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基于CAPSS的糜子BAC克隆在参考基因组上定位
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基于CAPSS的糜子BAC克隆在参考基因组上定位
论文目录
摘要
第1-7页
Abstract
第7页
缩略词表
第8-9页
1 前言
第9-25页
1.1 基因组测序技术的发展
第9-15页
1.1.1 Roche 454测序平台
第10-11页
1.1.2 ABI SOLiD测序平台
第11-12页
1.1.3 Solexa测序平台
第12页
1.1.4 PacBio测序平台
第12-13页
1.1.5 Oxford Nanopore测序平台
第13-15页
1.2 全基因组测序策略的发展
第15-16页
1.3 全基因组辅助拼装技术
第16-17页
1.4 基因组文库
第17-21页
1.4.1 基因组文库的类型
第18页
1.4.2 基因组文库的应用
第18-21页
1.5 糜子的简介
第21-22页
1.6 研究目的和意义
第22-23页
1.7 研究策略
第23-25页
2 材料与方法
第25-41页
2.1 实验材料
第25页
2.2 实验仪器与试剂
第25-26页
2.3 数据分析工具
第26-27页
2.4 BAC混合池NGS文库构建
第27-33页
2.4.1 BAC二级混合池构建
第27-28页
2.4.2 BAC混合池DNA制备
第28-29页
2.4.3 Illumina测序文库构建
第29-33页
2.4.4 实时荧光定量PCR测定相对浓度
第33页
2.5 BAC末端序列解析方法
第33-37页
2.6 BAC末端序列重复序列注释
第37页
2.7 BAC克隆在陇糜4号基因组中的定位
第37-38页
2.8 基于JBrowse展示BAC信息
第38-39页
2.9 Sanger法验证BAC末端序列
第39页
2.10 鉴定叶绿体和线粒体BAC克隆
第39-41页
3 结果和分析
第41-53页
3.1 二级混合池测序文库构建
第41-42页
3.2 测序数据预处理
第42-44页
3.3 糜子BAC短末端序列解析
第44-45页
3.4 二级混合池NGS数据组装与长末端序列解析
第45-47页
3.5 糜子BAC末端序列中重复序列注释
第47-48页
3.6 糜子BAC末端序列与陇糜4号基因组比对及定位
第48-52页
3.7 Sanger测序验证BAC定位
第52页
3.8 细胞器BAC克隆鉴定
第52-53页
4 讨论
第53-57页
4.1 大肠杆菌基因组污染
第53-54页
4.2 质量控制和污染去除是数据分析前的重要步骤
第54页
4.3 末端序列解析过程中软件的选择
第54-55页
4.4 BAC末端序列定位中的问题
第55-56页
4.5 关于细胞器基因组
第56-57页
参考文献
第57-63页
附录1 试剂配方
第63-65页
附录2 BAC质粒制备(用于BAC末端测序)
第65-66页
附录3 二级混合池统计
第61-71页
附录4 用于NGS建库的引物序列
第71-75页
致谢
第75页
本篇论文共
75
页,
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