小麦中miRNA和phasiRNA的识别和分析

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小麦中miRNA和phasiRNA的识别和分析

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小麦中miRNA和phasiRNA的识别和分析

论文目录
摘要	第1-7页
Abstract	第7-13页
英文缩略词	第13-14页
第一章绪论	第14-34页
1.1 六倍体小麦基因组	第14-16页
1.2 植物sRNA	第16-23页
1.2.1 植物miRNA	第17-19页
1.2.2 植物phasiRNA	第19-23页
1.3 RNA分析数据库和软件	第23-26页
1.3.1 miRBase数据库	第23页
1.3.2 Rfam数据库	第23页
1.3.3 Repbase数据库	第23-24页
1.3.4 ncRNA数据库	第24页
1.3.5 tasiRNAdb	第24页
1.3.6 RNA二级结构分析软件	第24-25页
1.3.7 sRNA靶基因预测	第25-26页
1.4 第二代测序信息处理	第26-33页
1.4.1 Illumina测序技术	第27页
1.4.2 数据格式	第27-28页
1.4.3 数据可视化	第28-29页
1.4.4 序列比对	第29-30页
1.4.5 RNA-seq差异性表达分析	第30-32页
1.4.6 edgeR	第32-33页
1.5 本研究的目的和意义	第33-34页
第二章数据与方法	第34-40页
2.1 数据来源	第34-35页
2.1.1 小麦基因组数据	第34页
2.1.2 小麦sRNA数据	第34-35页
2.1.3 已发表的小麦miRNA数据	第35页
2.1.4 其它数据库数据	第35页
2.2 方法	第35-40页
2.2.1 小麦24个样本sRNA数据分析方法	第35-36页
2.2.2 小麦conserved miRNA预测方法	第36页
2.2.3 小麦novel miRNA预测方法	第36-38页
2.2.4 小麦phasiRNA预测方法	第38-40页
第三章小麦24个sRNA样本数据分析	第40-44页
3.1 小麦24个sRNA样本Reads分布	第40-41页
3.2 小麦24个样本sRNA在不同数据库中的分布	第41-43页
3.3 本章小结	第43-44页
第四章小麦miRNA的识别与分析	第44-61页
4.1 miRBase21中miRNA家族及个数分析	第44-45页
4.2 小麦中的保守miRNA	第45-46页
4.3 小麦conserved miRNA靶基因预测	第46-52页
4.4 小麦conserved miRNA差异性表达分析	第52-55页
4.5 小麦中的novel miRNA	第55-60页
4.6 本章小结	第60-61页
第五章小麦phasiRNA的识别与分析	第61-75页
5.1 小麦tasiRNA的识别与分析	第61-63页
5.1.1 小麦中的TAS3	第61-62页
5.1.2 小麦中TAS3的靶基因	第62页
5.1.3 小麦中TAS3的进化分析	第62-63页
5.2 小麦中其它phasiRNA的识别与分析	第63-74页
5.2.1 识别出的小麦其它phasilRNA	第63-66页
5.2.2 小麦miRNA在PHAS上靶点的识别	第66-71页
5.2.3 小麦phasiRNA的潜在功能分析	第71-74页
5.3 本章小结	第74-75页
第六章总结	第75-76页
致谢	第76-77页
参考文献	第77-84页
附录A 攻读学位期间发表论文目录	第84-85页
附录B	第85-112页

本篇论文共112页，点击这进入下载页面。

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