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2013年安徽PEDV毒株的分离鉴定及其ORF3、M和N基因的遗传变异分析

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2013年安徽PEDV毒株的分离鉴定及其ORF3、M和N基因的遗传变异分析
论文目录
 
摘要第1-5页
ABSTRACT第5-8页
缩略语表(ABBREVIATION)第8-9页
文献综述第9-17页
引言第17-18页
1 材料和方法第18-25页
  1.1 材料第18-20页
    1.1.1 病料处理第18页
    1.1.2 主要试剂第18-19页
    1.1.3 主要仪器设备第19页
    1.1.4 所用溶液、试剂的配制第19-20页
  1.2 方法第20-25页
    1.2.1 PCR反应的引物、反应体系和反应条件第20-21页
    1.2.2 总RNA的提取和反转录第21页
    1.2.3 PEDV毒株的分离和培养第21-22页
    1.2.4 PCR产物回收、纯化、PMD18-T载体连接第22-24页
    1.2.5 SYBR GREEN I实时荧光定量PCR的建立和应用第24-25页
阳性标准品的制备第24页
荧光定量PCR反应条件的优化第24页
荧光定量PCR标准曲线和熔解曲线的建立第24页
特异性检验第24页
灵敏性测定第24页
重复性检验第24-25页
2 结果及分析第25-43页
  2.1 PEDV感染样品的鉴定第25页
  2.2 病毒的培养第25-27页
  2.3 分离毒株的鉴定第27-31页
    2.3.1 分离毒株的PCR鉴定第27-28页
    2.3.2 荧光定量RT-PCR反应条件的优化第28页
    2.3.3 荧光定量RT-PCR标准曲线的建立第28-29页
    2.3.4 特异性检测第29页
    2.3.5 灵敏性测定第29-30页
    2.3.6 重复性试验第30-31页
  2.4 ORF3基因、M基因、N基因的扩增第31页
  2.5 质粒的鉴定、测序及序列拼接第31-32页
  2.6 ORF3基因、M基因和N基因的分析第32-43页
    2.6.1 ORF3基因的同源性分析和变化分析第32-34页
    2.6.2 ORF3基因的遗传进化树分析第34-35页
    2.6.3 M基因的同源性分析和变化分析第35-37页
    2.6.4 M基因的遗传进化树分析第37-38页
    2.6.5 N基因的同源性分析第38-41页
    2.6.6 N基因的遗传进化树分析第41-43页
3 讨论第43-49页
  3.1 PEDV在细胞上的培养第43页
  3.2 SYBR GREEN I实时荧光定量PCR实验第43-44页
  3.3 ORF3基因的序列分析及遗传进化树分析第44-46页
    3.3.1 ORF3基因的同源性分析第44-45页
    3.3.2 ORF3核苷酸和氨基酸的序列分析第45页
    3.3.3 ORF3基因序列遗传进化树分析第45-46页
  3.4 M基因的序列分析及遗传进化树分析第46-47页
    3.4.1 M基因的同源性分析第46页
    3.4.2 M核苷酸和氨基酸的序列分析第46-47页
    3.4.3 M基因序列遗传进化树分析第47页
  3.5 N基因的序列分析及遗传进化树分析第47-49页
    3.5.1 N基因的同源性分析第47页
    3.5.2 N核苷酸和氨基酸的序列分析第47-48页
    3.5.3 N基因序列遗传进化树分析第48-49页
4 结论第49-50页
参考文献第50-57页
附录A 6 株毒株的同源性分析第57-63页
附录B 6 株毒株ORF3、M、N基因的核苷酸序列第63-67页
附录C 6 株毒株M基因的氨基酸序列第67-69页
致谢第69-70页
作者简介第70页
硕士期间发表文章第70页

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