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基于基因表达数据筛选神经干细胞促分化作用和Dami细胞增殖抑制作用化合物的研究

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基于基因表达数据筛选神经干细胞促分化作用和Dami细胞增殖抑制作用化合物的研究
论文目录
 
中文摘要第1-7页
英文摘要第7-15页
第一章 基于基因表达数据筛选神经干细胞促分化作用化合物的研究第15-73页
一、前言第15-27页
(一)干细胞的分类第15-18页
1.胚胎干细胞第15页
2.成体干细胞第15-18页
(二)神经干细胞研究进展第18-22页
1.神经干细胞的分布第18页
2.神经干细胞的分化与分化调控第18-20页
3.NSCs 的临床应用第20-22页
(三)高通量测序技术研究进展第22-25页
1.高通量测序技术概况第22-23页
2.Illumina测序技术方法简介第23-25页
(四)基于基因-药物数据库的药物筛选第25-26页
1.药物的虚拟筛选第25-26页
2.药物基因组学数据库第26页
(五)本研究的目的与意义第26-27页
二、材料和方法第27-41页
(一)实验材料第27-30页
1.细胞株第27页
2.实验仪器第27-28页
3.实验试剂第28-29页
4.测序数据分析软件及数据库第29-30页
(二)实验方法第30-41页
1.MSCs的分离培养和NSCs诱导分化第30-31页
2.转录组测序第31-37页
3.转录组测序数据分析第37页
4.干预化合物选择第37-38页
5.NSCs培养和诱导分化第38-39页
6.Real-TimePCR检测诱导后基因表达第39-40页
7.统计学分析第40-41页
三、实验结果第41-64页
(一)MSCs分离培养及NSCs细胞实验第41-42页
1.MSCs细胞培养第41页
2.MSCs诱导分化为NSCs第41-42页
(二)流式细胞仪分析MSCs和NSCs表面抗原结果第42-43页
(三)荧光显微镜观察 NSCs第43页
(四)MSCs和NSCs转录组测序第43-59页
1.MSCs和NSCs的总RNA提取和鉴定第43-44页
2.转录组测序质控分析第44-45页
3.MSCs和NSCs转录组基因表达差异分析第45-57页
4.MSCs和NSCs转录组KEGG聚类分析第57-58页
5.MSCs和NSCs转录组GO聚类分析第58-59页
6.MSCs和NSCs表达差异基因蛋白质网络作用分析第59页
(五)促NSCs分化作用的药物筛选及验证实验第59-64页
1.促NSCs分化作用的药物筛选第59-60页
2.促NSCs分化作用的药物确定第60-61页
3.药物干预NSCs培养结果第61-62页
4.Real-TimePCR检测NSCs特异性基因表达第62-64页
四、讨论第64-72页
(一)MSCs分化研究第64-65页
(二)转录组测序在MSCs分化研究中的应用第65-70页
1.数据处理及生物信息分析第65-67页
2.差异表达基因功能聚类分析第67-70页
(三)利用转录组数据分析筛选和验证靶向化合物第70-72页
五、结论第72-73页
第二章 基于基因表达数据筛选抑制Dami细胞增殖化合物的研究第73-116页
一、前言第73-80页
(一)白血病的发病原因第73页
(二)白血病学流行病学研究第73-74页
(三)白血病的分类第74-76页
1.急性髓性白血病第74-75页
2.急性巨核细胞白血病第75-76页
(四)白血病的治疗第76-79页
1.化学药物治疗第76-78页
2.生物治疗第78-79页
(五)本研究意义第79-80页
二、材料和方法第80-92页
(一)实验材料第80-83页
1.细胞株第80页
2.实验仪器第80-81页
3.实验试剂第81-82页
4.测序数据分析软件及数据库第82-83页
(二)实验方法第83-92页
1.Dami细胞株培养和BMSCs分离培养第83页
2.测定细胞的活力第83页
3.检测细胞增殖第83页
4.流式细胞仪检测细胞周期第83-84页
5.氨磷汀药物干预Dami细胞细胞前后转录组测序第84-90页
6.转录组测序数据分析第90页
7.Real-TimePCR检测干预前后基因表达改变第90-91页
8.统计学分析第91页
9.药物靶向通路蛋白相互作用分析第91-92页
三、实验结果第92-109页
(一)基因-药物匹配结果第92-93页
(二)Dami细胞株培养和BMSCs分离培养第93页
(三)氨磷汀干预细胞增殖实验第93-95页
1.氨磷汀对Dami细胞增殖影响第93-94页
2.氨磷汀对BMSCs细增殖的影响第94-95页
(四)氨磷汀干预Dami细胞和BMSCs凋亡结果第95-96页
1.氨磷汀对Dami细胞凋亡影响第95-96页
2.氨磷汀对BMSCs凋亡的影响第96页
(五)氨磷汀干预Dami细胞周期结果第96-97页
(六)氨磷汀干预前后 Dami 细胞转录组测序结果第97-108页
1.总RNA提取和质检第97页
2.转录组测序质控和分析第97-98页
3.差异表达基因KEGG聚类分析第98-107页
4.差异表达基因GO聚类分析第107-108页
(七)氨磷汀调控Dami细胞富集通路相关基因表达实验第108-109页
(八)氨磷汀干预Dami细胞内蛋白相互作用第109页
四、讨论第109-115页
(一)干预药物筛选第109-110页
(二)实验证实药物对Dami细胞增殖有抑制作用第110-111页
(三)药物作用的基因调控通路第111-115页
1.甾类激素生物合成信号通路的调控作用第112-113页
2.造血细胞系统信号通路的调控作用第113-114页
3.肌动蛋白细胞骨架调节信号通路的调控作用第114页
4.细胞凋亡信号通路的调控作用第114-115页
(四)蛋白质相互作用网络第115页
五、结论第115-116页
参考文献第116-129页
附录第129-264页
1.英文缩写表第129-131页
2.MSCs分化为NSCs表达下调基因表第131-178页
3.MSCs分化为NSCs表达上调基因表第178-231页
4.氨磷汀干预Dima细胞表达下调基因表第231-239页
5.氨磷汀干预Dima细胞表达上调基因表第239-264页
致谢第264-265页
作者简介第265-266页
在学校期间公开发表论文及著作情况第266页

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