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小麦茎秆快速发育基因qd1的遗传定位与转录组学分析

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小麦茎秆快速发育基因qd1的遗传定位与转录组学分析
论文目录
 
摘要第1-6页
abstract第6-10页
英文缩略表第10-11页
第一章 引言第11-19页
  1.1 矮秆基因的研究和利用现状第11-13页
    1.1.1 矮秆基因对赤霉素的敏感性第11-12页
    1.1.2 矮秆基因对赤霉病的抗性第12-13页
  1.2 作物诱变育种的研究进展第13页
  1.3 BSA类基因定位研究进展第13-17页
    1.3.1 基于标记基因型和性状表现型的BSA第14页
    1.3.2 突变基因快速定位法MutMap第14-16页
    1.3.3 数量性状基因快速定位法QTL-Seq第16-17页
  1.4 小麦胚芽鞘花青素合成基因的简介第17-18页
  1.5 本研究的目的及意义第18-19页
第二章 小麦茎秆快速发育基因qd1的初定位第19-26页
  2.1 材料与方法第19-22页
    2.1.1 材料的种植第19页
    2.1.2 取样、总RNA的提取和BSR-Seq文库的制备第19页
    2.1.3 BSR-Seq测序数据与参考基因组的比对第19-20页
    2.1.4 高质量SNP的筛选第20页
    2.1.5 QTL-Seq基因定位法第20页
    2.1.6 F2群体DNA的提取第20-21页
    2.1.7 KASP引物设计和SNP基因分型第21-22页
  2.2 结果与分析第22-24页
    2.2.1 测序数据与参考基因组的比对以及高质量SNP的筛选第22页
    2.2.2 qd1基因定位与初定位区间的验证第22-24页
  2.3 讨论第24-26页
第三章 转录组学分析小麦茎秆快速发育性状第26-34页
  3.1 材料与方法第26-27页
    3.1.1 材料的种植第26页
    3.1.2 取样、总RNA的提取以及文库的制备第26页
    3.1.3 转录组测序数据与参考基因组的比对第26页
    3.1.4 差异表达基因和差异外显子的鉴定与注释第26-27页
    3.1.5 qPCR验证差异表达基因第27页
  3.2 结果与分析第27-32页
    3.2.1 CleanReads与参考基因组的比对第27-28页
    3.2.2 差异表达基因和差异外显子的鉴定第28-29页
    3.2.3 DEG和DEU的联合分析第29-32页
  3.3 讨论第32-34页
第四章 660KSNP芯片快速定位强光诱导的花青素合成基因第34-42页
  4.1 材料与方法第34-36页
    4.1.1 遗传分离群体的构建第34页
    4.1.2 幼苗培养条件第34页
    4.1.3 花青素的提取和定量分析第34页
    4.1.4 BSA与660KSNP芯片联合分析第34-35页
    4.1.5 基于芯片初始SNP分布的加权算法第35-36页
  4.2 结果与分析第36-40页
    4.2.1 材料表型第36-37页
    4.2.2 SNP加权算法第37页
    4.2.3 候选基因区间的确定第37-40页
  4.3 讨论第40-42页
第五章 全文结论第42-43页
参考文献第43-53页
附录第53-59页
致谢第59-60页
作者简历第60页

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