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不同猪种脂肪组织基因组DNA甲基化分析

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不同猪种脂肪组织基因组DNA甲基化分析
论文目录
 
摘要第5-7页
ABSTRACT第7-13页
引用术语缩写说明第13-14页
第一章 文献综述第14-28页
  1.1 研究背景第14-18页
    1.1.1 DNA甲基化第15页
    1.1.2 甲基化酶第15-16页
    1.1.3 DNA甲基化特点与功能第16-17页
    1.1.4 DNA甲基化测序分析方法第17页
    1.1.5 DNA甲基化研究进展第17-18页
  1.2 动物模型第18-20页
    1.2.1 杜洛克猪第19页
    1.2.2 陆川猪第19-20页
  1.3 猪肉品质第20-22页
    1.3.1 猪肉品质的评价指标第20-21页
    1.3.2 影响猪肉品质的营养因素第21-22页
  1.4 脂肪代谢和DNA甲基化第22-24页
    1.4.1 脂肪的组成第22页
    1.4.2 脂肪的发育第22页
    1.4.3 脂肪生长发育过程中的DNA甲基化第22-23页
    1.4.4 影响脂肪代谢的因素第23-24页
  1.5 高通量测序与DNA甲基化第24-25页
    1.5.1 高通量测序技术及其应用第24-25页
    1.5.2 高通量结合DNA甲基化测序第25页
  1.6 基因注释与功能分类第25-26页
    1.6.1 GO数据库第25-26页
    1.6.2 KEGG数据库第26页
  1.7 目的及意义第26-28页
    1.7.1 研究内容第26页
    1.7.2 研究技术路线第26-27页
    1.7.3 研究的目的及意义第27-28页
第二章 材料和方法第28-34页
  2.1 试验用仪器、试剂及耗材第28-29页
  2.2 动物饲养和样品采集第29-30页
    2.2.1 试验动物和试验日粮第29页
    2.2.2 样品采集第29-30页
  2.3 肉质测定第30页
    2.3.1 背膘厚度第30页
    2.3.2 pH值第30页
    2.3.3 肉色第30页
    2.3.4 剪切力第30页
    2.3.5 系水力第30页
  2.4 高通量测序第30-31页
    2.4.1 DNA质量的检测第31页
    2.4.2 RRBS测序文库的制备第31页
    2.4.3 测序第31页
  2.5 高通量测序的数据分析第31-33页
    2.5.1 质量控制第32页
    2.5.2 比对分析第32页
    2.5.3 覆盖度分析第32页
    2.5.4 甲基化分析第32页
    2.5.5 差异与富集分析第32-33页
  2.6 统计分析第33页
  2.7 联合分析第33-34页
第三章 实验结果与分析第34-58页
  3.1 杜洛克猪和陆川猪的生理指标第34页
    3.1.1 杜洛克猪和陆川猪的肉质性状第34页
  3.2 高通量测序第34-38页
    3.2.1 DNA样品质量检测结果第34-35页
    3.2.2 原始数据第35页
    3.2.3 数据过滤第35-36页
    3.2.4 数据质量值分布第36-37页
    3.2.5 比对分析第37-38页
  3.3 覆盖度分析第38-40页
    3.3.1 启动子和CGIs区覆盖分析第38页
    3.3.2 碱基有效测序深度分布第38-39页
    3.3.3 C位点的覆盖度分析第39-40页
  3.4 甲基化分析第40-45页
    3.4.1 甲基化C的分布比例第40-43页
    3.4.2 C位点的平均甲基化水平第43-44页
    3.4.3 启动子和CGIs区域甲基化图谱第44-45页
  3.5 差异和富集第45-53页
    3.5.1 DMRs分析第45-48页
    3.5.2 DMRs聚类分析第48-49页
    3.5.3 GO功能富集分析第49-50页
    3.5.4 KEGG信号通路富集分析第50-53页
  3.6 与转录组测序联合分析第53-57页
    3.6.1 差异表达的基因甲基化水平分布第53-54页
    3.6.2 甲基化修饰与表达调控的关系第54-55页
    3.6.3 甲基化水平与功能原件长度关系第55-57页
  3.7 与全基因组重测序组联合分析第57-58页
第四章 讨论第58-61页
  4.1 DMRs分析第58页
  4.2 DNA甲基化与脂肪代谢第58-59页
    4.2.1 细胞内吞第58-59页
    4.2.2 MAPK信号通路第59页
    4.2.3 钙离子信号通路第59页
  4.3 DNA甲基化与SNP第59-61页
第五章 实验结论第61-62页
参考文献第62-67页
致谢第67页

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