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基于序列物理化学特征的基因组复制起始位点预测研究
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基于序列物理化学特征的基因组复制起始位点预测研究
论文目录
摘要
第1-7页
ABSTRACT
第7-11页
第一章 绪论
第11-15页
1.1 生物信息学
第11页
1.2 复制起始位点研究现状
第11-13页
1.3 论文主要内容
第13-15页
第二章 材料与方法
第15-30页
2.1 复制起始位点数据集的构建
第15-16页
2.1.1 酵母数据集的构建
第15页
2.1.2 人类数据集的构建
第15页
2.1.3 数据集的优化
第15-16页
2.2 特征提取
第16-24页
2.2.1 核苷酸频率
第16-17页
2.2.2 伪核苷酸组分
第17-21页
2.2.3 序列弯曲度
第21-23页
2.2.4 序列裂解强度
第23-24页
2.3 分类算法
第24-28页
2.3.1 支持向量机简介
第24-25页
2.3.2 LIBSVM软件包简介
第25-26页
2.3.3 其他分类算法介绍
第26-27页
2.3.4 Weka软件介绍
第27-28页
2.4 分类结果评价指标
第28-29页
2.4.1 敏感性、特异性、总体精度、相关系数
第28-29页
2.4.2 ROC曲线
第29页
2.5 小结
第29-30页
第三章 结果与讨论
第30-48页
3.1 酵母物种预测结果
第30-33页
3.1.1 交叉验证
第30-31页
3.1.2 参数优化
第31-32页
3.1.3 预测精度
第32-33页
3.2 酵母物种预测结果分析
第33-37页
3.2.1 与其他算法比较
第33-34页
3.2.2 预测精度分析
第34页
3.2.3 序列局部特征分析
第34页
3.2.4 酵母全基因组结果分析
第34-36页
3.2.5 序列结构特征分析
第36-37页
3.3 在线服务软件介绍
第37-40页
3.4 酵母物种复制起始位点在基因组中分布
第40-43页
3.4.1 复制起始位点与核小体关系
第40-41页
3.4.2 复制起始位点与启动子关系
第41-42页
3.4.3 复制起始位点与基因片段关系
第42-43页
3.5 人类物种复制起始位点预测研究
第43-47页
3.5.1 人类物种复制起始位点研究现状
第43-44页
3.5.2 预测结果
第44-45页
3.5.3 与其他算法比较
第45页
3.5.4 序列结构特征分析
第45-47页
3.5.5 结果分析
第47页
3.6 小结
第47-48页
第四章 总结与展望
第48-50页
4.1 本文工作总结
第48-49页
4.2 未来工作展望
第49-50页
致谢
第50-51页
参考文献
第51-57页
攻读硕士期间研究成果
第57-58页
本篇论文共
58
页,
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。
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