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鳑鲏亚科三种鱼类线粒体全基因组测定及其比较基因组学分析

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鳑鲏亚科三种鱼类线粒体全基因组测定及其比较基因组学分析
论文目录
 
摘要第1-5页
Abstract第5-11页
第一章 文献综述第11-31页
  1.1 线粒体基因组第11-18页
    1.1.1 线粒体基因组概述第11-14页
      1.1.1.1 蛋白质编码基因第12页
      1.1.1.2 转运RNA基因第12-13页
      1.1.1.3 核糖体RNA基因第13页
      1.1.1.4 非编码区第13-14页
    1.1.2 线粒体基因组的遗传特征第14-15页
    1.1.3 鱼类线粒体基因组测定研究进展第15-18页
  1.2 密码子使用偏性第18-23页
    1.2.1 线粒体基因密码子使用偏性研究概述第18-19页
    1.2.2 密码子使用偏性的研究方法第19-23页
      1.2.2.1 相对同义密码子使用度(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU)第19页
      1.2.2.2 密码子偏性指数(Codon Bias Index,CBI)第19-20页
      1.2.2.3 有效密码子数(Effective Number of Codon,ENC)第20页
      1.2.2.4 密码子偏好参数(Codon Preference Parameter,CPP)第20-21页
      1.2.2.5 最优密码子使用频率(Frequency of Optimal Codons,FOP)第21-22页
      1.2.2.6 密码子适应指数(Codon Adaptation Index,CAI)第22-23页
    1.2.3 密码子偏性分析的常用工具及网站第23页
  1.3 系统发育基因组学第23-28页
    1.3.1 系统发育基因组的概念第23-24页
    1.3.2 系统发育基因组学的研究方法第24-28页
      1.3.2.1 基因顺序法第24-25页
      1.3.2.2 多基因序列联合法第25-26页
      1.3.2.3 中短寡核甘酸的分布方法第26-27页
      1.3.2.4 代谢途径法第27页
      1.3.2.5 基因含量法第27-28页
  1.4 鳑皱亚科鱼类研究概述第28-30页
    1.4.1 鳑皱亚科鱼类的生物学特性第28-29页
    1.4.2 鳑皱亚科鱼类的形态学研究第29页
    1.4.3 鳑皱亚科鱼类的细胞与分子方面研究第29-30页
  1.5 本研究的目的与意义第30-31页
第二章 鳑皱亚科三种鱼类的线粒体基因组全序列的特征第31-63页
  2.1 实验材料第31-32页
  2.2 实验方法第32-39页
    2.2.1 基因组DNA的提取第32-33页
    2.2.2 引物设计第33页
    2.2.3 PCR扩增第33-36页
    2.2.4 PCR产物纯化第36-37页
    2.2.5 PCR产物过膜纯化第37-38页
    2.2.6 测序反应第38页
    2.2.7 测序反应后纯化第38-39页
    2.2.8 数据处理第39页
  2.3 结果与分析第39-63页
    2.3.1 彩石鳑皱(Rhodeus lighti)鱼类线粒体基因组全序列特征第39-47页
      2.3.1.1 彩石鳑皱线粒体基因组组成第39-40页
      2.3.1.2 彩石鳑皱线粒体基因组核苷酸组成第40页
      2.3.1.3 彩石鳑皱线粒体中的蛋白质编码基因第40页
      2.3.1.4 彩石鳑皱线粒体中的tRNA基因和rRNA基因第40-41页
      2.3.1.5 彩石鳑皱线粒体基因组非编码区序列第41-47页
    2.3.2 彩副鱊(Paracheilognathus imberbis)鱼类线粒体基因组全序列特征第47-55页
      2.3.2.1 彩副鱊线粒体基因组组成第47页
      2.3.2.2 彩副鱊线粒体基因组核苷酸组成第47页
      2.3.2.3 彩副鱊线粒体中的蛋白质编码基因第47-48页
      2.3.2.4 彩副鱊线粒体中的tRNA基因和rRNA基因第48页
      2.3.2.5 彩副鱊线粒体基因组非编码区序列第48-55页
    2.3.3 广西副鱊(Paracheilognathus meridianus)鱼类线粒体基因组全序列特征第55-63页
      2.3.3.1 广西副鱊线粒体基因组组成第55页
      2.3.3.2 广西副鱊线粒体基因组核苷酸组成第55页
      2.3.3.3 广西副鱊线粒体中的蛋白质编码基因第55-56页
      2.3.3.4 广西副鱊线粒体中的tRNA基因和rRNA基因第56页
      2.3.3.5 广西副鱊线粒体基因组非编码区序列第56-63页
第三章 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组的比较研究第63-87页
  3.1 材料与方法第63-64页
  3.2 结果与分析第64-83页
    3.2.1 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组整体比较第65-68页
      3.2.1.1 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组结构组成和基因排序比较第65页
      3.2.1.2 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组重叠区和间隔区比较第65-68页
    3.2.2 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组核苷酸组成的比较第68-73页
      3.2.2.1 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组核苷酸组成的比较第68页
      3.2.2.2 鳑皱亚科鱼类线粒体蛋白质编码基因核苷酸组成的比较第68页
      3.2.2.3 鳑皱亚科鱼类线粒体蛋白质编码基因起始和终止密码子的比较第68-73页
    3.2.3 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组密码子使用偏性第73-83页
      3.2.3.1 密码子使用偏性第73页
      3.2.3.2 蛋白质编码基因氨基酸组成比较第73-79页
      3.2.3.3 核苷酸组成与密码子使用偏性的关系第79-82页
      3.2.3.4 进化选择压力与密码子使用偏性的关系第82-83页
  3.3 讨论第83-87页
    3.3.1 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组整体比较第83页
    3.3.2 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组核苷酸组成的比较第83-84页
    3.3.3 鳑皱亚科鱼类线粒体基因组密码子使用偏性第84-87页
第四章 基于mtDNA的鳑皱亚科鱼类系统发育分析第87-105页
  4.1 材料与方法第87-88页
    4.1.1 数据来源和组成第87页
    4.1.2 碱基替换饱和性分析方法第87-88页
    4.1.3 系统发育树的构建方法第88页
  4.2 结果与分析第88-92页
    4.2.1 碱基替换饱和性分析第88-91页
    4.2.2 鳑皱亚科17种鱼类系统发育树的构建第91-92页
      4.2.2.1 邻接法(Neighbor-Joining,NJ)系统发育树构建第91-92页
      4.2.2.2 最大似然法(Maximum Likelihood,ML)系统发育树构建第92页
  4.3 讨论第92-105页
    4.3.1 碱基替换饱和性第93页
    4.3.2 鳑皱亚科鱼类的系统发育分析第93-105页
第五章 结论第105-107页
致谢第107-109页
参考文献第109-129页
攻读博士学位期间发表的论文第129页

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