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真菌病毒对梨轮纹病菌生物学特性、转录组和小RNA影响的研究

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真菌病毒对梨轮纹病菌生物学特性、转录组和小RNA影响的研究
论文目录
 
摘要第1-9页
Abstract第9-12页
缩略词表第12-13页
第一章 文献综述第13-18页
  1.1 梨轮纹病研究进展第13-14页
    1.1.1 梨轮纹病的危害第13页
    1.1.2 梨轮纹病菌分类地位第13页
    1.1.3 梨轮纹病的防治策略第13-14页
  1.2 真菌病毒研究进展第14-16页
    1.2.1 真菌病毒的分类第14页
    1.2.2 真菌病毒的传播第14-15页
    1.2.3 梨树轮纹病菌真菌病毒的种类第15-16页
  1.3 真菌病毒与病原真菌的互作第16页
  1.4 本研究目的与意义第16-18页
第二章 来源于湖北省梨轮纹病菌菌株携带真菌病毒的初步研究第18-43页
  2.1 引言第18页
  2.2 试验材料第18-20页
    2.2.1 供试梨轮纹病菌分离菌株第18-19页
    2.2.2 供试植物第19页
    2.2.3 引物设计与合成第19页
    2.2.4 试验所需培养基以及试剂第19-20页
  2.3 试验方法第20-27页
    2.3.1 病原菌分离和纯化第20页
    2.3.2 真菌基因组DNA提取第20-21页
    2.3.3 梨轮纹病菌分离株的PCR扩增第21页
    2.3.4 PCR产物回收、纯化第21-22页
    2.3.5 PCR产物连接第22页
    2.3.6 热击转化第22页
    2.3.7 梨轮纹菌分离株阳性克隆的PCR鉴定第22-23页
    2.3.8 克隆测序及系统进化树分析第23页
    2.3.9 梨轮纹病菌分离株的菌落形态观察及生长速率测定第23页
    2.3.10 梨轮纹病菌分离株的致病性测定第23页
    2.3.11 数据分析第23页
    2.3.12 真菌病毒双链RNA(Double-strand RNA,dsRNA)的提取第23-24页
    2.3.13 DNaseI和S1核酸酶处理dsRNA第24-25页
    2.3.14 核酸电泳分析第25页
    2.3.15 RNA反转录合成cDNA模板第25-26页
    2.3.16 RT-PCR第26页
    2.3.17 原生质体的制备第26页
    2.3.18 LW-C原生质体再生法对病毒的脱除第26-27页
    2.3.19 梨轮纹病菌菌株诱导产孢及其孢子垂直传播携带dsRNA检测第27页
    2.3.20 LW-C菌株的弱毒特性及dsRNA的水平传染试验第27页
  2.4 结果第27-40页
    2.4.1 来源于湖北省梨轮纹病菌分离菌株生物特性及其携带dsRNA的检测第27-31页
      2.4.1.1 来源于湖北省的梨轮纹病菌分离株的生物学培养特性第28页
      2.4.1.2 梨轮纹病菌菌株的分子鉴定第28-30页
      2.4.1.3 梨轮纹菌株致病性测定结果第30-31页
      2.4.1.4 来源于湖北省的梨轮纹病菌分离株携带dsRNA的检测结果第31页
    2.4.2 LW-1,LW-C和LW-P菌株垂直传播分生孢子的dsRNA检测第31-32页
    2.4.3 LW-C菌株携带BdCV1的分子鉴定结果第32-34页
    2.4.4 来源于LW-C原生质体再生菌株dsRNA的检测结果第34-35页
    2.4.5 LW-C菌株的生物学培养特性和致病性测定结果第35-37页
    2.4.6 LW-C菌株携带BdCV1水平传毒特性的测定结果第37-40页
  2.5 讨论第40-43页
第三章 真菌病毒对梨轮纹病菌mRNA和小RNA表达的影响第43-74页
  3.1 引言第43页
  3.2 试验材料第43-44页
    3.2.1 供试菌株第43页
    3.2.2 培养基第43-44页
    3.2.3 分子试剂第44页
  3.3 试验方法第44-49页
    3.3.1 梨轮纹病菌中真菌病毒cp和RdRp基因表达量变化分析第44-45页
      3.3.1.1 梨轮纹病菌分离株培养第44页
      3.3.1.2 Trizol法提取梨轮纹病菌总RNA第44页
      3.3.1.3 DNaseI酶消化总RNA含有的基因组DNA第44页
      3.3.1.4 RT-qPCR第44-45页
    3.3.2 cDNA文库构建以及de novo高通量测序第45-46页
      3.3.2.1 De novo原始数据数据处理及其组装第46页
      3.3.2.2 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌Unigene注释第46页
      3.3.2.3 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌差异表达基因(DEG)的筛选及功能分析第46页
    3.3.3 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌小RNA测序及其分析第46-47页
      3.3.3.1 小RNA文库构建和高通量测序第46-47页
      3.3.3.2 小RNA测序数据处理第47页
      3.3.3.3 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌小RNA注释分类第47页
      3.3.3.4 miRNA靶基因的预测第47页
    3.3.4 RT-PCR检测转录组测序Unigene基因序列一致性第47-48页
      3.3.4.1 总RNA反转录第47-48页
      3.3.4.2 RT-PCR及其产物回收、克隆和测序第48页
    3.3.5 RT-qPCR检测Unigene基因表达量第48-49页
  3.4 试验结果第49-71页
    3.4.1 梨轮纹病菌中真菌病毒cp和RdRp基因表达量变化分析第49-50页
    3.4.2 梨轮纹病菌(B. dothdiea)高通量测序的de novo组装第50-51页
    3.4.3 RT-PCR检测梨轮纹病菌(B.dothdiea)高通量测序unigene序列的一致性第51-52页
    3.4.4 梨轮纹病菌unigene转录组注释及其功能分类第52-54页
    3.4.5 真菌病毒感染条件下梨轮纹病菌差异表达分析及基因注释和功能富集第54-61页
    3.4.6 小RNA测序挖掘病毒感染条件下梨轮纹病菌响应的miRNA及其分析第61-68页
      3.4.6.1 小RNA测序数据质量及长度分布第61-63页
      3.4.6.2 病毒感染条件下梨轮纹病菌已知miRNA差异表达分析第63-65页
      3.4.6.3 病毒感染条件下梨轮纹病菌新的miRNA预测及差异表达分析第65-68页
    3.4.7 病毒感染条件下梨轮纹菌株miRNA/mRNA负调控的联合分析第68-71页
  3.5 讨论第71-74页
参考文献第74-79页
附录A 常用试剂和培养基的配方第79-80页
附录B 病毒感染条件下3组对比文库(LW-CP/Mock、LW-C/Mock和LW-P/Mock)中梨轮纹病菌差异表达已知miRNAs表达量变化第80-85页
附录C 差异表达novel miRNAs前体二级发夹结构第85-86页
附录D 病毒感染条件下梨轮纹病菌3组对比文库差异表达mRNA和miRNA靶基因差异表达热图第86-87页
致谢第87页

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