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山豆根转录组高通量测序及生物信息学分析

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山豆根转录组高通量测序及生物信息学分析
论文目录
 
摘要第1-8页
abstract第8-14页
第一章 绪言第14-28页
  1.1 转录组分子生物学研究第14-18页
    1.1.1 SSH文库第15页
    1.1.2 基因芯片第15-16页
    1.1.3 EST文库筛选技术第16-17页
    1.1.4 第二代高通量测序技术第17-18页
  1.2 山豆根生药学研究第18页
  1.3 山豆根种质资源及其分布第18-19页
  1.4 山豆根化学成分研究第19-21页
    1.4.1 生物碱类第19-20页
    1.4.2 多糖类第20页
    1.4.3 黄酮类第20-21页
    1.4.4 萜类第21页
    1.4.5 其它类第21页
  1.5 山豆根药理作用研究第21-24页
    1.5.1 抗肿瘤作用第21页
    1.5.2 体外抗菌作用第21-22页
    1.5.3 抗炎作用第22页
    1.5.4 抗氧化作用第22页
    1.5.5 抗乙肝病毒作用第22-23页
    1.5.6 对心血管系统的影响第23页
    1.5.7 对免疫系统的影响第23-24页
    1.5.8 毒性第24页
  1.6 山豆根的栽培研究第24-25页
  1.7 山豆根的分子生物学研究第25-26页
  1.8 本研究的目的与意义第26-28页
第二章 材料与方法第28-35页
  2.1 实验材料第29页
    2.1.1 植物材料第29页
    2.1.2 主要试剂第29页
    2.1.3 主要仪器第29页
  2.2 实验方法第29-35页
    2.2.1 苦参碱及氧化苦参碱的含量检测第29-30页
      2.2.1.1 对照品溶液的制备第29页
      2.2.1.2 供试品溶液的制备第29-30页
      2.2.1.3 测定法第30页
    2.2.2 总RNA的提取(改良Trizol法)第30页
    2.2.3 转录组测序第30-31页
    2.2.4 生物信息学分析第31-35页
      2.2.4.1 组装第31-32页
      2.2.4.2 数据分析流程第32-33页
      2.2.4.3 Unigene表达差异分析第33页
      2.2.4.4 Unigene SSR及SNP分析第33-35页
第三章 结果与分析第35-74页
  3.1 不同时期山豆根苦参碱及氧化苦参碱含量测定第35-40页
  3.2 总RNA质量检测第40-41页
  3.3 转录组测序第41-60页
    3.3.1 原始数据的产量统计第41页
    3.3.2 组装结果分析第41-46页
    3.3.3 高级分析结果第46-60页
      3.3.3.1 Unigene的NR分类第47-49页
      3.3.3.2 Unigene的COG分类第49-50页
      3.3.3.3 Unigene的GO分类第50-54页
      3.3.3.4 Unigene的KEGG代谢通路分析第54页
      3.3.3.5 Unigene的编码蛋白框(CDS)预测第54-57页
      3.3.3.6 山豆根转录组SSR标记筛选第57-59页
      3.3.3.7 山豆根SNP分析第59-60页
  3.4 转录组之间的差异比较第60-74页
    3.4.1 表达差异的GO功能分析第62-73页
      3.4.1.1 表达差异的GO功能注释第62-72页
      3.4.1.2 差异表达GO功能富集分析第72-73页
    3.4.2 表达差异的KEGG代谢通路分析第73-74页
第四章 讨论第74-88页
  4.1 山豆根次生代谢途径分析第74-87页
    4.1.1 苦参碱和氧化苦参碱途径推测第74-77页
    4.1.2 其它生物碱合成途径分析第77-80页
    4.1.3 黄酮类物质合成途径分析第80-82页
    4.1.4 萜类物质合成途径分析第82-87页
  4.2 山豆根生物碱生物合成途径相关酶的挖掘第87-88页
第五章 总结与展望第88-89页
致谢第89-90页
参考文献第90-97页
附录A 相关表格第97-151页
表A1 Unigene的KEGG功能注释第97-100页
表A2 St0M/St6M表达差异GO分析中0.5第100-104页
表A3 St0M/St12M表达差异GO分析中0.5第104-108页
表A4 St6M/St12M表达差异GO分析中0.5第108-111页
表A5 St0M/St6M表达差异GO分析中显著富集的term第111-118页
表A6 St0M/St12M表达差异GO分析中显著富集的term第118-123页
表A7 St6M/St12M表达差异GO分析中显著富集的term第123-128页
表A8 St0M/St6M的差异基因KEGG Pathway富集分析第128-133页
表A9 St0M/St12M的差异基因KEGG Pathway富集分析第133-138页
表A10 St6M/St12M的差异基因KEGG Pathway富集分析第138-143页
表A11 山豆根中黄酮类合成相关酶调节第143-148页
表A12 山豆根萜类物合成相关酶及变化情况第148-151页
附录B 攻读硕士研究生期间发表论文第151页

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