基因组重测序作物的新转座子鉴定及特征分析

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基因组重测序作物的新转座子鉴定及特征分析

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基因组重测序作物的新转座子鉴定及特征分析

论文目录
摘要	第1-5页
Abstract	第5-9页
1. 文献综述	第9-16页
1.1 水稻、玉米和高粱基因组测序概况	第9页
1.2 转座子及其分类	第9-11页
1.3 转座了与植物基因进化	第11-13页
1.4 转座了的应用	第13页
1.5 全基因组转座了研究进展	第13-15页
1.6 本研究的目的、意义	第15-16页
2. 数据和方法	第16-19页
2.1 数据来源	第16页
2.1.1 重测序数据以及SNPs数据	第16页
2.1.2 转座子数据	第16页
2.1.3 参考基因组以及注释版本	第16页
2.2 基因组新转座子的鉴定流程	第16-18页
2.2.1 分析参考基因组已有的转座子	第17页
2.2.2 短序列比对	第17页
2.2.3 鉴定新转座子	第17-18页
2.3 新鉴定转座了的全基因组特征分析	第18-19页
2.3.1 转座子分类	第18页
2.3.2 RPKM计算	第18页
2.3.3 染色体分布	第18-19页
2.3.4 基因功能注释	第19页
3. 结果	第19-39页
3.1 水稻、玉米和高粱参考基因组的转座子	第19-21页
3.2 基于作物重测序数据预测新转座子	第21-23页
3.3 新鉴定的转座子在不同材料之间的共享	第23-26页
3.4 作物中新鉴定转座子的分类	第26-30页
3.4.1 新鉴定转座子的一级分类	第26-28页
3.4.2 新鉴定转座子的二级分类	第28-29页
3.4.3 新鉴定的转座子种类的RPKM值分析	第29-30页
3.5 作物中新鉴定的转座子的染色体分布	第30-32页
3.6 作物中新鉴定的转座子插入对基因的影响	第32-35页
3.7 受新鉴定转座子影响基因的功能注释	第35-39页
4. 讨论	第39-43页
4.1 基于重测序数据新鉴定基因组中的转座子	第39页
4.2 不同作物之间的转座子差异	第39-40页
4.3 同一作物不同群体之间的新鉴定转座子差异	第40-41页
4.4 作物中新鉴定的转座子对基因的影响	第41-43页
5. 附件	第43-61页
参考文献	第61-65页
致谢	第65页

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