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川芎根茎、叶转录组测序及分析

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川芎根茎、叶转录组测序及分析
论文目录
 
摘要第1-8页
Abstract第8-13页
第1章 绪论第13-21页
  1.1 川芎的生物学特性第13-14页
  1.2 川芎的药理作用第14-17页
    1.2.1 传统中药作用第14页
    1.2.2 对中枢神经的作用第14-15页
    1.2.3 对心脏作用第15页
    1.2.4 对平滑肌作用第15-16页
    1.2.5 对肾脏作用第16页
    1.2.6 抑制血管收缩第16页
    1.2.7 抗衰老和抗辐射第16-17页
    1.2.8 其它作用第17页
  1.3 川芎主要成分第17-19页
    1.3.1 有机酸类第17-18页
    1.3.2 生物碱类第18页
    1.3.3 挥发油第18-19页
  1.4 转录组测序第19-20页
  1.5 本文的研究目的和意义第20-21页
第2章 川芎根茎、叶转录组学分析第21-38页
  2.1 材料与方法第21-26页
    2.1.1 植物材料第21-22页
    2.1.2 川芎根茎、叶总RNA提取第22页
    2.1.3 转录组测序第22-23页
    2.1.4 测序的数据统计与评估第23-24页
    2.1.5 序列组装第24页
    2.1.6 Unigene数据库构建第24-25页
    2.1.7 Unigene的功能注解第25页
    2.1.8 Unigene的结构分析第25-26页
  2.2 结果与讨论第26-37页
    2.2.1 川芎根茎、叶总RNA提取第26-27页
    2.2.2 测序统计与质量分析第27-28页
    2.2.3 序列组装结果第28-29页
    2.2.4 RNA-seq序列比对结果第29-30页
    2.2.5 基因GO功能分析第30-33页
    2.2.6 COG功能分类第33-35页
    2.2.7 KEGG代谢通路分析第35-36页
    2.2.8 SSR第36-37页
  2.3 本章小结第37-38页
第3章 川芎根茎、叶转录组差异表达基因分析第38-50页
  3.1 材料与方法第38-39页
    3.1.1 转录组数据第38页
    3.1.2 Unigene表达量分析第38-39页
    3.1.3 差异表达基因筛选第39页
    3.1.4 差异表达基因分析第39页
  3.2 结果与讨论第39-49页
    3.2.1 样品表达量评估第39-40页
    3.2.2 川芎根茎、叶中高表达的Unigenes第40-42页
    3.2.3 差异表达基因(DEG)筛选第42-43页
    3.2.4 差异表达基因的GO分布第43-44页
    3.2.5 差异表达基因的COG分布第44-46页
    3.2.6 差异表达转录因子第46-47页
    3.2.7 与根茎发育相关的差异表达基因挖掘第47-49页
  3.3 本章小结第49-50页
第4章 川芎qPCR内参基因选择第50-60页
  4.1 材料与方法第50-52页
    4.1.1 川芎总RNA的提取与cDNA的制备第50-51页
    4.1.2 内参引物设计第51页
    4.1.3 qPCR扩增第51页
    4.1.4 川芎候选内参基因稳定性分析第51-52页
    4.1.5 川芎候选内参基因稳定性分析第52页
  4.2 结果与分析第52-58页
    4.2.1 RNA的提取第52-53页
    4.2.2 候选内参基因的选择和引物设计第53-55页
    4.2.3 川芎候选内参基因引物特异性第55页
    4.2.4 川芎候选内参基因的表达谱第55-56页
    4.2.5 川芎内参基因筛选第56-58页
    4.2.6 qRT-PCR验证第58页
  4.3 本章小结第58-60页
第5章 阿魏酸生物合成路径第60-68页
  5.1 材料与方法第60-61页
    5.1.1 阿魏酸的化学结构第60页
    5.1.2 阿魏酸的药理活性第60-61页
    5.1.3 阿魏酸的生物合成路径第61页
    5.1.4 阿魏酸关键酶基因研究第61页
    5.1.5 差异表达基因分析第61页
  5.2 结果与讨论第61-66页
    5.2.1 阿魏酸生物合成路径第61-63页
    5.2.2 阿魏酸合成路径基因研究第63-64页
    5.2.3 差异表达基因第64-65页
    5.2.4 关键酶基因COMT分析第65-66页
  5.3 本章小结第66-68页
结论第68-70页
致谢第70-71页
参考文献第71-77页
附录第77-88页
攻读硕士学位期间发表的学术论文及科研成果第88页

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