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江苏地区大宗淡水鱼养殖池塘气单胞菌分离、鉴定和遗传多样性研究

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江苏地区大宗淡水鱼养殖池塘气单胞菌分离、鉴定和遗传多样性研究
论文目录
 
目录第1-8页
摘要第8-10页
ABSTRACT第10-12页
第一章 文献综述第12-32页
  1 气单胞菌概述第12-15页
    · 气单胞菌的分类地位第12-13页
    · 气单胞菌的生化特性第13-15页
      · 气单胞菌的选择性分离第13-14页
      · 气单胞菌的生化特性第14-15页
  2 16S rRNA基因序列鉴定和分析第15-21页
    2.1 16S rRNA基因及其特点第16-17页
    2.2 16S rRNA基因序列分析技术第17页
    2.3 16S rRNA基因序列在细菌分类鉴定中的应用第17-20页
    2.4 利用16S rRNA序列进行系统发育分析第20-21页
  3 管家基因序列鉴定和分析第21-24页
    · 促旋酶(gyrase)B亚单位基因gyrB第21-23页
      · gyrB基因简介第21-22页
      · gyrB基因在细菌鉴定及系统发育分析中的应用第22-23页
    · 热应激蛋白基因dnaJ第23-24页
      · dnaJ基因简介第23页
      · dnaJ家族分子结构第23页
      · dnaJ序列的应用第23-24页
  4 系统发育树的构建方法第24-27页
    4.1 构建系统发育树的方法——邻接法(Neighbor Joining,NJ)第24-25页
    · 系统发育树的可靠性检验第25-26页
    · 系统发育分析的常用软件第26-27页
      4.3.1 MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)第26页
      4.3.2 PAUP(Phylogenetic Analysis Using Parsimony)第26页
      4.3.3 PHYLIP(PHYLogeny Inference Package)第26-27页
      · MrBayes第27页
  5 气单胞菌的致病作用第27-28页
  6 气单胞菌毒力基因第28-29页
    6.1 气溶素基因(Aerolysin gene)第28页
    · 溶血素(Hemolysin)第28-29页
    6.3 细胞兴奋性肠毒素(Cytotonic enterotoxin)第29页
  7 本研究的目的、意义以及研究内容第29-32页
第二章 气单胞菌的分离、保存、生化特性和分子鉴定第32-54页
  1 材料第32-36页
    · 菌株来源第32-33页
    · 培养基和试剂第33-35页
    · 仪器和设备第35-36页
  2 方法第36-44页
    · 样品细菌的分离、保存和活化第36页
      · 环境株的分离和保存第36页
      · 病原菌的分离和保存第36页
      · 细菌的活化第36页
    · 生化鉴定第36-37页
      · 氧化酶实验第36-37页
      · 触酶试验第37页
      · O/F实验第37页
    · 细菌的保存第37页
    · 细菌DNA模板的制备第37-39页
      · 实验前准备第37页
      · 细菌DNA的提取第37-39页
    2.5 细菌16s rRNA基因序列扩增第39-43页
      · 引物第39页
      · 目的片段的PCR扩增第39页
      · 琼脂糖凝胶中的DNA回收第39-40页
      · 目的片段与载体的连接第40页
      · DH5a感受态细胞的制备第40-41页
      · DNA的转化第41-42页
      · 重组质粒的筛选第42页
      · 碱裂解法抽提质粒第42页
      · 重组质粒的双酶切鉴定第42-43页
    · 细菌gyrB管家基因测序第43页
      · 引物第43页
      · 目的片段PCR扩增第43页
      · PCR产物测序第43页
    · 生化特性实验第43-44页
    · 数据处理第44页
  3 结果与分析第44-46页
    · 细菌的分离第44页
    · 气单胞菌分子鉴定结果第44-46页
      · 未发病池塘气单胞菌鉴定结果第45-46页
      · 发病池塘气单胞菌鉴定结果第46页
    · 气单胞菌的生化特性第46页
  4 讨论第46-54页
    4.1 分析比较16S rRNA基因和管家基因扩增序列鉴定气单胞菌第46-47页
    · 气单胞菌鉴定结果分析第47-54页
      · 未发病池塘气单胞菌鉴定结果分析第48页
      · 发病池塘气单胞菌鉴定结果分析第48-54页
第三章 气单胞菌毒力基因的检测第54-66页
  1 材料第54页
    · 实验菌株第54页
    · 试剂第54页
    · 仪器和设备第54页
  2 方法第54-57页
    · 细菌DNA模板的制备第54页
    · 气溶素(aer)基因的检测第54-55页
      · 引物第54-55页
      · 目的片段PCR扩增第55页
      · PCR扩增产物的检测第55页
    · 溶血素(hly)基因的检测第55-56页
      · 引物第55页
      · 目的片段PCR扩增第55-56页
      · PCR扩增产物的检测第56页
    · 细胞兴奋性肠毒素(alt)基因的检测第56-57页
      · 引物第56页
      · 目的片段PCR扩增第56-57页
      · PCR扩增产物的检测第57页
    · 数据处理第57页
  3 结果与分析第57-63页
    · 气单胞菌毒力基因检测第57-61页
    · 不同地区未发病池塘A.veronii毒力基因检测第61页
    · 不同地区发病池塘A.veronii毒力基因检测第61-62页
    · 不同地区发病池塘A.hydrophila毒力基因检测第62-63页
  4 讨论第63-66页
    · 气单胞菌毒力基因检测第64页
    · 未发病池塘A.veronii毒力基因比较第64-65页
    · 不同地区发病池塘A.veronii毒力基因比较第65页
    · 不同地区发病池塘A.hydrophila毒力基因比较第65-66页
第四章 维氏气单胞菌的遗传多样性分析第66-76页
  1 材料第66页
    · 实验材料第66页
    · 试剂第66页
    · 仪器和设备第66页
  2 方法第66-68页
    · 细菌DNA模板的制备第66页
    2.2 细菌16S rRNA基因测序第66页
    · 细菌gyrB管家基因测序第66-67页
    · 细菌dnaJ管家基因测序第67-68页
      · 引物第67页
      · 目的片段的PCR扩增第67页
      · PCR产物测序第67-68页
    · 数据处理第68页
  3 结果与分析第68-70页
    3.1 基于16S rRNA基因序列的A.veronii系统发育分析第68-69页
      · 常州地区未发病池塘和发病池塘分离得到的A.veronii系统发育分析第68-69页
      · 不同地区发病池塘分离出A.veronii系统发育分析第69页
    3.2 基于16S rRNA、gyrB和dnaJ基因序列的A.veronii系统发育分析第69-70页
      · 常州地区未发病池塘和发病池塘分离得到的A.veronii系统发育分析第69-70页
      · 不同地区发病池塘分离出A.veronii系统发育分析第70页
  4 讨论第70-76页
    · 常州地区末发病池塘和发病池塘分离得到的A.veronii系统发育分析第70-71页
    · 不同地区发病池塘分离出A.veronii系统发育分析第71页
    · 利用不同基因序列分析A.veronii系统发育的比较第71-76页
全文结论第76-78页
参考文献第78-90页
致谢第90-92页
攻读学位期间参与学术会议、学术交流以及发表的学术论文目录第92 页

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