论文目录 | |
| 摘要 | 第1-9
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| ABSTRACT | 第9-11
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| 第一部分 文献综述 | 第11-29
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| · DNA微阵列技术简介 | 第11-24
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| · DNA微阵列的分类 | 第11-12
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| · DNA微阵列在细菌研究中的应用 | 第12-13
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| · DNA微阵列的技术流程 | 第13-16
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| · 微阵列的制备 | 第14
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| · 分析样本制备 | 第14-15
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| · 微阵列杂交 | 第15-16
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| · 信号检测分析 | 第16
页 |
| · DNA微阵列的数据分析 | 第16-23
页 |
| · 芯片数据的归一化处理 | 第16-19
页 |
| · DNA微阵列的数据挖掘 | 第19-23
页 |
| · DNA微阵列的数据验证及差异表达基因的功能验证 | 第23-24
页 |
| · 粘细菌概论 | 第24
页 |
| · 海洋粘细菌M.fulvus HW-1的基本性质 | 第24-25
页 |
| · 双组分系统与外膜蛋白在渗透调节中的作用 | 第25-28
页 |
| · 双组分系统 | 第25-27
页 |
| · 双组分系统在渗透调节中的作用 | 第26
页 |
| · 双组分系统在粘细菌中的作用 | 第26-27
页 |
| · 外膜蛋白在渗透调节中的作用 | 第27-28
页 |
| · 本文工作开展的思路 | 第28-29
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| 第二部分 粘细菌基因组序列分析 | 第29-39
页 |
| · 实验材料和所用软件 | 第29-30
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| · 材料 | 第29
页 |
| · 所用软件 | 第29-30
页 |
| · 实验方法 | 第30-32
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| · M.xanthus DK1622基因组开放阅读框(Open Reading Frames,ORFs)的识别 | 第30
页 |
| · 基于序列相似性的基因功能预测 | 第30-31
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| · 基于结构域特征的基因功能预测 | 第31
页 |
| · 靶基因的选择与引物设计 | 第31-32
页 |
| · 结果与讨论 | 第32-38
页 |
| · M.xanthus DK1622基因组ORFs的识别 | 第32-34
页 |
| · 基于结构域特征的基因产物功能预测 | 第34-37
页 |
| · 外膜、胞周间隙及胞外蛋白基因的预测 | 第34-36
页 |
| · 双组分系统相关基因的预测 | 第36-37
页 |
| · 引物设计 | 第37-38
页 |
| · 小结 | 第38-39
页 |
| 第三部分 粘细菌DNA微阵列的制备 | 第39-52
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| · 实验材料 | 第39-41
页 |
| · 菌株 | 第39
页 |
| · 培养基 | 第39
页 |
| · 试剂与试剂盒 | 第39-40
页 |
| · 实验器材与仪器 | 第40-41
页 |
| · 实验方法 | 第41-47
页 |
| · 粘细菌基因组DNA的提取 | 第41-42
页 |
| · 靶DNA的PCR扩增及产物纯化 | 第42-43
页 |
| · DNA微阵列的制备以及质量检测 | 第43-47
页 |
| · 微阵列的设计 | 第43-44
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| · 微阵列的制备 | 第44
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| · DNA微阵列的质量检测 | 第44-47
页 |
| 3.3.结果与讨论 | 第47-51
页 |
| · 靶基因片段的PCR扩增与纯化 | 第47-49
页 |
| · 芯片制备以及质量检测 | 第49-51
页 |
| 3.3.小结 | 第51-52
页 |
| 第四部分 HW-1的盐激表达谱分析及差异表达基因的功能验证 | 第52-80
页 |
| · 实验材料 | 第52-54
页 |
| · 菌株与质粒 | 第52
页 |
| · 培养基 | 第52-53
页 |
| · 试剂与试剂盒 | 第53-54
页 |
| · 实验器材与仪器 | 第54
页 |
| · 分析软件 | 第54
页 |
| · 实验方法 | 第54-64
页 |
| · M.fulvus HW-1在淡水与海水条件下的表达谱差异分析 | 第54-57
页 |
| · M.fulvus HW-1总RNA的提取 | 第54-55
页 |
| · RNA提取物的DNase I消化 | 第55-56
页 |
| · cDNA反转录合成 | 第56
页 |
| · cDNA产物的荧光标记 | 第56-57
页 |
| · 芯片杂交与洗涤 | 第57
页 |
| · 芯片杂交结果的检测与分析 | 第57
页 |
| · 微阵列数据的实时荧光定量PCR验证 | 第57-59
页 |
| · 实时荧光定量PCR引物的设计 | 第57-58
页 |
| · 实时荧光定量PCR | 第58-59
页 |
| · 基因缺失载体的构建 | 第59-64
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| · 同源臂引物设计 | 第59
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| · 上下游同源臂的PCR扩增 | 第59-60
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| · 上下游同源臂的连接及扩增 | 第60-62
页 |
| · 载体pBJ113的预处理 | 第62
页 |
| · 同源臂与载体的连接及验证 | 第62-64
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| · 结果与分析 | 第64-78
页 |
| · M.fulvus HW-1在淡水与海水条件下的表达谱差异分析 | 第64-71
页 |
| · M.fulvus HW-1总RNA的提取 | 第64-66
页 |
| · 微阵列数据的归一化处理 | 第66-69
页 |
| · 淡水与海水条件下HW-1的表达差异 | 第69-71
页 |
| · 微阵列数据的实时荧光定量PCR验证 | 第71-75
页 |
| · 实时荧光定量PCR验证候选基因的选择及引物设计 | 第71-72
页 |
| · 实时荧光定量PCR产物特异性 | 第72-74
页 |
| · 实时荧光定量PCR的数据分析 | 第74-75
页 |
| · 基因的功能鉴定 | 第75-78
页 |
| · 缺失载体的构建 | 第75-78
页 |
| · 小结 | 第78-80
页 |
| 结束语 | 第80-82
页 |
| 附录 | 第82-91
页 |
| 参考文献 | 第91-97
页 |
| 致谢 | 第97-98
页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第98
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