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甘薯块根花青素含量的关联转录组学研究与MYB基因家族的初步分析

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甘薯块根花青素含量的关联转录组学研究与MYB基因家族的初步分析
论文目录
 
摘要第1-6页
Abstract第6-12页
1 引言第12-28页
  · 转录组学和比较生物学研究进展第12-15页
    · 转录组学第12页
    · 转录组学研究流程第12-14页
    · 比较基因组学研究概述第14-15页
  · 关联分析的研究进展第15-18页
    · 全基因组关联分析的原理和优势第15-16页
    · 全基因组关联分析的应用第16-17页
    · 关联转录组学能有效应用于无参考基因组的复杂物种第17-18页
  · 甘薯的研究现状第18-19页
    · 甘薯的物种特异性第18页
    · 紫薯的药用价值第18-19页
  · 花青素的结构及生物合成途径第19-23页
    · 花青素的结构第19-20页
    · 花青素的合成途径第20-23页
  · MYB转录因子基因家族研究现状第23-27页
    · MYB基因的结构特征第23-25页
    · 植物MYB基因的进化第25-26页
    · MYB转录因子在花青素合成途径的作用第26-27页
  · 本文的研究内容和意义第27-28页
2 实验材料与方法第28-38页
  · 本研究的材料第28页
  · 转录组测序第28-31页
    · 总RNA提取第28-30页
    · mRNA反转录第30页
    · Illumina二代测序第30页
    · Illumina二代测序数据和转录组组装的质量过滤第30-31页
    · 序列分析与注释第31页
  · 甘薯块根花青素含量的测定第31-32页
  · SNP发现和关联分析第32-33页
  · GEM关联转录组分析第33页
  · 甘薯MYB基因家族成员的鉴定和分析第33-35页
    · 甘薯MYB基因家族成员的鉴定第33-34页
    · 系统发育分析第34页
    · Pfam结构域分析第34-35页
    · 转录本表达谱分析第35页
    · 不同组织数据库DB16第35页
  · 实时定量PCR实验第35-38页
    · 实验材料第35-36页
    · RNA提取第36页
    · 引物设计第36页
    · 实时定量PCR体系第36-38页
3 实验结果与分析第38-66页
  · 甘薯转录组测序与关联分析第38-49页
    · 转录组测序第38页
    · 甘薯块根花青素含量测定第38-39页
    · SNP与GEM关联分析第39-41页
    · KEGG富集分析第41-42页
    · 基因共表达网络分析第42-43页
    · 构建甘薯花青素转录调控、合成与转运的分子途径第43-45页
    · 甘薯花青素相关途径中的重要候选基因鉴定第45-49页
  · 获取甘薯的MYB基因家族蛋白第49-66页
    · 多物种的MYB基因家族研究情况以及数量对比第49-50页
    · 甘薯的MYB基因家族蛋白特点第50-51页
    · R2R3 MYB蛋白基序结构分析第51-53页
    · 甘薯R2R3 MYB基因亚家族分析与功能预测第53-55页
    · 甘薯与拟南芥R2R3 MYB基因家族系统发育分析第55-58页
    · 甘薯MYB基因家族成员的表达谱分析第58-63页
    · 与块根花青素含量显著关联的MYB基因表达量分析第63-66页
4 讨论第66-74页
  · 不同关联转录组学分析手段的评价第66-67页
    · SNP关联分析在转录组学研究中局限第66-67页
    · GEM关联分析在转录组学中的优势第67页
  · 甘薯花青素高度关联基因讨论第67-68页
  · 不同物种MYB结构域的进化分析第68-69页
  · MYB基因家族成员在甘薯不同种质和组织的功能分化第69-71页
    · MYB基因具有维持甘薯正常生长的重要功能第69-70页
    · MYB基因在不同种质中出现差异表达第70页
    · MYB基因在不同组织中的表达模式分析第70-71页
  · 甘薯中MYB基因生物学功能的预测第71-74页
    · 转录抑制因子IbMYB53的功能预测第71页
    · 显著关联MYB基因的功能分析第71-74页
结论第74-76页
附录第76-84页
参考文献第84-94页
致谢第94-96页
作者简介第96-98页
第98页

本篇论文共98页,点击这进入下载页面
 
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