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猪不同组织的转录组及多物种的线粒体DNA拷贝数比较分析

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猪不同组织的转录组及多物种的线粒体DNA拷贝数比较分析
论文目录
 
摘要第1-6页
Abstract第6-8页
略缩词表第8-11页
1 文献综述第11-22页
  1.1 动物高海拔低氧适应的研究第11-15页
    1.1.1 呼吸量变化第11-12页
    1.1.2 血液理化指标改变第12页
    1.1.3 细胞呼吸代谢第12-13页
    1.1.4 低氧适应遗传分子调控机制第13-15页
  1.2 线粒体与低氧应激反应第15-17页
    1.2.1 线粒体基因组与低氧适应第15-16页
    1.2.2 线粒体拷贝数与低氧适应第16-17页
    1.2.3 线粒体氧化应激与低氧适应第17页
  1.3 线粒体基因组Long PCR技术第17-18页
  1.4 实时荧光定量PCR技术第18-20页
    1.4.1 实时荧光定量PCR技术发展第18页
    1.4.2 实时荧光定量PCR原理第18-19页
    1.4.3 实时荧光定量PCR检测线粒体拷贝数第19-20页
  1.5 转录组测序(RNA-seq)第20-22页
    1.5.1 转录组测序原理及技术优势第20-21页
    1.5.2 转录组测序应用第21-22页
2 研究目的与意义第22-23页
  2.1 研究目的第22页
  2.2 研究意义第22-23页
3 材料和方法第23-32页
  3.1 试验材料第23-25页
    3.1.1 试验动物第23页
    3.1.2 样品采集第23页
    3.1.3 主要试剂第23-24页
    3.1.4 主要仪器设备第24-25页
  3.2 试验地点第25页
  3.3 试验方法第25-31页
    3.3.1 基因组DNA抽提及DNA产物检测第25-26页
    3.3.2 Total RNA抽提及检测第26-27页
    3.3.3 Long PCR引物合成及反应体系第27-28页
    3.3.4 荧光定量引物设计合成第28-29页
    3.3.5 定量各样品中mtDNA拷贝数第29-30页
    3.3.6 RNA-seq测序第30-31页
  3.4 数据分析第31-32页
4 结果与分析第32-48页
  4.1 线粒体DNA完整性检测第32页
  4.2 引物扩增效率检测第32-33页
  4.3 ATP6、COX1及ND1在不同组织的相对表达量差异检测第33-34页
  4.4 藏猪和荣昌猪的不同组织线粒体拷贝数差异分析第34页
  4.5 藏猪和荣昌猪的同一组织线粒体拷贝数差异分析第34-35页
  4.6 藏猪与荣昌猪眼肌组织转录组差异分析第35-39页
    4.6.1 藏猪和荣昌猪眼肌组织差异转录本鉴定第35-36页
    4.6.2 藏猪和荣昌猪眼肌组织差异转录本功能分析第36-37页
    4.6.3 藏猪高海拔低氧适应的相关基因第37页
    4.6.4 藏猪高海拔线粒体及能量代谢相关基因第37-38页
    4.6.5 调控线粒体拷贝数变化相关基因第38-39页
  4.7 线粒体拷贝数的多物种比较分析第39-48页
    4.7.1 多因素方差分析第39-40页
    4.7.2 高原与平原物种组织间线粒体拷贝数差异分析第40-42页
    4.7.3 高原物种与平原物种的组织内线粒体拷贝数差异分析第42-46页
      4.7.3.1 藏鸡与土鸡的线粒体拷贝数差异分析第42-43页
      4.7.3.2 牦牛与黄牛的线粒体拷贝数差异分析第43-44页
      4.7.3.3 藏绵羊与小尾寒羊的线粒体拷贝数差异分析第44-45页
      4.7.3.4 藏山羊与土山羊的线粒体拷贝数差异分析第45-46页
    4.7.4 多物种不同组织的线粒体拷贝数受海拔的影响第46-48页
5 讨论第48-53页
  5.1 藏猪和荣昌猪眼肌组织转录组差异与功能的关系第48-50页
    5.1.1 低氧相关差异基因第48-49页
    5.1.2 线粒体及能量代谢相关差异基因第49页
    5.1.3 线粒体生成和自噬相关基因差异与功能第49-50页
  5.2 高原与平原物种线粒体拷贝数存在组织间差异第50-51页
  5.3 高原物种的线粒体拷贝数低于平原物种第51-52页
  5.4 物种间不同组织的线粒体拷贝数受海拔影响第52-53页
6 结论第53-54页
7 参考文献第54-61页
附录第61-73页
致谢第73页

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