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陆地棉早熟与产量纤维品质性状的全基因组关联分析及候选基因筛选

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陆地棉早熟与产量纤维品质性状的全基因组关联分析及候选基因筛选
论文目录
 
摘要第1-7页
Abstract第7-13页
第一章 文献综述第13-24页
  1.1 陆地棉早熟与产量纤维品质性状的研究概述第13-15页
    1.1.1 我国棉花的生产现状及存在的问题第13-14页
    1.1.2 陆地棉的早熟、优质、高产等育种目标性状第14页
    1.1.3 早熟、产量和纤维品质性状间的相互关系第14-15页
  1.2 单核苷酸多态性的检测第15-17页
    1.2.1 SNP标记概述第15页
    1.2.2 利用基因芯片技术检测SNPs第15页
    1.2.3 利用简化基因组测序检测SNPs第15-16页
    1.2.4 利用高通量全基因组重测序检测SNPs第16-17页
  1.3 作物数量性状遗传基础的解析方法第17-21页
    1.3.1 连锁分析第17-18页
    1.3.2 关联分析第18-20页
    1.3.3 连锁与关联的联合分析第20-21页
  1.4 陆地棉早熟与产量纤维品质性状遗传基础解析的进展第21-23页
    1.4.1 早熟相关性状QTLs第21页
    1.4.2 产量构成性状QTLs第21-22页
    1.4.3 纤维品质构成性状QTLs第22-23页
  1.5 本研究的目的和意义第23-24页
第二章 陆地棉SNP标记开发、群体结构及连锁不平衡分析第24-37页
  2.1 材料与方法第24-27页
    2.1.1 试验材料第24页
    2.1.2 基因组DNA的提取第24-25页
    2.1.3 酶切建库第25-26页
    2.1.4 酶切测序第26页
    2.1.5 SLAF标签的开发和SNP标记的鉴定第26页
    2.1.6 系统进化树及群体结构分析第26-27页
    2.1.7 连锁不平衡分析第27页
  2.2 结果与分析第27-34页
    2.2.1 SLAF-seq文库构建第27-29页
    2.2.2 SLAF标签与SNP标记的鉴定第29-31页
    2.2.3 遗传多样性聚类分析第31页
    2.2.4 群体结构分析第31-33页
    2.2.5 连锁不平衡分析第33-34页
  2.3 讨论第34-37页
    2.3.1 简化基因组测序技术第34页
    2.3.2 陆地棉种质资源的遗传多样性分析第34-35页
    2.3.3 群体结构分析方法第35页
    2.3.4 影响LD的因素第35-37页
第三章 陆地棉早熟与产量纤维品质性状的表型分析第37-45页
  3.1 材料与方法第37-38页
    3.1.1 实验材料第37页
    3.1.2 田间试验设计第37页
    3.1.3 表型性状鉴定方法第37-38页
    3.1.4 表型数据统计与分析第38页
  3.2 结果与分析第38-43页
    3.2.1 早熟相关性状的表型分析第38-39页
    3.2.2 产量构成性状的表型分析第39-41页
    3.2.3 纤维品质构成性状的表型第41-43页
    3.2.4 早熟、产量和纤维品质重点代表性状间的相关关系第43页
  3.3 讨论第43-45页
    3.3.1 表型性状多年多点的准确鉴定第43页
    3.3.2 早熟、产量和纤维品质间的关系第43-44页
    3.3.3 表型的精准鉴定技术第44-45页
第四章 陆地棉早熟与产量纤维品质性状的全基因组关联分析第45-61页
  4.1 研究方法第45-46页
    4.1.1 最佳线性无偏估计值(BLUPs)的计算第45页
    4.1.2 全基因组关联分析(GWAS)第45页
    4.1.3 关联位点的单倍型分析第45-46页
  4.2 结果与分析第46-57页
    4.2.1 早熟相关性状的GWAS第46-51页
    4.2.2 产量构成性状GWAS第51-54页
    4.2.3 纤维品质构成性状的GWAS第54-57页
  4.3 讨论第57-61页
    4.3.1 与前人QTL定位和关联分析结果的比较第57-60页
    4.3.2 影响GWAS结果的因素第60-61页
第五章 陆地棉重要育种目标性状候选基因的筛选第61-73页
  5.1 材料与方法第61-64页
    5.1.1 实验材料第61页
    5.1.2 候选基因的筛选方法第61页
    5.1.3 棉花叶片取样时期与方法第61页
    5.1.4 RNA提取第61-63页
    5.1.5 cDNA第一链的合成第63页
    5.1.6 RT-PCR第63-64页
  5.2 结果与分析第64-70页
    5.2.1 染色体Dt3上早熟性状候选基因的筛选第64-67页
    5.2.2 调控衣分候选基因的筛选第67-69页
    5.2.3 调控纤维长度、强度候选基因的筛选第69-70页
  5.3 讨论第70-73页
    5.3.1 植物调控开花关键基因及分子机制的研究第70-73页
第六章 两个人工选择驯化基因组的区段第73-79页
  6.1 实验材料第73页
  6.2 研究方法第73页
    6.2.1 优异单倍型频率(FHF)的比较第73页
    6.2.2 遗传多样性系数的计算第73页
  6.3 结果与分析第73-77页
    6.3.1 MGR1和MGR2优异单倍型的地域分布第73-75页
    6.3.2 不同育种时期优异单倍型频率的变化规律第75-76页
    6.3.3 MGR1和MGR2的遗传多样性分析第76-77页
    6.3.4 人工选择基因组区段的发现第77页
  6.4 讨论第77-79页
第七章 结论与展望第79-81页
  7.1 结论第79页
    7.1.1 基于SNP评价了中国陆地棉品种资源的遗传多样性第79页
    7.1.2 早熟相关性状优异等位变异及候选基因的筛选第79页
    7.1.3 衣分的优异等位变异及候选基因的挖掘第79页
    7.1.4 纤维品质性状优异等位变异及候选基因的预测第79页
  7.2 主要创新点第79页
  7.3 展望第79-81页
    7.3.1 家系群体QTL定位 和GWAS结合应用第79-80页
    7.3.2 基于重测序挖掘海量的SNP关联缩小QTL区段第80页
    7.3.3 候选基因的功能验证第80-81页
参考文献第81-88页
附录第88-97页
缩略词第97-99页
致谢第99-100页
作者简介第100-101页

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