葡萄糖氧化酶和β-D-葡萄糖作用机制的分子动力学研究

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葡萄糖氧化酶和β-D-葡萄糖作用机制的分子动力学研究

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葡萄糖氧化酶和β-D-葡萄糖作用机制的分子动力学研究

论文目录
摘要	第1-6页
Abstract	第6-11页
1 前言	第11-22页
1.1 葡萄糖氧化酶简介	第11-12页
1.2 酶的结构	第12-14页
1.3 催化机理	第14-15页
1.4 酶学性质	第15-17页
1.5 葡萄糖氧化酶的应用领域	第17-19页
1.6 本课题的研究内容	第19-22页
1.6.1 葡萄糖氧化酶作用机制的研究进展	第19-20页
1.6.2 研究主要内容	第20页
1.6.3 研究内容的特色与创新之处	第20-22页
2 分子动力学模拟	第22-27页
2.1 分子动力学模拟的基本原理	第22-23页
2.2 分子动力学模拟的系综	第23-24页
2.3 分子动力学模拟的软件	第24-27页
3 葡萄糖氧化酶的分子动力学模拟	第27-41页
3.1 晶体结构的获取	第27页
3.2 晶体结构文件的预处理	第27-28页
3.3 葡萄糖氧化酶残基质子化状态的计算	第28-29页
3.4 葡萄糖氧化酶与葡萄糖复合物的构建	第29-30页
3.5 分子动力学模拟	第30-41页
3.5.1 小分子模板和缺失参数的生成	第30-31页
3.5.2 拓扑文件和坐标文件的生成	第31-32页
3.5.3 体系能量最小化	第32-33页
3.5.4 体系升温过程	第33-35页
3.5.5 体系平衡过程	第35-36页
3.5.6 模拟体系平衡的判断	第36-37页
3.5.7 体系分子动力学模拟	第37-38页
3.5.8 模拟结果分析	第38-41页
4 结果与讨论	第41-71页
4.1 相互作用能分析	第41-42页
4.1.1 GOx肽链与FAD辅因子间相互作用分析	第41页
4.1.2 GOx与底物 β-D-glucose间相互作用分析	第41-42页
4.2 RMSD分析	第42-47页
4.2.1 GOx的RMSD分析	第42-43页
4.2.2 GOx活性口袋残基的RMSD分析	第43-44页
4.2.3 GOx肽链反应中心残基的RMSD分析	第44-45页
4.2.4 FAD辅因子的RMSD分析	第45-46页
4.2.5 β-D-glucose的RMSD分析	第46-47页
4.3 RMSF分析	第47-49页
4.3.1 GOx的RMSF分析	第47-48页
4.3.2 GOx中FAD辅因子的RMSF分析	第48页
4.3.3 β-D-glucose的RMSF分析	第48-49页
4.4 回转半径分析	第49-52页
4.4.1 GOx的回转半径分析	第49-50页
4.4.2 GOx活性口袋残基的回转半径分析	第50-51页
4.4.3 GOx肽链反应中心残基的回转半径分析	第51-52页
4.5 二级结构分析	第52-56页
4.6 距离分析	第56-67页
4.6.1 无底物的GOx距离分析	第56-57页
4.6.2 含有底物的GOx距离分析	第57-62页
4.6.3 距离对比分析	第62-67页
4.7 氢键分析	第67-71页
5 结论	第71-74页
参考文献	第74-78页
个人简历与研究成果	第78-79页
致谢	第79页

本篇论文共79页，点击这进入下载页面。

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