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耗散粒子动力学的平衡并行算法及实现

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耗散粒子动力学的平衡并行算法及实现
论文目录
 
摘要第1-6页
ABSTRACT第6-12页
第一章 绪论第12-18页
  · 前言第12页
  · 研究背景第12-15页
    · 耗散粒子动力学研究背景第12-14页
    · 并行计算研究背景第14-15页
  · 课题的研究意义第15-16页
  · 课题主要的研究内容及工作第16页
  · 本文的章节安排第16-17页
  · 本章小结第17-18页
第二章 耗散粒子动力学第18-28页
  · 背景资料第18-19页
  · DPD模拟的基本原理第19-22页
  · 周期性边界条件和最近映像法第22-24页
  · 传统DPD串行程序分析第24-26页
  · 本章小结第26-28页
第三章 耗散粒子动力学的平衡并行化第28-50页
  · 并行化的可行性及并行化思路第28-29页
  · MPI编程与消息传递机制第29-34页
    · MPI消息传递模式及通信数据类型第29-30页
    · MPI的基本函数第30-32页
    · MPI的编程模式第32-34页
  · 并行DPD算法的基本设计第34-39页
    · 空间划分和假想层第34-36页
    · 键力和键角力的处理第36-38页
    · 并行程序实际的编程模式第38-39页
  · 计算子区域的平衡划分算法第39-43页
    · 问题的提出第39-40页
    · 问题的分析第40页
    · 问题的解决第40-43页
  · 数据重建机制第43-44页
  · 任务的分发和结果的收集第44-48页
  · 本章小结第48-50页
第四章 并行算法的实验分析第50-58页
  · 实验内容介绍第50-52页
    · 锚定蛋白质的聚集第50-51页
    · 实验的初始状态及预期的实验结果第51-52页
  · 实验环境介绍第52页
  · 串行DPD程序的模拟结果第52-53页
  · 普通并行DPD程序的模拟结果第53-54页
  · 平衡并行DPD程序的模拟结果第54页
  · 平衡并行DPD算法的扩展性分析第54-56页
  · 本章小结第56-58页
第五章 结论和展望第58-60页
  · 本文的结论第58页
  · 展望第58-60页
参考文献第60-62页
致谢第62-64页
研究成果及发表的学术论文第64-66页
作者和导师介绍第66-67页
硕士研究生学位论文答辩委员会决议书第67-68页

本篇论文共68页,点击这进入下载页面
 
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