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强优势杂交棉优异亲本大片段获得与缺失变异挖掘及分析
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强优势杂交棉优异亲本大片段获得与缺失变异挖掘及分析
论文目录
摘要
第1-6页
abstract
第6-11页
第一章 引言
第11-16页
1.1 研究目的及意义
第11-12页
1.2 基因组遗传变异综述
第12页
1.2.1 序列多态性变异
第12页
1.2.2 结构变异
第12页
1.3 棉花基因组测序综述
第12-16页
1.3.1 测序背景
第12-13页
1.3.2 测序进展
第13-14页
1.3.3 棉花科研热点的展望
第14-16页
第二章 材料和方法
第16-21页
2.1 实验材料
第16-18页
2.1.1 植物材料
第16-18页
2.1.2 分子生物学试剂及生化试剂
第18页
2.2 实验方法
第18-21页
2.2.1 植物基因组DNA提取
第18页
2.2.2 聚合酶链式反应(PCR)
第18页
2.2.3 琼脂糖凝胶电泳
第18页
2.2.4 基因功能注释
第18页
2.2.5 基因位置信息获取
第18-19页
2.2.6 Circos图绘制
第19页
2.2.7 ANNOVAR功能注释
第19页
2.2.8 染色体定位
第19页
2.2.9 棉花种植
第19页
2.2.10 农艺性状
第19-21页
第三章 棉花重要农艺性状
第21-24页
3.1 引言
第21页
3.2 农艺性状调查
第21页
3.3 个别农艺性状数据分析
第21-23页
3.4 小结
第23-24页
第四章 棉花基因组内获得与缺失变异挖掘及分析
第24-32页
4.1 基因组重测序技术
第24-25页
4.2 获得与缺失变异(PAVS)挖掘
第25页
4.3 棉花基因组PAVS挖掘
第25-26页
4.3.1 优异亲本DNA提取
第25-26页
4.3.2 全基因组重测序及序列比对
第26页
4.3.3 PAVs变异检测
第26页
4.4 棉花基因组PAVS分析
第26-31页
4.4.1 棉花基因组内存在大量的PAVs
第26-27页
4.4.2 PAVs对基因组序列的影响
第27-28页
4.4.3 PAVs在染色体上的分布
第28-29页
4.4.4 PAVs在基因结构上的分布
第29页
4.4.5 PAVs影响的基因功能富集分析
第29-30页
4.4.6 PAVs在Pfam中的聚集
第30页
4.4.7 PAVs附近的转座子
第30-31页
4.5 本章小结
第31-32页
第五章 棉花基因组LSPAVS的检测分析
第32-39页
5.1 引言
第32页
5.2 棉花基因组内大片段获得与缺失变异的挖掘
第32-33页
5.3 PCR反应检测LSPAVS
第33-36页
5.3.1 Pairwise-PCR原理
第33-35页
5.3.2 Pairwise-PCR检测大片段PAVs
第35-36页
5.4 共同LsPAVs注释基因
第36-38页
5.5 小结
第38-39页
第六章 全文结论
第39-40页
参考文献
第40-45页
致谢
第45-46页
作者简历
第46页
本篇论文共
46
页,
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。
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