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利用SLAF-seq技术定位辣椒抗黄瓜花叶病毒病基因

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利用SLAF-seq技术定位辣椒抗黄瓜花叶病毒病基因
论文目录
 
摘要第1-9页
Abstract第9-11页
缩略语表第11-12页
引言第12-13页
第一章 文献综述第13-31页
1 黄瓜花叶病毒(CMV)第13-20页
  1.1 黄瓜花叶病毒简介第13页
  1.2 黄瓜花叶病毒基因组结构第13-14页
  1.3 黄瓜花叶病毒株系划分第14-15页
    1.3.1 根据寄主范围和寄主反应划分第14页
    1.3.2 根据基因组RNA划分第14-15页
  1.4 黄瓜花叶病毒传播途径与症状第15页
  1.5 辣椒抗黄瓜花叶病毒遗传分析第15-17页
  1.6 辣椒抗黄瓜花叶病毒相关QTL定位及连锁标记分析第17-18页
    1.6.1 辣椒抗CMV相关QTL定位第17-18页
    1.6.2 辣椒抗CMV相关基因的连锁标记分析第18页
  1.7 辣椒抗CMV种质资源现状及抗性机制分析第18-20页
    1.7.1 辣椒抗CMV种质资源现状第18-20页
2 辣椒抗CMV分子辅助育种第20-22页
  2.1 分子标记类型第20-21页
    2.1.1 插入/缺失多态性(Insertion/deletion,Indel)标记第20-21页
    2.1.2 单核苷酸多态性标记第21页
  2.2 分子标记辅助育种类型第21-22页
    2.2.1 标记辅助回交第21页
    2.2.2 基因聚合第21-22页
    2.2.3 标记辅助轮回选择第22页
    2.2.4 全基因组选择第22页
3 高通量测序NGS和集群分离分析方法BSA第22-27页
  3.1 高通量测序(High-Throughput Sequencing)第22-26页
    3.1.1 高通量测序(High-Throughput Sequencing)原理与技术流程第22-23页
    3.1.2 高通量测序优点第23页
    3.1.3 单分子测序技术第23-24页
    3.1.4 高通量测序技术在农业科学研究中的应用第24-26页
      3.1.4.1 全基因组测序第24页
      3.1.4.2 基因组重测序第24-25页
      3.1.4.3 简化基因组测序第25-26页
      3.1.4.4 转录组测序第26页
  3.2 集群分离分析方法BSA第26-27页
    3.2.1 DNA池的构建第26-27页
4 SLAF-seq(specific length amplified fragment se-quencing)技术第27-31页
  4.1 多态性SLAF标签后续检验方法第28-31页
    4.1.1 CAPS标记开发第28页
    4.1.2 dCAPS标记的开发第28页
    4.1.3 等位基因特异PCR (AS-PCR)第28-29页
    4.1.4 单链构象多态性第29-31页
第二章 基于SLAF-seq技术定位辣椒抗黄瓜花叶病毒病基因第31-53页
1 辣椒抗CMV表型鉴定第31-33页
  1.1 材料和方法第31页
    1.1.1 供试材料第31页
    1.1.2 父母本接种CMV方法第31页
      1.1.2.1 接种液制备第31页
      1.1.2.2 接种方法第31页
  1.2 结果与分析第31-33页
2 利用SLAF-seq技术定位抗CMV关联区域第33-43页
  2.1 材料和方法第33页
  2.2 SLAF-seq文库构建和SLAF-seq标签开发第33-39页
    2.2.1 酶切方案第33页
    2.2.2 SLAF标记开发第33-34页
    2.2.3 SLAF多态性分析第34-35页
    2.2.4 SLAF标签在染色体上的分布第35-37页
    2.2.5 多态性SLAF标签筛选第37页
    2.2.6 SNP_index标记关联分析第37-39页
  2.3 重测序结果分析第39-40页
    2.3.1 参考基因组对比统计第39页
    2.3.2 SNP检测第39-40页
  2.4 重测序结果与SLAF结果整合分析第40-41页
    2.4.1 关联区域分析第40-41页
  2.5 关联结果功能分析第41-43页
    2.5.1 关联区域基因注释第41页
    2.5.2 关联区域内基因的KEGG富集分析第41-42页
    2.5.3 关联区域内基因COG分类统计第42-43页
3 利用Indel标记进行抗CMV连锁图谱的构建和QTL定位第43-53页
  3.1 Indel标记的开发第43-46页
  3.2 Indel标记分析的材料与方法第46-48页
    3.2.1 试验材料第46-48页
      3.2.1.1 植物DNA的提取第46页
      3.3.1.2 Indel标记分析的方法第46-48页
    3.2.2 InDel标记多态性结果第48页
  3.3 结果与分析第48-50页
  3.4 候选QTL区域生物信息学分析确定辣椒抗CMV候选基因第50-53页
全文结论第53-55页
创新之处第55-57页
参考文献第57-63页
附录第63-67页
致谢第67页

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