水稻基因组结构变异的生物信息学分析

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水稻基因组结构变异的生物信息学分析

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水稻基因组结构变异的生物信息学分析

论文目录
摘要	第1-5页
Abstract	第5-7页
缩写词及其英文对照	第7-10页
第1章文献综述	第10-24页
· 研究背景	第10-22页
· 结构变异	第11-13页
· 检测结构变异的方法	第13-18页
· 微阵列	第13-14页
· 基于二代测序技术的结构变异检测方法	第14-18页
· 结构变异与植物表型的关联	第18-19页
· 等位基因变异分析	第19-22页
· 基于测序的等位基因挖掘	第20-21页
· 单倍型分析	第21-22页
· 本研究的目的和意义	第22-23页
· 研究技术路线	第23-24页
第2章水稻基因组结构变异分析	第24-38页
· 引言	第24-25页
· 材料与方法	第25-29页
· 供试材料	第25页
· Linux CentOS操作系统	第25-26页
· Perl编程语言	第26-27页
· 质量控制	第27-28页
· 比对	第28页
· 结构变异的检测	第28-29页
· 结果	第29-35页
· 华粳籼74基因组重测序数据过滤	第29-30页
· 插入长度的检测	第30-31页
· 华粳籼74全基因组检测到的结构变异	第31页
· 华粳籼74结构变异在12条染色体上的分布	第31-32页
· 华粳籼74不同类型的结构变异在12条染色体上的分布	第32-34页
· 华粳籼74结构变异大小分布	第34页
· 华粳籼74易位结构变异分析	第34-35页
· 小结	第35-38页
第3章 SSSL亲本全基因组基因的单倍型分析	第38-51页
· 引言	第38-39页
· 材料与方法	第39-40页
· 比对及覆盖深度计算	第39页
· SNP变异检测	第39-40页
· InDel变异检测与注释	第40页
· 单倍型的分析	第40页
· 结果	第40-49页
· SSSL亲本全基因组的基因单倍型	第40-42页
· SSSL亲本中一些基因的单倍型分析	第42-49页
· DTH2基因的单倍型	第42-43页
· IPA1基因的单倍型	第43-49页
· GW2基因的单倍型	第49页
· 小结	第49-51页
第4章讨论与结论	第51-56页
· 讨论	第51-55页
· 水稻全基因组的结构变异	第51-52页
· 影响结构变异的检测的因素	第52-54页
· 基因组中基因的单倍型分析	第54-55页
· 结论	第55-56页
致谢	第56-57页
参考文献	第57-66页
附录A 结构变异检测的详细过程	第66-67页
附录B 结构变异部分结果	第67-86页
附录C 重测序数据SNP和InDel分析流程	第86-88页
附录D 12染色体基因单倍型数目	第88-89页

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