艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学研究

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艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学研究

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艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学研究

论文目录
中文摘要	第1-8页
Abstract	第8-10页
第一章综述	第10-18页
· 研究艾滋病的背景	第10页
· 人类免疫缺陷病毒	第10页
· HIV-1 结构	第10-11页
· HIV-1 的生命周期	第11-14页
· 进入靶细胞	第11-12页
· 复制与转录	第12页
· 装配与释放	第12-14页
· HIV-1 蛋白酶	第14-18页
· HIV-1 蛋白酶的功能	第14页
· HIV-1 蛋白酶的结构	第14-15页
· HIV-1 蛋白酶与其抑制剂	第15-18页
第二章理论与方法	第18-34页
· 力场方法	第18-21页
· 键的伸缩能	第19页
· 键角弯折能	第19-20页
· 二面角扭转能	第20页
· 范德华能	第20-21页
· 静电能	第21页
· 分子动力学模拟	第21-25页
· 分子动力学的基本原理	第21-23页
· 积分算法	第23-25页
· Verlet 算法	第23-24页
· Leap-frog 算法	第24-25页
· Velocity Verlet 算法	第25页
· Beeman 算法	第25页
· Langevin 算法	第25-26页
· 优化技术	第26-28页
· 最陡下降法(SD)	第26-27页
· 共轭梯度法(CD)	第27-28页
· 周期性边界条件	第28-29页
· SHAKE 算法	第29-30页
· 自由能计算	第30-34页
· 自由能计算简介	第30页
· MM-PBSA 方法	第30-34页
第三章艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学模拟	第34-38页
· MD 模拟的初始化	第34-36页
· 分子动力学模拟	第36-38页
· 加热	第36页
· 密度平衡	第36页
· 动力学演化	第36-38页
第四章艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学模拟结果分析	第38-44页
· 均方根偏差	第38-39页
· 温度因子	第39-40页
· 两体系的分子动力学行为	第40-41页
· MM-PBSA 方法计算结合自由能	第41-43页
· 小结	第43-44页
参考文献	第44-48页
攻读硕士期间发表的论文	第48-50页
致谢	第50页

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