小RNA深度测序在柑橘新发病毒的鉴定及TuMV诱导的抗病毒新机制中的研究

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小RNA深度测序在柑橘新发病毒的鉴定及TuMV诱导的抗病毒新机制中的研究

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小RNA深度测序在柑橘新发病毒的鉴定及TuMV诱导的抗病毒新机制中的研究

论文目录
中文摘要	第8-11页
Abstract	第11-14页
第一章文献综述	第14-42页
1.1 柑橘病毒病及其它两种病毒病的研究概述	第14-23页
1.1.1 柑橘病毒病及疑似病毒病害	第14-21页
1.1.2 黄瓜花叶病毒	第21页
1.1.3 芜菁花叶病毒	第21-23页
1.2 植物病毒检测技术	第23-31页
1.2.1 生物学鉴定法	第23-24页
1.2.2 电子显微镜检测法	第24页
1.2.3 血清学方法	第24-25页
1.2.4 分子生物学方法	第25-27页
1.2.5 深度测序技术	第27-31页
1.3 基因沉默	第31-42页
1.3.1 植物基因沉默概述	第31-32页
1.3.2 基因沉默通路上的重要元件	第32-36页
1.3.3 小RNA的分类	第36-38页
1.3.4 植物病毒介导的植物抗病毒基因沉默	第38-42页
第二章引言	第42-44页
第三章利用小RNA深度测序鉴定柑橘黄化脉明病毒	第44-64页
3.1 技术路径	第44-45页
3.2 材料与方法	第45-47页
3.2.1 感病样品材料	第45页
3.2.2 常用试剂、耗材及仪器	第45-47页
3.2.3 PCR引物序列	第47页
3.3 实验方法	第47-54页
3.3.1 柑橘总RNA的抽提	第47页
3.3.2 逆转录PCR	第47-48页
3.3.3 RACE方法	第48-51页
3.3.4 PCR产物割胶回收	第51页
3.3.5 T-载体连接	第51-52页
3.3.6 蓝白斑筛选	第52-53页
3.3.7 质粒抽提	第53页
3.3.8 核酸序列分析	第53页
3.3.9 小RNA表达谱分析	第53-54页
3.4 结果与分析	第54-62页
3.4.1 RNA质量检测	第54页
3.4.2 病毒小RNA拼接	第54-56页
3.4.3 CYVCV基因组分析	第56-59页
3.4.4 CYVCV单独侵染柠檬	第59页
3.4.5 vsiRNAs分布特征	第59-60页
3.4.6 vsiRNAs 5’-端碱基偏好性分析	第60-62页
3.5 讨论	第62-64页
第四章小RNA深度测序技术鉴定柑橘褪绿矮缩病毒	第64-80页
4.1 技术路径	第64页
4.2 材料与方法	第64-65页
4.2.1 植物病毒材料	第64页
4.2.2 常用试剂	第64-65页
4.2.3 探针及引物序列	第65页
4.3 实验方法	第65-67页
4.3.1 柑橘总RNA的抽提	第65页
4.3.2 柑橘总DNA的抽提	第65-66页
4.3.3 引物设计	第66页
4.3.4 PCR反应	第66页
4.3.5 分子克隆	第66页
4.3.6 质粒抽提	第66-67页
4.3.7 基因组分析方法	第67页
4.3.8 小RNA数据分析	第67页
4.4 结果与分析	第67-78页
4.4.1 RNA样品质量检测	第67页
4.4.2 基因组序列拼接	第67-69页
4.4.3 基因组分析	第69-73页
4.4.4 vsi RNAs表达谱	第73-75页
4.4.5 内含子结构预测分析	第75-78页
4.5 讨论	第78-80页
第五章 TuMV诱导的拟南芥抗病毒新机制的研究	第80-108页
5.1 本章实验技术路线	第80-81页
5.2 材料与方法	第81-83页
5.2.1 植物材料	第81页
5.2.2 病毒材料	第81页
5.2.3 常用试剂	第81-82页
5.2.4 主要仪器设备	第82-83页
5.2.5 Northern杂交所用到的探针序列-	第83页
5.3 实验方法	第83-92页
5.3.1 农杆菌侵染	第83-84页
5.3.2 TuMV-GFP病毒粒子抽提	第84页
5.3.3 病毒接种	第84-85页
5.3.4 拟南芥RNA抽提	第85-86页
5.3.5 小RNA克隆	第86-88页
5.3.6 小RNA数据分析	第88页
5.3.7 Northern杂交方法	第88-92页
5.4 结果与分析	第92-105页
5.4.1 TuMV诱导拟南芥产生一类 21-nts的小RNA	第92-95页
5.4.2 vasiRNAs的产生依赖于RDR1	第95-96页
5.4.3 vasiRNAs的实验验证	第96-97页
5.4.4 RDR1的靶标基因	第97-103页
5.4.5 CYVCV诱导的柠檬内源小RNA的表达	第103-105页
5.5 讨论	第105-108页
第六章讨论及结论	第108-110页
6.1 讨论	第108-109页
6.2 结论	第109-110页
第七章创新点及前景展望	第110-112页
7.1 创新点	第110页
7.2 前景展望	第110-112页
参考文献	第112-136页
附录I 论文中常见的英文名缩写及中文对照	第136-138页
附录II 本论文中部分病毒的斜体与非斜体附表	第138-139页
附录III 拟南芥內源小RNA的探针序列信息	第139-140页
攻读博士学位期间发表的论文及科研课题参加情况	第140-142页
作者简介	第142-144页
致谢	第144-147页

本篇论文共147页，点击这进入下载页面。

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