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绵羊肠道组织的miRNA鉴定与功能分析

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绵羊肠道组织的miRNA鉴定与功能分析
论文目录
 
中文摘要第11-13页
ABSTRACT第13-16页
1 引言第16-49页
  1.1 绵羊肠道特点第16-23页
    1.1.1 十二指肠的形态、位置和肠壁结构第16-17页
    1.1.2 盲肠、结肠的形态位置和肠壁结构第17-19页
    1.1.3 绵羊肠道消化吸收特点第19-22页
    1.1.4 动物营养基因组学研究进展第22-23页
  1.2 miRNA研究进展第23-38页
    1.2.1 生物系统中的miRNA第23-25页
    1.2.2 miRNA序列特征第25-26页
    1.2.3 miRNA的生物合成第26-28页
    1.2.4 miRNA的选择性加工第28-29页
    1.2.5 miRNA基因的表达调节第29-31页
    1.2.6 miRNA靶标和功能第31-32页
    1.2.7 miRNA在生物学过程中的功能第32-38页
  1.3 肠道组织miRNA研究进展第38-46页
    1.3.1 miRNA在肠道上皮增殖和分化中的控制作用第39-40页
    1.3.2 miRNA调控肠道上皮细胞凋亡第40-41页
    1.3.3 miRNA是肠道炎症和自噬的主要调节因子第41-42页
    1.3.4 宿主分泌的miRNA与肠道微生物群的控制第42-43页
    1.3.5 肠道微生物群通过诱导特异性miRNA影响宿主基因表达程序第43-44页
    1.3.6 肠道微生物群的代谢物影响miRNA表达第44-46页
  1.4 小尾寒羊和杜泊羊的种质特性第46-47页
    1.4.1 杜泊羊种质特性第46页
    1.4.2 小尾寒羊品种特性第46页
    1.4.3 小尾寒羊、杜泊羊在生产中的应用第46-47页
  1.5 研究的目的意义第47-49页
2 材料方法第49-56页
  2.1 实验材料第49-50页
    2.1.1 实验动物第49页
    2.1.2 实验仪器第49页
    2.1.3 主要数据库及生物分析软件第49-50页
  2.2 实验方法第50-56页
    2.2.1 小RNA文库构建第50页
    2.2.2 小RNA测序数据生物信息学分析第50-53页
    2.2.3 差异表达miRNA实时定量PCR(qRT-PCR)验证第53-56页
3 结果与分析第56-98页
  3.1 两个绵羊品种肠道组织小RNA文库构建及Solexa测序结果第56-64页
    3.1.1 测序数据质量及序列长度分布特征第56-58页
    3.1.2 文库间sRNA公共与特有序列及基因组定位分析第58-62页
    3.1.3 小RNA序列的分类注释第62-64页
  3.2 肠道组织已知miRNA的鉴定第64-68页
    3.2.1 已知miRNA在不同肠道组织的分布第64-65页
    3.2.2 已知miRNA碱基特性分析第65-67页
    3.2.3 miRNA家族分析第67-68页
  3.3 肠道组织novelmiRNA鉴定第68-70页
    3.3.1 novelmiRNA在不同肠道组织分布第68-69页
    3.3.2 novelmiRNA碱基分布特征第69-70页
  3.4 小尾寒羊肠道组织差异表达miRNA及功能分析第70-78页
    3.4.1 差异表达miRNA鉴定第70-73页
    3.4.2 差异表达miRNA靶基因预测第73页
    3.4.3 差异表达miRNA靶基因的GO注释第73-75页
    3.4.4 差异表达miRNA靶基因的KEGG通路分析和调控网络分析第75-78页
  3.5 杜泊羊肠道组织差异表达miRNA及功能分析第78-86页
    3.5.1 差异表达miRNA鉴定第78-81页
    3.5.2 差异表达miRNA靶基因预测第81页
    3.5.3 差异表达miRNA靶基因的GO注释第81-83页
    3.5.4 差异表达miRNA靶基因的KEGG调控网络分析第83-86页
  3.6 两个绵羊品种肠道组织差异表达miRNA及功能分析第86-96页
    3.6.1 差异表达miRNA鉴定第86-87页
    3.6.2 差异表达miRNA靶基因预测第87-88页
    3.6.3 差异表达miRNA靶基因的GO注释第88-90页
    3.6.4 差异表达miRNA靶基因的KEGG调控网络分析第90-96页
  3.7 差异表达miRNAqRT-PCR验证第96-98页
4 讨论第98-104页
  4.1 小RNA文库数据质量的可靠性第98页
  4.2 miRNA差异表达及其在染色体上分布偏好第98-99页
  4.3 差异表达miRNA与小尾寒羊肠段间转录水平调控第99-101页
  4.4 差异表达miRNA与杜泊绵羊肠段间转录水平调控第101-102页
  4.5 差异表达miRNA与两品种三段肠道间转录水平调控第102-104页
5 结论第104-105页
参考文献第105-130页
致谢第130-131页
攻读学位期间发表论文情况第131页

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