代第88页
  1.4 乳腺上皮细胞形态观察第88页
  1.5 乳腺上皮细胞的生长计数第88-89页
  1.6 乳腺上皮细胞的冻存与复苏第89页
  1.7 乳腺上皮细胞β酪蛋白基因(CSN2)表达检测第89-91页
  1.8 转染条件的优化第91页
2 结果第91-95页
  2.1 乳腺上皮细胞原代培养第91-93页
  2.2 乳腺上皮细胞形态观察第93页
  2.3 乳腺上皮细胞生长曲线第93-94页
  2.4 β酪蛋白基因(CSN2)荧光定量产物电泳结果第94页
  2.5 不同转染浓度和转染试剂量组合的转染效果比较第94-95页
3 讨论第95-97页
  3.1 乳腺上皮细胞体外培养第95-97页
  3.2 细胞转染影响因素第97页
4 小结第97-98页
参考文献第98-100页
第六章 miR-122过表达和抑制表达对EPO及JAK-STAT通路部分基因的表达影响第100-109页
1 材料与方法第100-102页
  1.1 仪器与试剂第100页
  1.2 miR-122 mimic和miR-122 inhibitor转染细胞第100-101页
  1.3 乳腺上皮细胞转染miR-122mimic后miR-122的表达检测第101-102页
    1.3.1 细胞miRNA的反转录第101页
    1.3.2 miR-122的表达实时荧光定量反应第101-102页
  1.4 EPO、EPOR、JAK2、STAT5A、STAT5B、Bcl-2基因的实时荧光定量反应第102页
  1.5 数据处理和分析第102页
2 结果与分析第102-104页
  2.1 乳腺上皮细胞转染mimic后miR-122的表达变化第102-103页
  2.2 miR-122过表达对EPO及JAK-STAT通路基因EPOR、JAK2、STAT5A、STAT5B、Bcl-2表达的影响第103-104页
  2.3 miR-122抑制表达对EPO及JAK-STAT通路基因EPOR、JAK2、STAT5A、STAT5B、Bcl-2表达的影响第104页
3 讨论第104-106页
  3.1 JAK-STAT通路与乳腺的关系第104页
  3.2 JAK-STAT通路基因与免疫的关系第104-105页
  3.3 miRNA与JAK-STAT通路的调控关系第105页
  3.4 miR-122靶向调控JAK-STAT通路的意义第105-106页
4 小结第106页
参考文献第106-109页
第七章 全文结论及创新点第109-110页
1 结论第109页
2 创新点第109-110页
致谢第110-111页
博士期间发表论文第111-112页

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