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基于宏基因组数据的原核微生物泛基因组网络构建及可视化方法研究

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基于宏基因组数据的原核微生物泛基因组网络构建及可视化方法研究
论文目录
 
摘要第1-6页
abstract第6页
第一章 绪论第9-19页
    1.1 泛基因组学的研究现状第9-14页
        1.1.1 泛基因组学的基本概念及研究进展第9-11页
        1.1.2 泛基因组学研究的工具及缺陷第11-14页
    1.2 大肠埃希菌简介及其泛基因组研究现状第14-17页
        1.2.1 大肠埃希菌简介第14-15页
        1.2.2 大肠埃希菌的泛基因组研究现状第15-17页
            1.2.2.1 泛基因组分析揭示大肠杆菌基因组多样性第15-16页
            1.2.2.2 泛基因组的代谢功能分析揭示大肠杆菌代谢网络的相对保守性第16页
            1.2.2.3 泛基因组分析为大肠杆菌与志贺氏菌的进化关系供新见解第16-17页
    1.3 本研究课题的研究意义和主要内容第17-19页
        1.3.1 本论文的研究意义第17-18页
        1.3.2 本论文的主要内容第18-19页
第二章 泛基因组网络构建及可视化的方法搭建及评价第19-44页
    2.1 引言第19页
    2.2 研究菌种的选取第19-22页
    2.3 研究方法的构建及准确性评估第22-37页
        2.3.1 泛基因组网络的构建第22-26页
            2.3.1.1 基因预测第22-23页
            2.3.1.2 代表基因集合的生成第23页
            2.3.1.3 基因类型的确定第23-24页
            2.3.1.4 输入序列的筛选第24-25页
            2.3.1.5 基因间邻接关系的取和类型的确定第25-26页
            2.3.1.6 泛基因组网络的生成第26页
        2.3.2 泛基因组网络的可视化第26-29页
            2.3.2.1 可视化前的网络图修剪第26-27页
            2.3.2.2 可视化的排布逻辑第27-29页
        2.3.3 构建泛基因组网络的准确性评价第29-37页
            2.3.3.1 用于方法评价的模拟数据的生成第30-33页
            2.3.3.2 对照组和实验组泛基因组网络的生成第33-34页
            2.3.3.3 评价方法及参数第34-35页
            2.3.3.4 准确性评价结果第35-37页
    2.4 集成分析流程的使用说明及横向比较第37-43页
        2.4.1 MetaPGN的使用方法第37-41页
        2.4.2 运行MetaPGN的系统环境要求第41-42页
        2.4.3 MetaPGN与现有泛基因组研究方法的比较第42-43页
            2.4.3.1 可以宏基因组组装序列为研究起点第42页
            2.4.3.2 纳入基因间邻接关系第42-43页
            2.4.3.3 以网络的结构进行泛基因组构建和可视化第43页
    2.5 本章小结第43-44页
第三章 基于菌株基因组及大规模人群宏基因组构建的大肠杆菌泛基因组网络第44-56页
    3.1 引言第44页
    3.2 MetaPGN应用举例第44-51页
        3.2.1 5株致病性大肠杆菌的泛基因组网络第44-48页
        3.2.2 大规模人群宏基因组的大肠杆菌泛基因组网络第48-51页
    3.3 从宏基因组中构建泛基因组网络的完整性分析第51-53页
    3.4 运行MetaPGN的资源开销第53-54页
    3.5 本章小结第54-56页
第四章 结论与展望第56-58页
    4.1 结论第56页
    4.2 展望第56-57页
    4.3 本论文创新之处第57-58页
参考文献第58-63页
攻读硕士学位期间取得的研究成果第63-64页
致谢第64-65页
附件第65页

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