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基于GWAS挖掘棉花优异纤维相关位点及全基因组单体型分析

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基于GWAS挖掘棉花优异纤维相关位点及全基因组单体型分析
论文目录
 
摘要第1-7页
abstract第7-13页
英文缩略表第13-14页
第一章 引言第14-20页
  1.1 分子标记的类型及其应用第14页
  1.2 分子标记辅助选择第14-15页
  1.3 SLAF-seq简化基因组测序技术第15-16页
    1.3.1 SLAF-seq技术的原理及其优势第15页
    1.3.2 SLAF-seq技术流程第15-16页
  1.4 全基因组关联分析第16页
    1.4.1 全基因组关联分析的原理第16页
    1.4.2 全基因关联分析的步骤第16页
  1.5 单体型第16-17页
    1.5.1 单体型的定义及其研究意义第16-17页
    1.5.2 单体域的定义第17页
    1.5.3 单体型的推断方法及研究意义第17页
  1.6 纤维素合成酶超基因家族研究进展第17-18页
  1.7 近年来棉花作物研究进展第18-20页
    1.7.1 国外棉花作物领域研究进展第18页
    1.7.2 国内棉花研究现状及趋势第18-20页
第二章 材料与方法第20-35页
  2.1 实验仪器设备第20页
  2.2 材料与田间试验第20-21页
    2.2.1 种植材料第20页
    2.2.2 田间试验第20-21页
  2.3 棉花基因组DNA的提取第21-23页
    2.3.1 基因组DNA的提取方法第21-22页
    2.3.2 基因组DNA浓度的检测方法第22页
    2.3.3 基因组DNA的完整性检测第22-23页
  2.4 特异位点扩增片段测序(SLAF-seq)实验第23-28页
    2.4.1 酶切方案设计第23页
    2.4.2 实验流程第23-24页
    2.4.3 生物信息分析流程第24页
    2.4.4 基因组酶切第24-25页
    2.4.5 5 '末端修复第25页
    2.4.6 3 '端加A处理第25-26页
    2.4.7 连接Dual-index接头第26页
    2.4.8 PCR扩增第26-27页
    2.4.9 电泳切胶回收第27页
    2.4.10 上机测序第27-28页
  2.5 棉花纤维总RNA提取第28-32页
    2.5.1 棉花纤维总RNA的提取方法第28页
    2.5.2 RNA的纯度及浓度检测第28-29页
    2.5.3 cDNA的合成第29页
    2.5.4 cDNA的检测第29-31页
    2.5.5 qRT-PCR实验第31-32页
  2.6 棉花纤维素合成酶基因家族生物信息分析方法第32-35页
    2.6.1 转录组数据分析第32页
    2.6.2 纤维素合成酶基因的鉴定第32-33页
    2.6.3 多序列比对(MSA)文件第33页
    2.6.4 系统进化树构建第33页
    2.6.5 染色体定位及基因结构分析第33页
    2.6.6 共线性分析第33页
    2.6.7 启动子分析第33-34页
    2.6.8 选择压力分析第34-35页
第三章 基于SLAF-seq技术的棉花GWAS及单体型分析第35-58页
  3.1 数据质控和标记开发第35-36页
    3.1.1 酶切方案第35-36页
    3.1.2 酶切均匀性评估第36页
  3.2 测序数据统计与评估第36-38页
    3.2.1 测序质量值分布检查第36-37页
    3.2.2 碱基分布检查第37-38页
    3.2.3 测序质量产出和质量统计第38页
  3.3 实验建库评估第38-40页
    3.3.1 比对效率统计第39页
    3.3.2 酶切效率评估统计第39页
    3.3.3 片段选择评估第39-40页
  3.4 SLAF标记开发第40-49页
    3.4.1 SLAF标签统计第40页
    3.4.2 SNP信息统计第40-47页
    3.4.3 SLAF标签在染色体上的分布第47-48页
    3.4.4 SNP标记在染色体上的分布第48-49页
  3.5 纤维品质相关性状表型分析第49页
  3.6 测序数据结果第49-50页
  3.7 连锁不平衡及单体域分析第50页
  3.8 基于SNP标记的群体结构分析第50-51页
  3.9 基于SNP标记的主成分分析和群体系统进化树第51-52页
  3.10 基于SNP全基因组关联分析第52-53页
  3.11 全基因组单体域及单倍型分析第53-58页
第四章 棉花纤维素合成酶基因家族进化与表达模式分析第58-74页
  4.1 棉花纤维素合成酶基因Ces/Csl第58页
  4.2 系统进化树第58页
  4.3 染色体定位和基因结构结果分析第58页
  4.4 选择压力分析第58-67页
  4.5 基因表达分析第67页
  4.6 启动子顺式作用元件分析第67-74页
第五章 讨论第74-77页
  5.1 简化基因组测序第74页
  5.2 基于GWAS的单体型分析第74-75页
  5.3 基于单体型的分子育种第75页
  5.4 纤维素合成酶基因家族的进化第75-76页
  5.5 纤维素合成酶基因家族的表达模式第76-77页
第六章 全篇结论第77-78页
参考文献第78-85页
致谢第85-86页
作者简介第86页

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