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鬼臼亚科系统发育与八角莲属的亲缘地理学研究

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鬼臼亚科系统发育与八角莲属的亲缘地理学研究
论文目录
 
摘要第1-10页
ABSTRACT第10-17页
第1章 前言第17-30页
  1.1 研究背景第17-27页
    1.1.1 鬼臼亚科分类和分子系统学研究第18-20页
    1.1.2 八角莲属的形态解剖学研究第20-21页
    1.1.3 八角莲属的繁育系统学研究第21-22页
    1.1.4 八角莲属的植物化学研究第22-23页
    1.1.5 八角莲属的群体遗传学研究第23-24页
    1.1.6 八角莲属的生物地理学研究第24-26页
    1.1.7 八角莲属研究存在的问题第26-27页
  1.2 研究内容和研究目的第27-30页
    1.2.1 研究内容第27-28页
    1.2.2 研究目的第28-29页
    1.2.3 技术路线第29-30页
第2章 鬼臼亚科系统发育与八角莲属的生物地理学研究第30-46页
  2.1 实验材料第31页
  2.2 实验方法第31-39页
    2.2.0 基因组总DNA提取第31-36页
    2.2.1 序列扩增及测序分析第36-37页
    2.2.2 八角莲属分化时间的估算第37-38页
    2.2.3 祖先分布区重建第38-39页
  2.3 实验结果第39-40页
    2.3.1 八角莲属系统发育关系和分化时间的估算第39-40页
    2.3.2 祖先分布区重建第40页
  2.4 讨论第40-42页
  2.5 小结第42-44页
附图第44-45页
附表第45-46页
第3章 八角莲属种水平的亲缘地理学研究第46-70页
  3.1 八角莲属野外资源调查第46-51页
  3.2 叶绿体DNA序列分析第51-64页
    3.2.1 实验材料第51-52页
    3.2.2 实验方法第52-53页
    3.2.3 实验结果第53-64页
  3.3 ITS序列分析第64-67页
    3.3.1 实验材料第64页
    3.3.2 实验方法第64页
    3.3.3 实验结果第64-67页
  3.4 讨论第67-68页
  3.5 小结第68-70页
第4章 鬼臼亚科的生物条形码研究第70-97页
  4.1 实验材料第72页
  4.2 实验方法第72-80页
    4.2.1 筛选引物第72-73页
    4.2.2 PCR反应体系及扩增程序第73页
    4.2.3 DNA条形码多态性检测第73页
    4.2.4 种内和种间变异的评估第73页
    4.2.5 DNA条形码物种鉴定能力的评估第73-80页
    4.2.6 DNA条形的单系物种重建率评估第80页
    4.2.7 DNA Barcoding gap检验第80页
  4.3 DNA条形码结果与分析第80-94页
    4.3.1 筛选引物信息及扩增、测序结果第80页
    4.3.2 DNA条形码多态性分析第80-81页
    4.3.3 种内种间变异评估分析第81-87页
    4.3.4 DNA条形码鉴定能力分析第87-88页
    4.3.5 基于构建系统进化树的方法评估DNA条形码可靠性第88-89页
    4.3.6 DNA Barcoding gap分析第89-94页
  4.4 讨论第94-97页
    4.4.1 鬼臼亚科候选条形码的评估第94-95页
    4.4.2 DNA条形码在鬼臼亚科中的应用限制第95-97页
第5章 比较转录组及CYP719A基因的分子进化研究第97-124页
  5.1 实验材料第101页
  5.2 实验方法第101-108页
    5.2.1 RNA提取及Illumina转录组测序第101-102页
    5.2.2 功能注释和CDS预测第102页
    5.2.3 直系司源基因的鉴定和碱基替换率的估算第102-103页
    5.2.4 属水平EST-SSR引物开发第103页
    5.2.5 单拷贝核基因的鉴定第103页
    5.2.6 鬼臼毒素合成路径相关基因的搜索和分子进化分析第103-108页
  5.3 实验结果第108-119页
    5.3.1 八角莲和云南八角莲转录组测序第108-109页
    5.3.2 功能注释及CDS预测第109-112页
    5.3.3 直系同源基因的鉴定和碱基替代速率的计算第112-114页
    5.3.4 属水平EST-SSR引物开发第114页
    5.3.5 鉴定单拷贝核基因第114页
    5.3.6 鬼臼亚科中CYP719A基因的进化第114-119页
  5.4 讨论第119-122页
  5.5 小结第122-124页
第6章 八角莲属的整合分类系统与资源保护第124-129页
  6.1 八角莲属的整合分类系统第124-125页
  6.2 八角莲属的资源保护策略第125-129页
    6.2.1 进化显著单元的确定和“迁地(ex situ)”保护策略第126-128页
    6.2.2 八角莲属的“就地(in situ)”保护策略第128-129页
第7章 结论和展望第129-132页
  7.1 结论第129-131页
  7.2 展望第131-132页
参考文献第132-155页
附录第155-171页
在读期间的主要成果第171-173页
已发表和拟发表的文章第171-172页
国内会议报告第172页
参与的科研项目第172-173页
致谢第173-174页

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