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连作对烟田根际土壤细菌群落结构和多样性的影响

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连作对烟田根际土壤细菌群落结构和多样性的影响
论文目录
 
摘要第1-9页
Abstract第9-11页
1 前言第11-23页
  1.1 烟草概述第11页
  1.2 土壤微生物概述第11-12页
  1.3 土壤微生物研究方法第12-13页
    1.3.1 平板培养计法第12-13页
    1.3.2 变性梯度凝胶电泳(DGGE)第13页
  1.4 高通量测序第13-19页
    1.4.1 高通量测序技术的发展历程第14-16页
    1.4.2 高通量测序技术与宏基因组第16-17页
    1.4.3 宏基因组相关软件与数据库第17-19页
    1.4.4 扩增子测序实验和分析基本流程第19页
  1.5 连作障碍的研究第19-21页
    1.5.1 连作障碍的概念第19页
    1.5.2 非生物因素与连作障碍的研究现状第19-20页
    1.5.3 微生物群落结构、多样性与连作障碍第20-21页
  1.6 本研究的主要内容和技术路线第21-23页
    1.6.1 本研究的主要内容第21页
    1.6.2 本研究的技术路线第21页
    1.6.3 本研究的目的与意义第21-23页
2 材料与方法第23-25页
  2.1 实验材料第23-25页
    2.1.1 土壤样品采集第23页
    2.1.2 DNA提取第23页
    2.1.3 PCR扩增和文库构建第23-24页
    2.1.4 高通量测序第24页
    2.1.5 生物信息分析第24页
    2.1.6 多样性分析第24页
    2.1.7 功能预测第24-25页
3 结果第25-42页
  3.1 基本数据统计第25-28页
    3.1.1 高质量序列与OTU数目统计第25-26页
    3.1.2 测序质量评估第26-27页
    3.1.3 OTU门类统计第27-28页
  3.2 细菌群落结构第28-36页
    3.2.1 门分类水平下连作与非连作群落构成差异第28-29页
    3.2.2 纲分类水平下连作与非连作群落差异第29-30页
    3.2.3 目分类水平下连作与非连作群落差异第30-31页
    3.2.4 科分类水平下连作与非连作群落差异第31-32页
    3.2.5 属分类水平下连作与非连作群落差异第32-33页
    3.2.6 微生物相关标志物筛选第33-36页
  3.3 微生物多样性分析第36-37页
    3.3.1 Alpha多样性指数第36-37页
    3.3.2 Beta多样性第37页
  3.4 菌群功能分析第37-42页
    3.4.1 COG构成差异分析第37-38页
    3.4.2 功能基因的KEGG注释第38-42页
4 讨论第42-46页
  4.1 连作土壤微生物多样性变化第42-43页
  4.2 连作土壤微生物群落结构特征第43-44页
  4.3 微生物群落功能差异第44-45页
  4.4 微生物研究展望第45-46页
5 结论第46-47页
参考文献第47-58页
附件第58-59页
致谢第59-60页
攻读学位期间发表论文情况第60页

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