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三角帆蚌转录组测序及珍珠颜色相关差异表达基因分析

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三角帆蚌转录组测序及珍珠颜色相关差异表达基因分析
论文目录
 
摘要第1-7页
ABSTRACT第7-14页
第一章 文献综述第14-21页
1 珍珠颜色致色因素研究进展第14-17页
  1.1 金属离子致色第14-15页
  1.2 有机物致色第15-17页
    1.2.1 卟啉致色第15-16页
    1.2.2 类胡萝卜素致色第16页
    1.2.3 多烯类物质致色第16-17页
  1.3 结构致色第17页
2 高通量测序在软体贝类中的应用第17-19页
3 珍珠颜色相关基因研究第19页
4 本研究的目的方法及意义第19-21页
第二章 三角帆蚌转录组测序分析第21-45页
1 引言第21-22页
2 实验材料第22页
  2.1 实验动物的采集第22页
  2.2 实验仪器第22页
  2.3 试剂第22页
3 实验方法第22-26页
  3.1 RNA提取及检测第22-23页
  3.2 文库构建与高通量测序第23-24页
  3.3 转录组的测序数据处理及生物信息学分析第24-26页
    3.3.1 测序数据及其质量控制第24页
    3.3.2 转录组测序数据组装第24页
    3.3.3 转录组测序文库质量评估第24-25页
    3.3.4 基因的功能注释第25页
    3.3.5 三角帆蚌转录组差异表达基因分析第25页
    3.3.6 单核苷酸多态性和微卫星的筛查第25-26页
4 结果与分析第26-41页
  4.1 RNA提取与检测第26页
  4.2 测序数据质量情况第26-29页
  4.3 转录组测序数据组装结果第29页
  4.4 转录组测序文库质量评估第29-31页
  4.5 Unigene功能注释第31-36页
  4.6 三角帆蚌转录组差异表达基因第36-41页
  4.7 单核苷酸多态性和微卫星的筛查第41页
5 讨论第41-45页
  5.1 三角帆蚌转录组测序分析第41-42页
  5.2 转录组文库注释分析第42-43页
  5.3 不同内壳色三角帆蚌中央膜差异表达基因的分析第43-45页
    5.3.1 差异表达基因的GO注释第43-44页
    5.3.2 差异表达基因的KEGG注释第44页
    5.3.3 差异表达基因的Pfam注释第44-45页
第三章 利用三角帆蚌转录组文库开发微卫星标记第45-58页
1 引言第45-46页
2 材料和方法第46-50页
  2.1 实验材料第46页
  2.2 实验仪器第46-47页
  2.3 实验试剂第47页
  2.4 实验方法第47-50页
    2.4.1 基因组DNA的提取第47-48页
    2.4.2 微卫星标记的查找第48页
    2.4.3 引物设计与合成第48-49页
    2.4.4 PCR扩增产物检测第49页
    2.4.5 三角帆蚌SSR引物的筛选及遗传多样性分析第49页
    2.4.6 数据统计与分析第49-50页
3 结果第50-56页
  3.1 转录组中SSR标记分析第50页
  3.2 三角帆蚌SSR引物筛选结果第50页
  3.3 三角帆蚌养殖群体遗传多样性分析第50-56页
4 讨论第56-58页
第四章 珍珠颜色相关差异表达基因分析第58-75页
1 引言第58页
2 材料与方法第58-63页
  2.1 实验材料第58-59页
  2.2 实验仪器第59-60页
  2.3 实验试剂及耗材第60页
  2.4 实验方法第60-63页
    2.4.1 RNA提取与纯化第60页
    2.4.2 cDNA合成第60页
    2.4.3 引物合成第60-61页
    2.4.4 PCR扩增第61页
    2.4.5 实时荧光定量PCR第61-62页
    2.4.6 数据分析第62-63页
3 结果与分析第63-70页
  3.1 RNA提取结果第63页
  3.2 引物序列第63-65页
  3.3 荧光定量结果第65-70页
    3.3.1 HcTyr1荧光定量结果第65-66页
    3.3.2 HcAst荧光定量结果第66-67页
    3.3.3 HcCyt荧光定量结果第67-68页
    3.3.4 HcTDO荧光定量结果第68-69页
    3.3.5 HcUROD荧光定量结果第69-70页
4 讨论第70-75页
结论与展望第75-77页
参考文献第77-93页
攻读学位期间取得的研究成果第93-94页
致谢第94-97页

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