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强优势杂交棉优异亲本大片段获得与缺失变异挖掘及分析

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强优势杂交棉优异亲本大片段获得与缺失变异挖掘及分析
论文目录
 
摘要第1-6页
abstract第6-11页
第一章 引言第11-16页
  1.1 研究目的及意义第11-12页
  1.2 基因组遗传变异综述第12页
    1.2.1 序列多态性变异第12页
    1.2.2 结构变异第12页
  1.3 棉花基因组测序综述第12-16页
    1.3.1 测序背景第12-13页
    1.3.2 测序进展第13-14页
    1.3.3 棉花科研热点的展望第14-16页
第二章 材料和方法第16-21页
  2.1 实验材料第16-18页
    2.1.1 植物材料第16-18页
    2.1.2 分子生物学试剂及生化试剂第18页
  2.2 实验方法第18-21页
    2.2.1 植物基因组DNA提取第18页
    2.2.2 聚合酶链式反应(PCR)第18页
    2.2.3 琼脂糖凝胶电泳第18页
    2.2.4 基因功能注释第18页
    2.2.5 基因位置信息获取第18-19页
    2.2.6 Circos图绘制第19页
    2.2.7 ANNOVAR功能注释第19页
    2.2.8 染色体定位第19页
    2.2.9 棉花种植第19页
    2.2.10 农艺性状第19-21页
第三章 棉花重要农艺性状第21-24页
  3.1 引言第21页
  3.2 农艺性状调查第21页
  3.3 个别农艺性状数据分析第21-23页
  3.4 小结第23-24页
第四章 棉花基因组内获得与缺失变异挖掘及分析第24-32页
  4.1 基因组重测序技术第24-25页
  4.2 获得与缺失变异(PAVS)挖掘第25页
  4.3 棉花基因组PAVS挖掘第25-26页
    4.3.1 优异亲本DNA提取第25-26页
    4.3.2 全基因组重测序及序列比对第26页
    4.3.3 PAVs变异检测第26页
  4.4 棉花基因组PAVS分析第26-31页
    4.4.1 棉花基因组内存在大量的PAVs第26-27页
    4.4.2 PAVs对基因组序列的影响第27-28页
    4.4.3 PAVs在染色体上的分布第28-29页
    4.4.4 PAVs在基因结构上的分布第29页
    4.4.5 PAVs影响的基因功能富集分析第29-30页
    4.4.6 PAVs在Pfam中的聚集第30页
    4.4.7 PAVs附近的转座子第30-31页
  4.5 本章小结第31-32页
第五章 棉花基因组LSPAVS的检测分析第32-39页
  5.1 引言第32页
  5.2 棉花基因组内大片段获得与缺失变异的挖掘第32-33页
  5.3 PCR反应检测LSPAVS第33-36页
    5.3.1 Pairwise-PCR原理第33-35页
    5.3.2 Pairwise-PCR检测大片段PAVs第35-36页
  5.4 共同LsPAVs注释基因第36-38页
  5.5 小结第38-39页
第六章 全文结论第39-40页
参考文献第40-45页
致谢第45-46页
作者简历第46页

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