论文目录 | |
致谢 | 第1-7页 |
摘要 | 第7-8页 |
Abstract | 第8-9页 |
缩略词 | 第10-17页 |
绪论 | 第17-20页 |
第一章 Microwell-seq平台的建立 | 第20-30页 |
引言 | 第20-21页 |
1.1 实验材料 | 第21-22页 |
1.2 实验方法 | 第22-27页 |
1.2.1 微孔板制备和应用 | 第22-23页 |
1.2.2 索引磁珠的合成 | 第23-24页 |
1.2.3 高通量测序平台Microwell-seq平台工作流程 | 第24-27页 |
1.3 实验结果和分析 | 第27-30页 |
1.3.1 磁珠质量检测结果 | 第27-29页 |
1.3.2 微孔板质量检测结果 | 第29-30页 |
第二章 Microwell-seq可行性验证 | 第30-52页 |
引言 | 第30页 |
2.人、鼠细胞混合实验检测污染率 | 第30-38页 |
2.1 实验材料 | 第30-33页 |
2.1.1 实验细胞 | 第30页 |
2.1.2 实验试剂 | 第30-32页 |
2.1.3 相关试剂的配置 | 第32-33页 |
2.2 实验方法 | 第33-37页 |
2.2.1 实验流程 | 第33-35页 |
2.2.2 测序原始数据处理 | 第35-36页 |
2.2.3 生物信息学分析方法 | 第36-37页 |
2.3 实验结果和分析 | 第37-38页 |
2.3.1 人、鼠细胞混合实验Reads/genes曲线 | 第37页 |
2.3.2 人、鼠细胞混合实验检测污染率 | 第37-38页 |
3.Microwell-seq平台的测序深度及其影响 | 第38-42页 |
3.1 实验材料 | 第38页 |
3.1.1 实验细胞 | 第38页 |
3.1.2 实验试剂 | 第38页 |
3.1.3 相关试剂的配置 | 第38页 |
3.2 实验方法 | 第38-39页 |
3.2.1 实验流程 | 第38-39页 |
3.2.2 测序原始数据处理 | 第39页 |
3.2.3 生物信息学分析方法 | 第39页 |
3.3 实验结果和分析 | 第39-42页 |
3.3.1 鼠3T3细胞深度测序结果分析 | 第39-40页 |
3.3.2 测序深度对基因或Reads数影响 | 第40-41页 |
3.3.3 平台灵敏度验证 | 第41-42页 |
4 Microwell-seq平台不同批次数据的可分析性 | 第42-45页 |
4.1 实验材料 | 第42页 |
4.1.1 实验细胞 | 第42页 |
4.1.2 实验试剂 | 第42页 |
4.1.3 相关试剂的配置 | 第42页 |
4.2 实验方法 | 第42-43页 |
4.2.1 实验流程 | 第42-43页 |
4.2.2 原始数据的预处理 | 第43页 |
4.2.3 生物信息学分析方法 | 第43页 |
4.3 实验结果和分析 | 第43-45页 |
4.3.1 Microwell-seq平台用于冻存细胞的全转录组测序 | 第43-44页 |
4.3.2 批次差异验证实验 | 第44-45页 |
5 Microwell-seq与其他单细胞测序方法的比较 | 第45-50页 |
5.1 实验材料 | 第45页 |
5.1.1 实验细胞 | 第45页 |
5.1.2 实验试剂 | 第45页 |
5.1.3 相关试剂的配置 | 第45页 |
5.2 实验方法 | 第45-46页 |
5.2.1 实验流程 | 第46页 |
5.2.2 原始数据的预处理 | 第46页 |
5.2.3 生物信息学分析方法 | 第46页 |
5.3 实验结果和分析 | 第46-50页 |
5.3.1 Microwell-seq与其他平台测序深度的比较 | 第47页 |
5.3.2 Microwell-seq与其他平台检测到的基因数的比较 | 第47-48页 |
5.3.3 Microwell-seq与其他平台准确度的比较 | 第48-49页 |
5.3.4 Microwell-seq与其他平台双细胞污染率的比较 | 第49-50页 |
5.3.5 Microwell-seq与其他平台综合对比 | 第50页 |
讨论 | 第50-52页 |
第三章 Microwell-seq平台的应用 | 第52-62页 |
引言 | 第52-53页 |
6 单细胞分析揭示成年小鼠肝脏细胞类型及其特征 | 第53-56页 |
6.1 实验材料 | 第53页 |
6.1.1 实验动物 | 第53页 |
6.1.2 实验试剂 | 第53页 |
6.1.3 相关试剂的配置 | 第53页 |
6.2 实验方法 | 第53-54页 |
6.2.1 实验流程 | 第53页 |
6.2.2 原始数据的预处理 | 第53-54页 |
6.2.3 生物信息学分析方法 | 第54页 |
6.3 实验结果和分析 | 第54-56页 |
6.3.1 成年小鼠肝脏细胞的聚类分析和细胞类型鉴定 | 第54-56页 |
6.3.2 四种不同肝细胞亚型的表达特征分析 | 第56页 |
7 单细胞分析揭示成年小鼠胰腺细胞类型及其特征 | 第56-60页 |
7.1 实验材料 | 第56-57页 |
7.1.1 实验动物 | 第56-57页 |
7.1.2 实验试剂 | 第57页 |
7.1.3 相关试剂的配置 | 第57页 |
7.2 实验方法 | 第57-58页 |
7.2.1 实验流程 | 第57页 |
7.2.2 测序数据预处理 | 第57页 |
7.2.3 生物信息学分析方法 | 第57-58页 |
7.3 实验结果和分析 | 第58-60页 |
7.3.1 成年小鼠胰腺细胞的聚类分析和细胞类型鉴定 | 第58-59页 |
7.3.2 高表达Nkx6-1的胰腺祖细胞的基因富集分析 | 第59-60页 |
讨论 | 第60-62页 |
第四章 结论 | 第62-63页 |
参考文献 | 第63-66页 |
综述 | 第66-97页 |
参考文献 | 第93-97页 |
作者简历及在学期间取得的科研成果 | 第97页 |