面向长基因组序列片段的快速比对算法研究

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面向长基因组序列片段的快速比对算法研究

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面向长基因组序列片段的快速比对算法研究

论文目录
摘要	第1-5页
Abstract	第5-8页
第1章绪论	第8-16页
· 课题背景及研究的目的和意义	第8-10页
· 国内外研究现状及分析	第10-12页
· 长序列比对方法的发展现状	第10-11页
· 基因组变异检测方法的发展现状	第11-12页
· 本文主要研究内容	第12-14页
· 本文组织结构	第14-16页
第2章序列比对和基因组结构变异的相关概念	第16-26页
· 引言	第16页
· 序列比对相关概念	第16-23页
· 全局比对和局部比对	第16-18页
· 缺失处罚策略	第18-19页
· 面向新一代测序技术的快速比对算法	第19-20页
· 序列比对过程中使用和生成的数据格式	第20-23页
· 基因组结构变异以及结构变异断点	第23-25页
· 本章小结	第25-26页
第3章长基因组序列片段比对方法的设计与实现	第26-50页
· 引言	第26页
· LSAT 整体设计介绍	第26-28页
· LSAT 开发和运行环境	第26-27页
· LSAT 总体设计方案	第27-28页
· 选种及比对定位	第28-29页
· 无交叠长种子选取	第28-29页
· 种子的短序列比对	第29页
· 种子比对结果提取	第29-31页
· 种子比对结果筛选聚类	第31-39页
· 最优覆盖连接模式	第34-38页
· 所有有效结果模式	第38-39页
· 局部非结构变异区的全局比对	第39-44页
· 匹配和错配的种子间隙的填补	第40-41页
· 种子结果合并以及边界处理	第41-44页
· 面向插入、删除等结构变异的拆分比对	第44-49页
· 哈希表索引建立	第44-45页
· 变异区域参考基因组序列的哈希映射	第45-46页
· 面向插入删除的哈希种子比对结果筛选聚类	第46-49页
· 拆分比对结果的合并生成	第49页
· 本章小结	第49-50页
第4章 LSAT 的性能评测	第50-59页
· 引言	第50页
· 评测实验数据介绍	第50-51页
· 比对运行时间比较	第51-52页
· 比对结果的碱基级别准确性评测	第52-54页
· 比对结果的结构变异断点准确性评测	第54-58页
· 工作展望	第58页
· 本章小结	第58-59页
结论	第59-60页
参考文献	第60-64页
致谢	第64页

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