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动态蛋白质复合物挖掘与保守复合物进化研究

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动态蛋白质复合物挖掘与保守复合物进化研究
论文目录
 
摘要第1-6页
Abstract第6-11页
第一章 绪论第11-16页
  1.1 引言第11-14页
    1.1.1 动态蛋白质网络第11-12页
    1.1.2 动态蛋白质复合物挖掘第12-13页
    1.1.3 跨物种相互作用组的比较第13-14页
  1.2 本文研究工作与创新第14-15页
  1.3 本文组织结构第15-16页
第二章 动态蛋白质复合物挖掘与相互作用组的比较研究第16-25页
  2.1 蛋白质网络的拓扑特性研究第16-20页
    2.1.1 网络结构特征的度量指标第16-18页
    2.1.2 蛋白质网络的系统化特征第18-19页
    2.1.3 蛋白质网络结点的动态性分析第19-20页
  2.2 动态蛋白质网络的构建及其应用第20-23页
    2.2.1 动态蛋白质网络的构建第20-21页
    2.2.2 动态蛋白质复合物识别算法第21-23页
  2.3 跨物种蛋白质相互作用组的比较方法第23-25页
第三章 基于亲和度和基因共表达模型的加权动态蛋白质网络研究第25-43页
  3.1 引言第25-26页
  3.2 蛋白质活性识别与TEPIN网络构建第26-28页
    3.2.1 蛋白质活性时间点识别第26-27页
    3.2.2 TEPIN网络构建第27-28页
  3.3 基于亲和度模型和基因共表达的加权策略第28-29页
  3.4 实验框架及评估标准第29-32页
    3.4.1 实验框架第29-30页
    3.4.2 数据集第30-31页
    3.4.3 评估指标第31-32页
  3.5 实验结果分析及讨论第32-41页
    3.5.1 网络属性分析第32页
    3.5.2 与已知复合物的比较第32-35页
    3.5.3 特异性与敏感性分析第35-37页
    3.5.4 功能富集性分析第37-40页
    3.5.5 复合物动态演变过程示例第40-41页
  3.6 本章小结第41-43页
第四章 基于动态核依附特性的蛋白质复合物挖掘算法研究第43-57页
  4.1 引言第43页
  4.2 基于动态核依附特性的蛋白质复合物挖掘第43-45页
    4.2.1 复合物的动态核依附特征第43-44页
    4.2.2 DCA算法思想第44-45页
    4.2.3 DCA实现步骤第45页
  4.3 实验结果分析及讨论第45-55页
    4.3.1 数据集第47页
    4.3.2 识别复合物的统计属性第47-48页
    4.3.3 准确性度量第48-50页
    4.3.4 HF-measure度量第50-51页
    4.3.5 P-value值统计分析第51-55页
  4.4 本章小结第55-57页
第五章 跨物种保守蛋白质复合物识别与功能进化研究第57-68页
  5.1 引言第57页
  5.2 实验数据集第57-58页
  5.3 跨物种保守复合物识别第58-62页
    5.3.1 保守复合物识别算法第58页
    5.3.2 保守复合物识别结果分析第58-62页
  5.4 保守复合物功能进化分析第62-67页
    5.4.1 保守蛋白质复合物与物种复合物比对第62-64页
    5.4.2 跨物种保守蛋白质复合物功能进化富集性分析第64-67页
  5.5 本章小结第67-68页
第六章 总结与展望第68-71页
  6.1 本文总结第68-69页
  6.2 展望第69-71页
参考文献第71-80页
攻读硕士学位期间发表的论文和参与的项目第80-81页
致谢第81-82页

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