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基于RAD-seq技术的中国葡萄属葛藟葡萄支系的系统发育研究
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基于RAD-seq技术的中国葡萄属葛藟葡萄支系的系统发育研究
论文目录
 
摘要第1-7页
Abstract第7-9页
缩略语表第9-10页
　　1. 前言第10-22页
　　1.1 研究问题由来第10-11页
　　1.2 葡萄科属系统发育研究进展第11-17页
　　　　1.2.1 形态学分类法第12页
　　　　1.2.2 解剖学分类法第12-13页
　　　　1.2.3 孢粉学分类法第13页
　　　　1.2.4 同工酶分类法第13页
　　　　1.2.5 细胞学分类法第13-14页
　　　　1.2.6 DNA分子标记第14-16页
　　　　1.2.7 DNA序列分析第16-17页
　　1.3 研究方法选择第17-19页
　　　　1.3.1 SNP标记第17-18页
　　　　1.3.2 RAD测序技术第18-19页
　　1.4 研究的目的及意义第19-21页
　　1.5 技术路线第21-22页
　　2. 材料与方法第22-39页
　　2.1 试验材料第22-30页
　　　　2.1.1 材料调查与采集方法第22页
　　　　2.1.2 野外调查与采集结果第22-30页
　　2.2 试验试剂和仪器第30-32页
　　　　2.2.1 试剂药品第30页
　　　　2.2.2 试剂配制第30-31页
　　　　2.2.3 仪器设备第31-32页
　　2.3 试验方法第32-34页
　　　　2.3.1 葡萄基因组DNA提取第32页
　　　　2.3.2 DNA浓度和纯度的测定第32-33页
　　　　2.3.3 RAD文库的制备和构建第33-34页
　　2.4 数据统计与分析第34-39页
　　　　2.4.1 测序数据统计第34页
　　　　2.4.2 比对参考基因组第34-35页
　　　　2.4.3 SNP检测和注释第35页
　　　　2.4.4 群体遗传多样性和遗传分化分析第35-36页
　　　　2.4.5 群体系统发育分析第36-37页
　　　　2.4.6 群体基因交流分析第37-39页
　　3. 结果与分析第39-53页
　　3.1 基因组DNA提取质量检测第39页
　　3.2 RAD测序结果第39-41页
　　　　3.2.1 测序数据统计第39页
　　　　3.2.2 测序数据质量评估第39-41页
　　　　3.2.3 RAD tag产出数据统计第41页
　　　　3.2.4 SNP标记的检测第41页
　　3.3 群体遗传多样性和遗传分化分析第41-44页
　　　　3.3.1 θw和θπ分析第41页
　　　　3.3.2 Fst分析第41-44页
　　3.4 群体系统发育分析第44-50页
　　　　3.4.1 群体主成分分析第44-45页
　　　　3.4.2 群体进化树分析第45-49页
　　　　3.4.3 群体遗传结构分析第49-50页
　　3.5 群体基因交流分析第50-53页
　　　　3.5.1 IS分析第50-52页
　　　　3.5.2 Treemix分析第52-53页
　　4. 讨论第53-61页
　　4.1 中国葡萄属葛藟葡萄支系叶片形态变异第53页
　　4.2 中国葡萄属葛藟葡萄支系遗传多样性和遗传分化第53-54页
　　4.3 中国葡萄属葛藟葡萄支系系统发育分析第54-55页
　　4.4 中国葡萄属葛藟葡萄支系基因交流分析第55-56页
　　4.5 小叶葛藟的分类问题第56-59页
　　4.6 疑似杂交群体的起源问题第59-61页
　　5. 总结第61-62页
参考文献第62-71页
附录 1第71-73页
附录 2第73-75页
附录 3第75-76页
致谢第76页

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