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TCR-peptide-MHCI类蛋白质复合体相互作用QM/MM分子动力学模拟研究
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TCR-peptide-MHCI类蛋白质复合体相互作用QM/MM分子动力学模拟研究
论文目录
摘要
第1-5页
Abstract
第5-8页
引言
第8-10页
1 模拟基本算法简介
第10-29页
1.1 经典力学方法的原理
第10-12页
1.2 分子动力学模拟相关算法简介
第12-18页
1.2.1 能量最小化
第12页
1.2.2 周期性边界条件
第12-13页
1.2.3 截断值与最小映像模型介绍
第13-14页
1.2.4 约束条件动力学
第14页
1.2.5 系综及模拟条件
第14-16页
1.2.6 Particle Mesh Ewald算法
第16-18页
1.3 经典分子力学方法的不足
第18-19页
1.4 量子力学算法概述
第19-24页
1.4.1 从头计算法
第19-23页
1.4.2 半经验分子轨道方法
第23-24页
1.5 QM/MM方法的实现
第24-26页
1.5.1 ONIOM方法
第24-25页
1.5.2 QM/MM体系的建立
第25-26页
1.6 电多极矩和静电势的计算
第26-27页
1.7 箱线图分析
第27-29页
2 模型的构建与模拟过程
第29-32页
2.1 蛋白质结构
第29-30页
2.2 模拟过程及其参数
第30-32页
3 结果分析
第32-38页
3.1 口袋氨基酸Saa值箱线图
第32-33页
3.2 识别氨基酸分析
第33-34页
3.3 结合氨基酸分析
第34-35页
3.4 Tot_(Dif)值变化曲线
第35页
3.5 Re f_(Dif)值柱形图
第35-38页
4 结果讨论
第38-41页
结论
第41-42页
参考文献
第42-45页
攻读硕士学位期间发表学术论文情况
第45-46页
致谢
第46-47页
本篇论文共
47
页,
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