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甘蓝型油菜基因组序列丢失引起的遗传变异分析

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甘蓝型油菜基因组序列丢失引起的遗传变异分析
论文目录
 
摘要第1-7页
abstract第7-11页
英文缩略表第11-12页
第一章 引言第12-25页
  1.1 甘蓝型油菜概况第12-14页
    1.1.1 甘蓝型油菜的起源与进化第12-13页
    1.1.2 我国油菜的发展与分布第13-14页
  1.2 测序的历史及在重要农作物中的应用第14-16页
    1.2.1 基因组测序的历史第14-15页
    1.2.2 重要农作物基因组的发布第15-16页
    1.2.3 高通量测序技术在农作物中的应用第16页
  1.3 甘蓝型油菜测序发展及高通量测序在油菜中的应用第16-18页
    1.3.1 甘蓝型油菜亲本基因组的测序以及组装第16-17页
    1.3.2 甘蓝型油菜基因组的测序以及组装第17页
    1.3.3 高通量测序在油菜中的应用第17-18页
  1.4 结构变异及其检测方式第18-22页
    1.4.1 结构变异第18-19页
    1.4.2 结构变异检测方式第19-22页
  1.5 关联分析的研究进展及应用第22-24页
    1.5.1 连锁不平衡第22-23页
    1.5.2 关联分析的应用第23-24页
    1.5.3 结构变异与植物表型的关联第24页
  1.6 本研究的目的及意义第24-25页
第二章 甘蓝型油菜大片段序列丢失引起的结构变异及全基因组关联分析第25-37页
  2.1 引言第25页
  2.2 材料来源第25页
  2.3 方法第25-27页
    2.3.1 DNA提取及测序第25-26页
    2.3.2 测序数据处理分析第26页
      2.3.2.1 原始测序数据处理第26页
      2.3.2.2 数据比对及预处理第26页
      2.3.2.3 大片段序列丢失引起的结构变异检测第26页
      2.3.2.4 系统发育树的构建第26页
    2.3.3 表型数据的处理第26-27页
  2.4 结果第27-35页
    2.4.1 油菜群体水平大片段序列丢失引起的结构变异分析第27-28页
    2.4.2 大片段序列丢失长度分布第28-29页
    2.4.3 部分高深度测序甘蓝型油菜中多种类型结构变异检测第29-31页
    2.4.4 基于大片段序列丢失引起的结构变异的群体亲缘关系分析第31-32页
    2.4.5 基于大片段序列丢失引起的结构变异的全基因组关联分析第32-34页
    2.4.6 大片段序列丢失引起的结构变异与硫苷含量关系分析第34-35页
  2.5 讨论第35-37页
第三章 春性、半冬性、冬性甘蓝型油菜代表性品种间的结构变异分析第37-43页
  3.1 引言第37页
  3.2 材料和方法第37-38页
    3.2.1 DNA提取及测序第37页
    3.2.2 基因组变异检测及注释分析第37页
    3.2.3 GO富集分析第37-38页
  3.3 结果第38-41页
    3.3.1 数据测序、质量评估和比对第38页
    3.3.2 结构变异(SV)的检测及注释第38-39页
    3.3.3 拷贝数变异(CNV)检测及注释第39-40页
    3.3.4 GO富集分析第40-41页
  3.4 讨论第41-43页
第四章 全文结论第43-44页
第五章 创新点与展望第44-45页
参考文献第45-53页
附录第53-62页
致谢第62-63页
作者简历第63页

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