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SLAF-GWAS分析猪腹股沟阴囊疝发生的关联位点及相关候选基因验证

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SLAF-GWAS分析猪腹股沟阴囊疝发生的关联位点及相关候选基因验证
论文目录
 
摘要第1-9页
Abstract第9-11页
缩略语表(Abbreviation)第11-12页
第一章 文献综述第12-25页
  引言第12页
  1 高通量测序第12-16页
    · 高通量测序在畜禽基因组中的应用第13-15页
    · SLAF-seq技术的产生与应用第15-16页
    · SLAF-seq技术与芯片技术的比较第16页
  2 全基因组关联分析第16-19页
    · GWAS在单基因疾病中的应用第17页
    · GWAS在复杂性疾病疾病中应用第17-18页
    · 简化基因组的关联分析在动植物疾病中的应用第18-19页
  3 猪腹股沟阴囊疝第19-24页
    · 腹股沟/阴囊疝形成的病理机制第19-22页
      · 睾丸下降异常第20-21页
      · 鞘状突和细胞凋亡第21页
      · 胶原蛋白第21-22页
    · 阴囊疝在猪分子遗传育种中的研究进展第22-24页
      · 阴囊疝相关易感区域的研究进展第22-23页
      · 与阴囊疝功能相关的候选基因第23-24页
  4 研究目的和意义第24-25页
第二章 材料和方法第25-36页
  1 材料第25-27页
    · 试验样品第25页
    · 主要仪器和设备第25-26页
    · 主要试剂、药品与试剂盒第26页
    · 应用到的生物信息学网站及分析软件第26-27页
  2 试验方法第27-36页
    · 试验动物选择与样品采集第27-28页
      · 猪前腔静脉采血第27-28页
    · 基因组DNA提取第28-30页
      · 猪血液基因组DNA的提取第28-29页
      · 猪基因组DNA的浓度测定和质量检测第29-30页
    · SLAF-GWAS测序分析第30-33页
      · 基因组测序文库的构建及测序第30-31页
      · 信息分析流程第31-32页
      · 生物信息学分析方法和结果第32-33页
    · 猪SOX9基因、COL2A1基因、MMP2基因、INSL3基因PCR-RFLP分析第33-35页
      · 猪SOX9基因、COL2A1基因、MMP2基因、INSL3基因部分片段扩增第33-34页
      · PCR产物酶切反应体系及条件第34-35页
    · 猪CPNE5基因和MAPTD2基因等位基因特异性PCR(Allele -specific PCR,AS-PCR)第35页
    · 数据处理分析第35-36页
第三章 试验结果与分析第36-59页
  · 样品采集第36页
  · 样本DNA提取以及样品合格率检测第36页
  · 高通量测序结果第36-42页
    · 酶切方案评估第37页
    · 酶切均匀性评估第37页
    · 建库对照评估第37-38页
    · 测序质量分布检查第38-39页
    · SLAF标签的开发及分布第39-40页
    · SNP信息统计第40页
    · 基于SNP的连锁不平衡(LD)分析第40-41页
    · 基于SNP的群体结构分析第41-42页
  · 性状关联分析第42-46页
    · 基于SNP的线性模型进行GWAS关联分析第42-44页
    · 病例-对照(Case-Control)模型进行GWAS关联分析第44-46页
  · CPNE5基因和MAP7D2基因多态位点在试验群体中的多态性分析第46-50页
    · CPNE5的基因分型和卡方检验第46-48页
    · MAP7D2的基因分型和卡方检验第48-50页
  · 猪SOX9基因、COL2A1基因、MMP2基因和INSL3基因在试验群体中的关联分析第50-59页
    · SOX9的基因分型和卡方检验第50-52页
    · COL2A1的基因分型和卡方检验第52-56页
    · MMP2的基因分型和卡方检验第56-57页
    · INSL3的基因分型和卡方检验第57-59页
第四章 讨论第59-65页
  · 全基因组关联分析结果第59-61页
  · SNP检测方法第61-62页
  · 候选基因关联位点验证结果解析第62-65页
    · Y染色体性别决定区域的BOX9(SOX9)第62页
    · Ⅱ型胶原纤维 α1 基因(COL2A1)第62-63页
    · 胰岛素样因子 3 (INSL3)第63页
    · 基质金属蛋白酶-2(MMP-2)第63-65页
第五章 下一步研究的工作第65-66页
第六章 小结第66-67页
参考文献第67-76页
致谢第76页

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