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甘蓝类蔬菜抗根肿病基因定位、克隆及抗感材料比较转录组分析

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甘蓝类蔬菜抗根肿病基因定位、克隆及抗感材料比较转录组分析
论文目录
 
摘要第6-7页
abstract第7-13页
第一章 引言第13-28页
  1.1 我国甘蓝类蔬菜作物抗根肿病材料筛选第13页
  1.2 野生甘蓝的研究第13-17页
    1.2.1 野生甘蓝分类及起源第14页
    1.2.2 野生甘蓝与栽培甘蓝的关系第14-16页
    1.2.3 野生甘蓝的应用第16-17页
  1.3 高通量测序技术与数量性状定位第17-23页
    1.3.1 Extreme QTL mapping (X-QTL)第17-19页
    1.3.2 Mutmap第19-21页
    1.3.3 QTL-seq第21-23页
  1.4 根肿病抗性基因研究第23-25页
    1.4.1 白菜CR基因研究第23-24页
    1.4.2 甘蓝CR基因研究第24页
    1.4.3 甘蓝型油菜CR基因研究第24-25页
  1.5 抗根肿病机理研究第25-27页
  1.6 本研究的目的与意义第27-28页
第二章 甘蓝类蔬菜作物根肿病抗源筛选及抗性评价第28-35页
  2.1 材料及方法第28页
    2.1.1 试验材料第28页
    2.1.2 试验方法第28页
  2.2 结果第28-31页
    2.2.1 先甘 336/托尼×甘蓝/青花菜根肿病抗性鉴定第28-31页
    2.2.2 甘蓝类材料根肿病抗性评价第31页
  2.3 讨论第31-35页
第三章 青花菜及甘蓝近缘野生种材料重测序分析与INDEL标记开发第35-48页
  3.1 材料及方法第35-38页
    3.1.1 测序材料第35页
    3.1.2 试验方法第35-38页
  3.2 结果第38-45页
    3.2.1 全基因组重测序第38页
    3.2.2 测序数据与参考基因组比对第38-39页
    3.2.3 变异检测与注释第39-41页
    3.2.4 系统进化树构建第41-44页
    3.2.5 双亲间多态性In Del标记开发第44-45页
  3.3 讨论第45-48页
    3.3.1 甘蓝参考基因组第45-46页
    3.3.2 甘蓝全基因组重测序第46页
    3.3.3 基于重测序数据的In Del标记开发利用第46-48页
第四章 抗根肿病基因定位及候选基因分析第48-61页
  4.1 材料及方法第48-50页
    4.1.1 试验材料第48页
    4.1.2 试验方法第48-50页
  4.2 结果第50-59页
    4.2.1 抗性遗传分析第50页
    4.2.2 QTL-seq预测控制抗根肿病性状的候选区域第50-52页
    4.2.3 遗传连锁分析缩小定位区间第52-54页
    4.2.4 候选基因预测第54-55页
    4.2.5 候选基因序列分析第55-59页
  4.3 讨论第59-61页
第五章 青花菜及甘蓝近缘野生种在不同侵染时期对根肿菌响应的比较转录组分析第61-74页
  5.1 材料及方法第61-63页
    5.1.1 试验材料第61页
    5.1.2 试验方法第61-63页
  5.2 结果第63-70页
    5.2.1 发病情况及侵染过程第63-64页
    5.2.2 RNA测序及De novo组装第64页
    5.2.3 qRT-PCR验证第64-65页
    5.2.4 差异基因表达分析、聚类及功能富集第65-67页
    5.2.5 T7时期DEGs功能注释第67页
    5.2.6 T14时期DEGs功能注释第67-68页
    5.2.7 B2013和90196之间与抗性相关的DEGs第68-70页
  5.3 讨论第70-74页
    5.3.1 不同类型抗性根肿菌侵染过程不同第70页
    5.3.2 细胞骨架成分与DNA修复在寄主被根肿菌侵染早期起作用第70页
    5.3.3 宿主对根肿菌的防御反应在早期被诱导且相关途径在T14时期受到抑制第70-71页
    5.3.4 根肿菌响应相关的DEGs导致不同基因型发病症状差异第71-74页
第六章 全文结论第74-75页
参考文献第75-86页
附录第86-111页
致谢第111-112页
作者简历第112页

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