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人类和小鼠中环状RNA鉴定及分析
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人类和小鼠中环状RNA鉴定及分析
论文目录
 
摘要第1-8页
Abstract第8-10页
缩略词表第10-12页
1 前言第12-26页
　　1.1 环状RNA简介第12-20页
　　　　1.1.1 环状RNA研究历程第12-13页
　　　　1.1.2 环状RNA分类第13页
　　　　1.1.3 环状RNA特征第13-15页
　　　　1.1.4 环状RNA数据库第15-16页
　　　　1.1.5 环状RNA成环机制第16-18页
　　　　1.1.6 环状RNA生物学功能第18-20页
　　1.2 研究环状RNA及相关的方法第20-23页
　　　　1.2.1 实验方法第20-22页
　　　　　　1.2.1.1 环状RNA建库方法第20页
　　　　　　1.2.1.2 环状RNA实验验证第20-21页
　　　　　　1.2.1.3 RNA与其他分子相互作用第21-22页
　　　　1.2.2 计算生物学方法第22-23页
　　1.3 Ch IA-PET技术简介第23-25页
　　1.4 研究的目的与意义第25-26页
2 材料和方法第26-35页
　　2.1 数据来源和所用工具第26-30页
　　　　2.1.1 RNA-Seq数据第26页
　　　　2.1.2 Ch IA-PET数据第26-27页
　　　　2.1.3 参考基因组和注释信息第27页
　　　　2.1.4 其他数据第27-28页
　　　　2.1.5 使用的软件和网站第28-30页
　　2.2 数据分析方法第30-35页
　　　　2.2.1 数据质量评估和预处理第30页
　　　　2.2.2 环状RNA鉴定第30-32页
　　　　　　2.2.2.1 find_circ鉴定circRNA流程第30-31页
　　　　　　2.2.2.2 CIRCexplorer鉴定circRNA流程第31页
　　　　　　2.2.2.3 CIRI鉴定circRNA流程第31-32页
　　　　2.2.3 Ch IA-PET数据分析第32页
　　　　2.2.4 侧翼内含子互补配对统计第32-33页
　　　　2.2.5 侧翼内含子相关的其他分析第33页
　　　　2.2.6 miRNA种子序列与circRNA结合位点第33页
　　　　2.2.7 染色质交互网络构建第33-34页
　　　　2.2.8 GO和KEGG富集分析第34页
　　　　2.2.9 显著性检验和置换检验第34-35页
3 结果与分析第35-56页
　　3.1 环状RNA鉴定结果第35-38页
　　3.2 环状RNA特征分析第38-44页
　　　　3.2.1 环状RNA在各染色体的分布第38-39页
　　　　3.2.2 环状RNA基本特征第39-41页
　　　　3.2.3 热点环状RNA第41-42页
　　　　3.2.4 环状RNA表达特征第42-44页
　　3.3 Host蛋白编码转录本表达水平第44-46页
　　3.4 环状RNA侧翼内含子相关的成环机制探究第46-51页
　　3.5 Host基因参与的染色质交互网络第51-53页
　　3.6 环状RNA功能相关的分析第53-56页
　　　　3.6.1 Host基因GO和KEGG富集分析第53-54页
　　　　3.6.2 疾病SNP相关的环状RNA第54-55页
　　　　3.6.3 miRNA与circRNA结合位点预测第55-56页
4 小结与讨论第56-58页
5 展望第58-60页
参考文献第60-67页
附录第67-72页
致谢第72页

本篇论文共72页，点击这进入下载页面。
 
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