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盐胁迫对水稻基因表达及染色质结构动态变化影响的研究

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盐胁迫对水稻基因表达及染色质结构动态变化影响的研究
论文目录
 
摘要第1-9页
ABSTRACT第9-12页
第一部分 文献综述第12-26页
  1. 植物对非生物环境胁迫响应机理的研究进展第12-16页
  1.1 非生物胁迫对植物的影响第12-13页
  1.2 植物响应非生物胁迫的分子机理第13-16页
2 植物逆境转录组学研究进展第16-17页
  2.1 概念第16页
  2.2 转录组高通量测序第16-17页
  2.3 转录组学和植物抗逆性第17页
3 植物逆境胁迫响应的表观遗传学分子机制研究进展第17-23页
  3.1 DNA甲基化第18-20页
  3.2 组蛋白修饰第20-22页
    3.2.1 组蛋白修饰与植物耐逆性第20-21页
    3.2.2 组蛋白修饰酶基因与植物抗逆性第21-22页
  3.3 逆境胁迫对组蛋白修饰的影响第22-23页
4 本研究的意义第23-24页
5 技术路线图第24-26页
第二部分 研究报告第26-64页
一、材料和方法第26-35页
1 植物材料第26页
2 方法第26-35页
  2.1 幼苗培养及处理第26-27页
    2.1.1 幼苗培养第26-27页
    2.1.2 盐处理第27页
  2.2 mRNA-seq第27-29页
    2.2.1 RNA提取第27-28页
    2.2.2 RNA纯度及完整度鉴定第28-29页
    2.2.3 cDNA文库构建与测序第29页
  2.3 组蛋白修饰ChIP-seq第29-32页
  2.4 RNA-seq数据分析第32页
    2.4.1 数据质控和转录组比对第32页
    2.4.2 基因表达水平分析第32页
  2.5 差异基因qPCR验证第32-34页
    2.5.1 RNA逆转录成cDNA第32-33页
    2.5.2 qPCR实验第33-34页
  2.6 ChIP-seq数据分析第34-35页
    2.6.1 数据质控与全基因组比对第34页
    2.6.2 各修饰在基因组上的peak分布第34页
    2.6.3 各组蛋白修饰reads分布密度第34页
    2.6.4 染色体状态分类以及各类状态的变化情况第34-35页
二、结果与分析第35-62页
1 盐处理表型观察第35-36页
2 基于Illumina平台的RNA测序及数据评估第36-44页
  2.1 RNA-seq数据质量评估第36-38页
  2.2 叶和根处理前后的差异表达基因第38-42页
    2.2.1 叶和根处理前后基因差异表达情况第38-41页
    2.2.2 差异基因的GO聚类第41-42页
  2.3 RNA-seq结果的qRT-PCR验证第42-44页
3 组蛋白ChIP-seq数据分析第44-57页
  3.1 ChIP-seq数据质量检查第44-46页
  3.2 各组蛋白修饰peak在全基因组分布情况第46-50页
  3.3 组蛋白修饰的reads分布情况第50-54页
  3.4 染色体状态分析第54-57页
  3.5 叶片中各组蛋白修饰在处理前后染色体差异区间分析第57页
4 组织间差异表达基因比较分析第57-62页
  4.1 叶中的差异基因第57-58页
  4.2 根中的差异基因第58-59页
  4.3 叶和根处理前后差异基因间的比较分析第59-60页
  4.4 耐盐和盐敏感群体筛选耐盐标记情况第60-62页
三 讨论第62-64页
1 盐胁迫对基因表达影响研究第62页
2 盐胁迫对组蛋白修饰的动态变化影响第62-63页
3 组蛋白修饰参与基因的调控情况第63-64页
全文结论第64-66页
创新点及不足之处第66-68页
参考文献第68-76页
附录第76-86页
致谢第86页

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