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基于RNA-seq的油菜抗旱基因的高通量克隆和功能分析

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基于RNA-seq的油菜抗旱基因的高通量克隆和功能分析
论文目录
 
摘要第1-6页
ABSTRACT第6-8页
缩写词第8-12页
1 前言第12-26页
  1.1 植物干旱相关基因的研究进展第12-16页
  1.2 转录组测序(RNA-seq)第16-21页
    1.2.1 转录组的定义第16页
    1.2.2 RNA-seq的基本原理第16-17页
    1.2.3 RNA-seq的优势第17页
    1.2.4 RNA-Seq的研究现状第17-20页
    1.2.5 RNA-Seq在耐旱基因发掘中的应用第20-21页
    1.2.6 RNA-seq面临的挑战第21页
  1.3 FOX hunting system和Gateway技术第21-23页
    1.3.1 FOX hunting system第21-22页
    1.3.2 Gateway技术第22-23页
  1.4 本研究目的与意义第23-26页
2 材料与方法第26-40页
  2.1 材料第26-27页
    2.1.1 植物材料第26页
    2.1.2 质粒与载体图谱第26-27页
  2.2 常用仪器第27页
  2.3 实验试剂与药品第27-31页
    2.3.1 实验试剂第27-28页
    2.3.2 引物第28-29页
    2.3.3 实验溶液的配制第29-30页
    2.3.4 常用抗生素溶液的配制第30页
    2.3.5 常用培养基的配制第30-31页
  2.4 基础实验方法第31-34页
    2.4.1 实验材料的处理第31页
    2.4.2 油菜总RNA的提取第31-32页
    2.4.3 电转感受态的制备与转化第32-33页
    2.4.4 Floral-dip法转化拟南芥第33-34页
  2.5 RNA-seq流程及数据处理第34-35页
    2.5.1 RNA-seq流程第34-35页
    2.5.2 RNA-seq数据处理过程第35页
  2.6 油菜差异基因的筛选第35-36页
  2.7 文库构建第36-37页
    2.7.1 目的基因全长cDNA克隆第36页
    2.7.2 入门文库和植物表达文库构建第36-37页
    2.7.3 油菜FOX拟南芥文库的构建第37页
  2.8 转基因材料筛选鉴定第37-38页
    2.8.1 T0代转基因植株的筛选与鉴定第37-38页
    2.8.2 T1代FOX植株的胁迫筛选第38页
  2.9 油菜的遗传转化与筛选第38-40页
3 结果分析第40-56页
  3.1 RNA-Seq结果第40-45页
    3.1.1 Illumina测序以及从头组装第40-41页
    3.1.2 EST-SSR标记的开发第41-42页
    3.1.3 GO和COG功能分类第42-44页
    3.1.4 KEGG通路分析第44页
    3.1.5 差异表达基因的鉴定第44-45页
  3.2 基因克隆与文库构建第45-48页
    3.2.1 油菜潜在抗旱基因的获得第45-46页
    3.2.2 潜在抗旱相关基因cDNA的克隆第46页
    3.2.3 cDNA文库和植物表达文库的构建第46-47页
    3.2.4 农杆菌文库构建第47-48页
  3.3 油菜FOX拟南芥突变体库构建第48页
  3.4 FOX拟南芥突变体库的筛选第48-53页
    3.4.1 FOX植株的筛选与鉴定第48-49页
    3.4.2 FOX植株的抗逆性筛选第49-51页
    3.4.3 抗逆筛选植株的PCR鉴定及测序第51-53页
  3.5 纯合体的筛选及表型重复第53-54页
  3.6 油菜的遗传转化第54-56页
4 讨论第56-60页
  4.1 转录组测序第56-57页
  4.2 测序材料的选取第57-58页
  4.3 基因文库的构建第58-59页
  4.4 FOX文库表型的初步筛选第59-60页
5 结论第60-62页
参考文献第62-68页
致谢第68页

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