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一种新型单细胞测序分析平台——Microwell-seq的建立

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一种新型单细胞测序分析平台——Microwell-seq的建立
论文目录
 
致谢第1-7页
摘要第7-8页
Abstract第8-9页
缩略词第10-17页
绪论第17-20页
第一章 Microwell-seq平台的建立第20-30页
    引言第20-21页
    1.1 实验材料第21-22页
    1.2 实验方法第22-27页
        1.2.1 微孔板制备和应用第22-23页
        1.2.2 索引磁珠的合成第23-24页
        1.2.3 高通量测序平台Microwell-seq平台工作流程第24-27页
    1.3 实验结果和分析第27-30页
        1.3.1 磁珠质量检测结果第27-29页
        1.3.2 微孔板质量检测结果第29-30页
第二章 Microwell-seq可行性验证第30-52页
    引言第30页
    2.人、鼠细胞混合实验检测污染率第30-38页
        2.1 实验材料第30-33页
            2.1.1 实验细胞第30页
            2.1.2 实验试剂第30-32页
            2.1.3 相关试剂的配置第32-33页
        2.2 实验方法第33-37页
            2.2.1 实验流程第33-35页
            2.2.2 测序原始数据处理第35-36页
            2.2.3 生物信息学分析方法第36-37页
        2.3 实验结果和分析第37-38页
            2.3.1 人、鼠细胞混合实验Reads/genes曲线第37页
            2.3.2 人、鼠细胞混合实验检测污染率第37-38页
    3.Microwell-seq平台的测序深度及其影响第38-42页
        3.1 实验材料第38页
            3.1.1 实验细胞第38页
            3.1.2 实验试剂第38页
            3.1.3 相关试剂的配置第38页
        3.2 实验方法第38-39页
            3.2.1 实验流程第38-39页
            3.2.2 测序原始数据处理第39页
            3.2.3 生物信息学分析方法第39页
        3.3 实验结果和分析第39-42页
            3.3.1 鼠3T3细胞深度测序结果分析第39-40页
            3.3.2 测序深度对基因或Reads数影响第40-41页
            3.3.3 平台灵敏度验证第41-42页
    4 Microwell-seq平台不同批次数据的可分析性第42-45页
        4.1 实验材料第42页
            4.1.1 实验细胞第42页
            4.1.2 实验试剂第42页
            4.1.3 相关试剂的配置第42页
        4.2 实验方法第42-43页
            4.2.1 实验流程第42-43页
            4.2.2 原始数据的预处理第43页
            4.2.3 生物信息学分析方法第43页
        4.3 实验结果和分析第43-45页
            4.3.1 Microwell-seq平台用于冻存细胞的全转录组测序第43-44页
            4.3.2 批次差异验证实验第44-45页
    5 Microwell-seq与其他单细胞测序方法的比较第45-50页
        5.1 实验材料第45页
            5.1.1 实验细胞第45页
            5.1.2 实验试剂第45页
            5.1.3 相关试剂的配置第45页
        5.2 实验方法第45-46页
            5.2.1 实验流程第46页
            5.2.2 原始数据的预处理第46页
            5.2.3 生物信息学分析方法第46页
        5.3 实验结果和分析第46-50页
            5.3.1 Microwell-seq与其他平台测序深度的比较第47页
            5.3.2 Microwell-seq与其他平台检测到的基因数的比较第47-48页
            5.3.3 Microwell-seq与其他平台准确度的比较第48-49页
            5.3.4 Microwell-seq与其他平台双细胞污染率的比较第49-50页
            5.3.5 Microwell-seq与其他平台综合对比第50页
    讨论第50-52页
第三章 Microwell-seq平台的应用第52-62页
    引言第52-53页
    6 单细胞分析揭示成年小鼠肝脏细胞类型及其特征第53-56页
        6.1 实验材料第53页
            6.1.1 实验动物第53页
            6.1.2 实验试剂第53页
            6.1.3 相关试剂的配置第53页
        6.2 实验方法第53-54页
            6.2.1 实验流程第53页
            6.2.2 原始数据的预处理第53-54页
            6.2.3 生物信息学分析方法第54页
        6.3 实验结果和分析第54-56页
            6.3.1 成年小鼠肝脏细胞的聚类分析和细胞类型鉴定第54-56页
            6.3.2 四种不同肝细胞亚型的表达特征分析第56页
    7 单细胞分析揭示成年小鼠胰腺细胞类型及其特征第56-60页
        7.1 实验材料第56-57页
            7.1.1 实验动物第56-57页
            7.1.2 实验试剂第57页
            7.1.3 相关试剂的配置第57页
        7.2 实验方法第57-58页
            7.2.1 实验流程第57页
            7.2.2 测序数据预处理第57页
            7.2.3 生物信息学分析方法第57-58页
        7.3 实验结果和分析第58-60页
            7.3.1 成年小鼠胰腺细胞的聚类分析和细胞类型鉴定第58-59页
            7.3.2 高表达Nkx6-1的胰腺祖细胞的基因富集分析第59-60页
    讨论第60-62页
第四章 结论第62-63页
参考文献第63-66页
综述第66-97页
    参考文献第93-97页
作者简历及在学期间取得的科研成果第97页

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