论文目录 | |
摘要 | 第1-6页 |
abstract | 第6页 |
第一章 绪论 | 第9-19页 |
1.1 泛基因组学的研究现状 | 第9-14页 |
1.1.1 泛基因组学的基本概念及研究进展 | 第9-11页 |
1.1.2 泛基因组学研究的工具及缺陷 | 第11-14页 |
1.2 大肠埃希菌简介及其泛基因组研究现状 | 第14-17页 |
1.2.1 大肠埃希菌简介 | 第14-15页 |
1.2.2 大肠埃希菌的泛基因组研究现状 | 第15-17页 |
1.2.2.1 泛基因组分析揭示大肠杆菌基因组多样性 | 第15-16页 |
1.2.2.2 泛基因组的代谢功能分析揭示大肠杆菌代谢网络的相对保守性 | 第16页 |
1.2.2.3 泛基因组分析为大肠杆菌与志贺氏菌的进化关系供新见解 | 第16-17页 |
1.3 本研究课题的研究意义和主要内容 | 第17-19页 |
1.3.1 本论文的研究意义 | 第17-18页 |
1.3.2 本论文的主要内容 | 第18-19页 |
第二章 泛基因组网络构建及可视化的方法搭建及评价 | 第19-44页 |
2.1 引言 | 第19页 |
2.2 研究菌种的选取 | 第19-22页 |
2.3 研究方法的构建及准确性评估 | 第22-37页 |
2.3.1 泛基因组网络的构建 | 第22-26页 |
2.3.1.1 基因预测 | 第22-23页 |
2.3.1.2 代表基因集合的生成 | 第23页 |
2.3.1.3 基因类型的确定 | 第23-24页 |
2.3.1.4 输入序列的筛选 | 第24-25页 |
2.3.1.5 基因间邻接关系的取和类型的确定 | 第25-26页 |
2.3.1.6 泛基因组网络的生成 | 第26页 |
2.3.2 泛基因组网络的可视化 | 第26-29页 |
2.3.2.1 可视化前的网络图修剪 | 第26-27页 |
2.3.2.2 可视化的排布逻辑 | 第27-29页 |
2.3.3 构建泛基因组网络的准确性评价 | 第29-37页 |
2.3.3.1 用于方法评价的模拟数据的生成 | 第30-33页 |
2.3.3.2 对照组和实验组泛基因组网络的生成 | 第33-34页 |
2.3.3.3 评价方法及参数 | 第34-35页 |
2.3.3.4 准确性评价结果 | 第35-37页 |
2.4 集成分析流程的使用说明及横向比较 | 第37-43页 |
2.4.1 MetaPGN的使用方法 | 第37-41页 |
2.4.2 运行MetaPGN的系统环境要求 | 第41-42页 |
2.4.3 MetaPGN与现有泛基因组研究方法的比较 | 第42-43页 |
2.4.3.1 可以宏基因组组装序列为研究起点 | 第42页 |
2.4.3.2 纳入基因间邻接关系 | 第42-43页 |
2.4.3.3 以网络的结构进行泛基因组构建和可视化 | 第43页 |
2.5 本章小结 | 第43-44页 |
第三章 基于菌株基因组及大规模人群宏基因组构建的大肠杆菌泛基因组网络 | 第44-56页 |
3.1 引言 | 第44页 |
3.2 MetaPGN应用举例 | 第44-51页 |
3.2.1 5株致病性大肠杆菌的泛基因组网络 | 第44-48页 |
3.2.2 大规模人群宏基因组的大肠杆菌泛基因组网络 | 第48-51页 |
3.3 从宏基因组中构建泛基因组网络的完整性分析 | 第51-53页 |
3.4 运行MetaPGN的资源开销 | 第53-54页 |
3.5 本章小结 | 第54-56页 |
第四章 结论与展望 | 第56-58页 |
4.1 结论 | 第56页 |
4.2 展望 | 第56-57页 |
4.3 本论文创新之处 | 第57-58页 |
参考文献 | 第58-63页 |
攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第63-64页 |
致谢 | 第64-65页 |
附件 | 第65页 |