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TCR-peptide-MHCI类蛋白质复合体相互作用QM/MM分子动力学模拟研究
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TCR-peptide-MHCI类蛋白质复合体相互作用QM/MM分子动力学模拟研究
论文目录
 
摘要第1-5页
Abstract第5-8页
引言第8-10页
1 模拟基本算法简介第10-29页
　　1.1 经典力学方法的原理第10-12页
　　1.2 分子动力学模拟相关算法简介第12-18页
　　　　1.2.1 能量最小化第12页
　　　　1.2.2 周期性边界条件第12-13页
　　　　1.2.3 截断值与最小映像模型介绍第13-14页
　　　　1.2.4 约束条件动力学第14页
　　　　1.2.5 系综及模拟条件第14-16页
　　　　1.2.6 Particle Mesh Ewald算法第16-18页
　　1.3 经典分子力学方法的不足第18-19页
　　1.4 量子力学算法概述第19-24页
　　　　1.4.1 从头计算法第19-23页
　　　　1.4.2 半经验分子轨道方法第23-24页
　　1.5 QM/MM方法的实现第24-26页
　　　　1.5.1 ONIOM方法第24-25页
　　　　1.5.2 QM/MM体系的建立第25-26页
　　1.6 电多极矩和静电势的计算第26-27页
　　1.7 箱线图分析第27-29页
2 模型的构建与模拟过程第29-32页
　　2.1 蛋白质结构第29-30页
　　2.2 模拟过程及其参数第30-32页
3 结果分析第32-38页
　　3.1 口袋氨基酸Saa值箱线图第32-33页
　　3.2 识别氨基酸分析第33-34页
　　3.3 结合氨基酸分析第34-35页
　　3.4 Tot_(Dif)值变化曲线第35页
　　3.5 Re f_(Dif)值柱形图第35-38页
4 结果讨论第38-41页
结论第41-42页
参考文献第42-45页
攻读硕士学位期间发表学术论文情况第45-46页
致谢第46-47页

本篇论文共47页，点击这进入下载页面。
 
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