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基于后缀树与后缀数组混合结构的基因序列比对算法研究

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基于后缀树与后缀数组混合结构的基因序列比对算法研究
论文目录
 
摘要第1-4页
Abstract第4-8页
1 引言第8-12页
  · 论文背景及意义第8-9页
    · 论文来源第8页
    · 生物信息学的发展第8-9页
    · 研究意义第9页
  · 国内外研究现状第9-10页
    · 应用哈希表索引方法第9-10页
    · 应用BWT后缀树方法第10页
  · 研究内容第10-11页
  · 基因序列比对应用第11-12页
  · 论文组织结构第12页
2 序列比对算法介绍及分析第12-20页
  · 序列比对算法定义第12-13页
  · 两序列比对算法第13-18页
    · 点阵法第13-14页
    · 标准动态规划法(SDP)第14-15页
    · 启发式动态规划法(HDP)第15-18页
  · 多序列比对算法第18-20页
    · 渐进比对算法第19页
    · 迭代算法第19页
    · 渐进与迭代混合方法第19-20页
3 高通量测序数据分析方法第20-30页
  · 主流测序平台的介绍第20-22页
    · 测序类型第20-21页
    · 序列类型第21-22页
  · 基于种子的哈希表索引方法第22-24页
  · 基于后缀树、后缀数组的索引方法第24-30页
    · 后缀树第24页
    · 后缀数组第24-30页
4 BWL算法第30-38页
  · 后缀排序算法第31-35页
    · 前缀倍增算法第32-33页
    · 递归增算法第33页
    · 线性算法第33-34页
    · 基于CSA数组算法第34-35页
  · 后缀树与后缀数组结合的数据结构第35-38页
  · 算法的搜索策略第38页
5 BWL算法实现第38-44页
  · 程序工作流程第39页
  · 程序伪代码第39-42页
  · 实验结果分析第42-44页
6 结论第44-45页
  · 本文工作总结第44页
  · 未来工作的展望第44-45页
参考文献第45-51页
致谢第51-52页
作者简介第52页

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