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两个丛枝菌根共生基因在陆地植物中的宏观演化及其在十字花科中的演变/丢失研究

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两个丛枝菌根共生基因在陆地植物中的宏观演化及其在十字花科中的演变/丢失研究
论文目录
 
中文摘要第1-6页
Abstract第6-8页
主要缩略词第8-13页
第一章 绪论第13-36页
  1.1 丛枝菌根(AM)概述第13-22页
    1.1.1 菌根的概况与类别第13-14页
    1.1.2 AM菌根形成过程与结构第14-16页
    1.1.3 AM菌根的物质交换和其他功能第16-19页
      1.1.3.1 碳供给第17页
      1.1.3.2 磷摄取第17-18页
      1.1.3.3 氮摄取第18页
      1.1.1.4 其他功能第18-19页
    1.1.4 AM真菌及其遗传特点简介第19-22页
  1.2 AM共生的长期演化和维持机制第22-29页
    1.2.1 内共生(endosymbiosis)形式的起源演化第22-23页
    1.2.2 AM是陆地植物根内共生的祖先形式第23-25页
      1.2.2.1 AM是其他类型菌根的祖先形式第23-24页
      1.2.2.2 AM是根瘤共生的祖先形式第24-25页
    1.2.3 AM共生长期稳定维持的机制第25-29页
      1.2.3.1 互惠共生的稳定机制第25-26页
      1.2.3.2 AM共生中可能是植物起到更加主导的作用第26-27页
      1.2.3.3 AM真菌在共生中起到的作用正在被重新认知和重视第27-29页
  1.3 AM共生的信号转导及植物菌根共生基因第29-34页
  1.4 研究背景、目的和意义第34-36页
第二章 POLLUX/DMI1、CASTOR基因在陆地植物不同类群中的总体演化模式第36-55页
  2.1 引言:POLLUX/DMI1、CASTOR基因的研究背景第36-38页
  2.2 材料与方法第38-40页
    2.2.1 陆地植物POLLUX/DMI1、CASTOR基因数据的获取和鉴定第39页
    2.2.2 POLLUX/DMI1、CASTOR基因序列比对和演化分析第39-40页
      2.2.2.1 序列的多重比对排序和校正第39页
      2.2.2.2 构建系统进化树第39-40页
  2.3 结果与分析第40-53页
    2.3.1 POLLUX/DMI1、CASTOR基因在陆地植物和绿藻类植物基因组中的存在情况第40-42页
    2.3.2 POLLUX/DMI1、CASTOR基因的重新注释第42-47页
      2.3.2.1 POLLUX/DMI1的基因结构第42-44页
      2.3.2.2 CASTOR的基因结构第44-47页
    2.3.3 POLLUX/DMI1、CASTOR基因的演化分析第47-53页
      2.3.3.1 POLLUX/DMI1基因的演化分析第47-49页
      2.3.3.2 CASTOR基因的演化分析第49-51页
      2.3.3.3 POLLUX/DMI1、CASTOR基因的系统演化第51-53页
  2.4 讨论第53-55页
    2.4.1 POLLUX/DMI1、CASTOR基因重新注释的必要性第53页
    2.4.2 总结:POLLUX/DMI1、CASTOR基因的宏观演化模式第53-55页
第三章 POLLUX/DMI1、CASTOR基因在十字花科植物中的演化研究第55-87页
  3.1 引言第55-58页
    3.1.1 十字花科植物背景及其系统分类第55-56页
    3.1.2 研究十字花科菌根共生基因的背景和目的第56-58页
  3.2 材料与方法第58-71页
    3.2.1 十字花科植物种质获取、植株种植/采集第58-60页
      3.2.1.1 种子处理与种植第58-59页
      3.2.1.2 野外采集第59-60页
    3.2.2 根部组织总RNA提取(胍盐法)第60-62页
    3.2.3 CODEHOP策略设计CASTOR、POLLUX/DMI1基因PCR扩增简并引物第62-63页
    3.2.4 RT-PCR扩增目标基因第63-67页
      3.2.4.1 十字花科植物根RNA的反转录第63-65页
      3.2.4.2 巢式PCR策略扩增CASTOR、POLLUX/DMI1基因第65-66页
      3.2.4.3 PCR产物的纯化第66-67页
    3.2.5 CASTOR、POLLUX/DMI1基因的克隆测序第67-69页
      3.2.5.1 目的基因的TA克隆、转化第67-68页
      3.2.5.2 单克隆阳性验证(蓝白斑)第68-69页
    3.2.6 序列比对与演化分析第69-70页
      3.2.6.1 基因序列的拼接和编辑第69页
      3.2.6.2 基因的序列比对与数据分析第69-70页
      3.2.6.3 系统进化树分析第70页
    3.2.7 野生十字花科植物的根部染色鉴定第70-71页
      3.2.7.1 野生十字花科植物的采集第70-71页
      3.2.7.2 醋酸墨水法染色第71页
      3.2.7.3 制片与显微观察第71页
  3.3 结果第71-83页
    3.3.1 简并引物的设计第71-72页
    3.3.2 十字花科植物POLLUX/DMI1、CASTOR基因的获得第72-74页
      3.3.2.1 样品RNA的提取效果第72-73页
      3.3.2.2 RT-PCR扩增目标基因第73-74页
    3.3.3 十字花科植物POLLUX/DMI1基因序列分析第74-78页
      3.3.3.1 序列基本特征及InDe1情况第74-76页
      3.3.3.2 十字花科POLLUX/DMI1的假基因化现象第76-78页
    3.3.4 基于POLLUX/DMI1基因的十字花科系统进化树构建第78-82页
    3.3.5 野生十字花科植物根部染色结果第82-83页
  3.4 讨论第83-87页
    3.4.1 RNA提取质量对实验的影响第83页
    3.4.2 野外条件下十字花科植物根部的共生情况第83-84页
    3.4.3 十字花科POLLUX/DMI1基因松散的外显子—内含子边界和大量假基因化现象可能与选择性剪切有关第84-86页
    3.4.4 十字花科POLLUX/DMI1基因的演化情况探讨第86-87页
参考文献第87-103页
致谢第103-104页
攻读硕士学位期间发表论文情况第104-105页

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