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miRNA在中国鲎胚胎发育中的表达分析

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miRNA在中国鲎胚胎发育中的表达分析
论文目录
 
摘要第1-6页
abstract第6-11页
第1章 引言第11-20页
  1.1 中国鲎简介第11-12页
    1.1.1 中国鲎资源分布和现状第11页
    1.1.2 中国鲎胚胎发育和幼体发育第11-12页
  1.2 miRNA的发现、发生和功能第12-15页
    1.2.1 miRNA的发现第12-13页
    1.2.2 miRNA的生物发生第13-14页
    1.2.3 miRNA的作用机制第14页
    1.2.4 miRNA的生物学功能第14-15页
  1.3 miRNA研究方法第15-17页
    1.3.1 miRNA传统研究方法第15-16页
    1.3.2 高通量测序技术在miRNA研究中的应用第16页
    1.3.3 miRNA靶基因的识别鉴定第16-17页
    1.3.4 生物信息学方法预测miRNA靶基因第17页
  1.4 miRNA与动物生长发育第17-19页
    1.4.1 miRNA在早期胚胎发育中的作用第17-18页
    1.4.2 miRNA在脑及神经发育过程中的作用第18页
    1.4.3 miRNA在心脏发育过程中的作用第18页
    1.4.4 miRNA在肌肉及骨骼发育过程中的作用第18-19页
  1.5 本文的研究内容和意义第19-20页
第2章 材料与方法第20-30页
  2.1 材料第20-21页
    2.1.1 胚胎材料第20页
    2.1.2 数据库与生物软件第20-21页
    2.1.3 实验试剂和实验仪器第21页
  2.2 方法第21-27页
    2.2.1 样品处理第21-23页
    2.2.2 Solexa测序第23-27页
  2.3 miRNA的差异表达分析和靶基因预测第27-28页
  2.4 miRNA的保守性分析第28页
  2.5 部分miRNA的实验验证第28-30页
第3章 结果与分析第30-65页
  3.1 样品总RNA质量检测第30-31页
  3.2 solexa测序数据分析第31-41页
    3.2.1 原始数据分析第31页
    3.2.2 Rfam比对第31-33页
    3.2.3 重复序列比对第33-34页
    3.2.4 clean reads统计第34-37页
    3.2.5 测序得到的miRNA第37-38页
    3.2.6 4个胚胎发育阶段中差异miRNA第38-40页
    3.2.7 已知miRNA的保守性分析第40-41页
  3.3 已知miRNA第41-44页
    3.3.1 已知miRNA表达谱第41-43页
    3.3.2 已知miRNA表达差异分析第43-44页
  3.4 未知miRNA第44-53页
    3.4.1 Group2a中未知miRNA表达谱第44-47页
    3.4.2 Group2a中高丰度表达的几种miRNA的表达差异分析第47-50页
    3.4.3 Group4a中未知miRNA第50-53页
  3.5 Group4a候选miRNA分析第53-58页
    3.5.1 候选miRNA的二级结构预测第53-55页
    3.5.2 候选miRNA靶基因预测第55-56页
    3.5.3 预测靶基因的GO富集分析第56-57页
    3.5.4 miRNA靶基因KEGG通路图第57-58页
  3.6 部分miRNA的实验验证第58-59页
    3.6.1 选择在Tt01、Tt02阶段特异表达的miRNA第58页
    3.6.2 反转录引物和荧光定量PCR引物第58-59页
    3.6.3 与solexa测序结果比较第59页
  3.7 讨论第59-65页
    3.7.1 已知miRNA功能预测第59-60页
    3.7.2 Group2a中部分未知miRNA功能分析第60-62页
    3.7.3 PC-5p-6_340902 功能分析第62-63页
    3.7.4 中国鲎胚胎发育中miRNA介导的胚胎发育机制第63页
    3.7.5 高通量测序挖掘中国鲎胚胎发育相关miRNAs的可靠性第63-65页
第4章 结论与展望第65-67页
  4.1 中国鲎胚胎中已知miRNA表达谱第65页
  4.2 中国鲎胚胎中的部分未知miRNA表达谱第65页
  4.3 预测全新miRNA第65-66页
  4.4 下一步工作展望第66-67页
致谢第67-68页
参考文献第68-74页
在学期间发表的论文第74页

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