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基于高通量测序的病毒分子进化研究

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基于高通量测序的病毒分子进化研究
论文目录
 
摘要第1-9页
Abstract第9-13页
第一部分 基于高通量测序的发热伴血小板减少综合征病毒分子进化研究第13-101页
  前言第13-33页
    · 发热伴血小板减少综合征病毒第13-19页
    · 高通量测序技术介绍第19-27页
    · RNA病毒进化分析及其常用研究方法和工具第27-33页
  实验材料第33-35页
    · 临床标本来源第33页
    · 主要试剂与耗材第33页
    · 仪器第33-35页
  实验方法第35-48页
    · 样品预处理第35-37页
    · PGM测序文库构建第37-39页
    · PGM测序模板的制备第39-41页
    · PGM测序第41-42页
    · Illumina Hiseq4000平台测序第42页
    · 测序数据处理第42-43页
    · SFTSV分子进化分析第43-48页
  实验结果第48-86页
    · 标本信息第48-51页
    · 高通量测序数据分析第51-52页
    · SFTSV的基因型分析第52-60页
    · 重组与重配第60-72页
    · 进化压力分析第72-74页
    · 基因突变分析第74-82页
    · SFTSV的时空溯源第82-86页
  讨论第86-94页
    · 测序平台的选择第86-88页
    · SFTSV基因型的划分及各基因型的地理分布第88-89页
    · SFTSV进化的主要驱动力分析第89-92页
    · SFTSV的时空溯源第92页
    · SFTSV各基因型毒株的交叉保护效力差异第92-94页
  参考文献第94-100页
  小结第100-101页
第二部分 中国输入性寨卡病例的病毒全基因组测定及分子进化研究第101-120页
  前言第101-103页
  实验材料第103-105页
    · 病例信息和标本采集第103页
    · 细胞株第103页
    · 细胞培养用试剂第103页
    · 分子生物学试剂第103-104页
    · 仪器第104-105页
  实验方法第105-107页
    · 病毒分离第105页
    · 实时荧光定量PCR检测寨卡病毒第105页
    · 电镜观察第105页
    · 基因组测序第105-106页
    · 数据分析第106页
    · RACE PCR第106-107页
  实验结果第107-115页
    · 寨卡病毒的分离与鉴定第107-108页
    · ZKC2/2016株的基因组特征第108-109页
    · E蛋白和NS5蛋白的系统发生分析第109-111页
    · 新获得的寨卡基因组中的特异性突变第111-114页
    · ZIKV基因组长度的分析第114-115页
  讨论第115-117页
  参考文献第117-119页
  小结第119-120页
全文总结第120-122页
攻读博士期间发表文章情况第122-123页
致谢第123页

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