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基于CAPSS的糜子BAC克隆在参考基因组上定位

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基于CAPSS的糜子BAC克隆在参考基因组上定位
论文目录
 
摘要第1-7页
Abstract第7页
缩略词表第8-9页
1 前言第9-25页
    1.1 基因组测序技术的发展第9-15页
        1.1.1 Roche 454测序平台第10-11页
        1.1.2 ABI SOLiD测序平台第11-12页
        1.1.3 Solexa测序平台第12页
        1.1.4 PacBio测序平台第12-13页
        1.1.5 Oxford Nanopore测序平台第13-15页
    1.2 全基因组测序策略的发展第15-16页
    1.3 全基因组辅助拼装技术第16-17页
    1.4 基因组文库第17-21页
        1.4.1 基因组文库的类型第18页
        1.4.2 基因组文库的应用第18-21页
    1.5 糜子的简介第21-22页
    1.6 研究目的和意义第22-23页
    1.7 研究策略第23-25页
2 材料与方法第25-41页
    2.1 实验材料第25页
    2.2 实验仪器与试剂第25-26页
    2.3 数据分析工具第26-27页
    2.4 BAC混合池NGS文库构建第27-33页
        2.4.1 BAC二级混合池构建第27-28页
        2.4.2 BAC混合池DNA制备第28-29页
        2.4.3 Illumina测序文库构建第29-33页
        2.4.4 实时荧光定量PCR测定相对浓度第33页
    2.5 BAC末端序列解析方法第33-37页
    2.6 BAC末端序列重复序列注释第37页
    2.7 BAC克隆在陇糜4号基因组中的定位第37-38页
    2.8 基于JBrowse展示BAC信息第38-39页
    2.9 Sanger法验证BAC末端序列第39页
    2.10 鉴定叶绿体和线粒体BAC克隆第39-41页
3 结果和分析第41-53页
    3.1 二级混合池测序文库构建第41-42页
    3.2 测序数据预处理第42-44页
    3.3 糜子BAC短末端序列解析第44-45页
    3.4 二级混合池NGS数据组装与长末端序列解析第45-47页
    3.5 糜子BAC末端序列中重复序列注释第47-48页
    3.6 糜子BAC末端序列与陇糜4号基因组比对及定位第48-52页
    3.7 Sanger测序验证BAC定位第52页
    3.8 细胞器BAC克隆鉴定第52-53页
4 讨论第53-57页
    4.1 大肠杆菌基因组污染第53-54页
    4.2 质量控制和污染去除是数据分析前的重要步骤第54页
    4.3 末端序列解析过程中软件的选择第54-55页
    4.4 BAC末端序列定位中的问题第55-56页
    4.5 关于细胞器基因组第56-57页
参考文献第57-63页
附录1 试剂配方第63-65页
附录2 BAC质粒制备(用于BAC末端测序)第65-66页
附录3 二级混合池统计第61-71页
附录4 用于NGS建库的引物序列第71-75页
致谢第75页

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