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基于转录组和miRNAs分析中华绒螯蟹促雄腺的相关基因及其调控机制
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基于转录组和miRNAs分析中华绒螯蟹促雄腺的相关基因及其调控机制
论文目录
 
符号说明第1-10页
中文摘要第10-12页
Abstract第12-15页
1 前言第15-34页
　　1.1 甲壳类动物的性别决定第16-20页
　　　　1.1.1 遗传型性别决定第17-18页
　　　　1.1.2 多基因型性别决定第18-19页
　　　　1.1.3 环境因素对性别决定的影响第19-20页
　　　　1.1.4 胞质因子对性别决定的影响第20页
　　1.2 甲壳类动物的性别分化第20-22页
　　　　1.2.1 端足目的性别分化第21页
　　　　1.2.2 十足目的性别分化第21-22页
　　1.3 促雄腺在性别分化中的作用第22-26页
　　　　1.3.1 促雄腺的发现第22-23页
　　　　1.3.2 促雄腺在雄性性别分化中的作用第23-24页
　　　　1.3.3 胰岛素样促雄腺激素第24-25页
　　　　1.3.4 胰岛素样促雄腺激素的分离第25页
　　　　1.3.5 Mr-IAG基因沉默第25-26页
　　1.4 甲壳动物的生殖发育调控第26-32页
　　　　1.4.1 甲壳动物的生殖系统第26-27页
　　　　1.4.2 神经肽的对甲壳动物的生殖调控第27-29页
　　　　1.4.3 促雄腺激素对雄性甲壳动物的生殖调控第29-30页
　　　　1.4.4 神经递质对生殖的调控第30-31页
　　　　1.4.5 阿片肽对甲壳动物的生殖调控第31-32页
　　　　1.4.6 MF对甲壳动物的生殖调控第32页
　　1.5 主要研究内容与技术路线第32-33页
　　1.6 论文研究的目的和意义第33-34页
2 材料与方法第34-51页
　　2.1 试验材料第34-37页
　　　　2.1.1 试验动物第34页
　　　　2.1.2 试剂和仪器第34-37页
　　2.2 试验方法第37-51页
　　　　2.2.1 总RNA的提取及质量检测第37页
　　　　2.2.2 cDNA文库制备与测序第37页
　　　　2.2.3 表达量注释分析第37-38页
　　　　2.2.4 差异表达分析第38-39页
　　　　2.2.5 实时定量PCR验证第39-40页
　　　　2.2.6 Es-IAG片段的3'RACE扩增第40-41页
　　　　2.2.7 Es-IAG片段的5'RACE扩增第41-42页
　　　　2.2.8 PCR产物胶回收第42页
　　　　2.2.9 连接T载体第42页
　　　　2.2.10 转化感受态细胞及阳性克隆筛选第42-43页
　　　　2.2.11 Es-IAG基因的生物信息学分析第43页
　　　　2.2.12 荧光定量PCR第43-44页
　　　　2.2.13 不同发育时期Es-IAG表达分析第44页
　　　　2.2.14 SiRNA体内干扰Es-IAG实验第44-45页
　　　　2.2.15 干扰结果分析第45页
　　　　2.2.16 总RNA的质量检测第45页
　　　　2.2.17 small RNA cDNA文库构建及测序第45-47页
　　　　2.2.18 smallRNA测序原始数据分析第47-48页
　　　　2.2.19 鉴定miRNA第48-49页
　　　　2.2.20 miRNA差异表达第49页
　　　　2.2.21 miRNA靶基因预测第49页
　　　　2.2.22 miRNA靶基因GO分析第49-50页
　　　　2.2.23 miRNA靶基因KEGG Pathway分析第50页
　　　　2.2.24 以Es-IAG为靶基因的miRNA分析第50-51页
3 结果与分析第51-76页
　　3.1 中华绒螯蟹比较转录组分析结果第51-58页
　　　　3.1.1 序列聚类第51页
　　　　3.1.2 序列功能注释第51-53页
　　　　3.1.3 差异表达分析第53-55页
　　　　3.1.4 性别发育相关基因筛选第55页
　　　　3.1.5 调控通路分析第55-58页
　　　　3.1.6 测序结果验证第58页
　　3.2 Es-IAG基因的克隆、表达及干扰结果第58-67页
　　　　3.2.1 Es-IAG基因特征分析第58-60页
　　　　3.2.2 Es-IAG氨基酸序列分析第60-62页
　　　　3.2.3 IAG氨基酸序列的系统进化分析第62-64页
　　　　3.2.4 中华绒螯蟹不同发育阶段Es-IAG的表达分析第64-65页
　　　　3.2.5 siRNA干扰结果第65-67页
　　3.3 中华绒螯蟹small RNA分析结果第67-76页
　　　　3.3.1 测序质量评估第67-68页
　　　　3.3.2 数据质量及长度分布第68-69页
　　　　3.3.3 基因组比对第69-70页
　　　　3.3.4 已知miRNA比对第70页
　　　　3.3.5 small RNA分类注释第70-71页
　　　　3.3.6 新miRNA预测第71页
　　　　3.3.7 已知miRNA和新miRNA的靶基因预测第71-72页
　　　　3.3.8 miRNA差异表达分析第72页
　　　　3.3.9 靶基因分析第72-73页
　　　　3.3.10 靶基因GO分析与通路分析第73-75页
　　　　3.3.11 miRNA筛选第75-76页
4 讨论第76-85页
　　4.1 差异表达基因及相关通路分析第77-82页
　　　　4.1.1 核糖体通路分析第77页
　　　　4.1.2 性别分化相关基因分析第77-79页
　　　　4.1.3 精子发生相关差异表达基因第79-80页
　　　　4.1.4 胰岛素信号通路分析第80-81页
　　　　4.1.5 具神经活性配体受体相互作用第81-82页
　　4.2 不同发育时期Es-IAG基因分析第82-84页
　　　　4.2.1 Es-IAG基因进化的保守性第82-83页
　　　　4.2.2 中华绒螯蟹性别分化期第83页
　　　　4.2.3 RNAi效率及意义第83-84页
　　4.3 性别发育相关miRNA第84-85页
5 结论第85-87页
参考文献第87-99页
致谢第99页

本篇论文共99页，点击这进入下载页面。
 
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