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基于高通量测序分析菊花花期芽变‘神马’的成花机制及优异基因挖掘

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基于高通量测序分析菊花花期芽变‘神马’的成花机制及优异基因挖掘
论文目录
 
摘要第1-9页
ABSTRACT第9-12页
缩略词表第12-13页
第一章 文献综述第13-23页
1 植物开花的分子机制第13-19页
  1.1 赤霉素途径第13-15页
  1.2 自主途径第15页
  1.3 年龄途径第15页
  1.4 光周期途径第15-17页
  1.5 春化途径第17页
  1.6 环境温度途径第17-19页
2 EMF基因的研究进展第19-21页
  2.1 EMF基因的分子结构特性第19-20页
  2.2 EMF基因的功能和作用机理第20-21页
3 本研究的目的及意义第21-23页
第二章 基于RNA-SEQ的'神马'与'低温神马'不同光周期花芽分化的转录组分析第23-57页
1 材料与方法第24-31页
  1.1 供试材料第24页
  1.2 药品和仪器第24-25页
  1.3 试验方法第25-31页
    1.3.1 材料的光周期处理与取样第25页
    1.3.2 基因组DNA的提取第25页
    1.3.3 '低温神马'与'神马'的SRAP鉴定第25-27页
    1.3.4 总RNA的提取第27页
    1.3.5 内源赤霉素含量的测定第27页
    1.3.6 转录组数据分析第27-30页
    1.3.7 实时荧光定量实验(Quantitative real-time PCR,qPCR)第30-31页
2 结果与分析第31-53页
  2.1 '神马'和'低温神马'在不同光周期下开花情况不同第31-32页
  2.2 '神马'和'低温神马'的分子鉴定第32页
  2.3 测序产量统计第32-33页
  2.4 De novo组装结果第33页
  2.5 Unigene功能注释结果第33-39页
    2.5.1 NR注释第34-35页
    2.5.2 KEGG注释第35-36页
    2.5.3 COG注释第36-37页
    2.5.4 GO功能注释第37-39页
  2.6 '神马'和'低温神马'不同光周期花芽分化转录组比较分析第39-50页
    2.6.1 Unigene表达差异分析第39-40页
    2.6.2 差异Unigene的GO分析第40-45页
    2.6.3 开花相关基因的差异表达第45-46页
    2.6.4 转录因子的表达差异第46-50页
  2.7 差异显著表达基因的qPCR验证第50-52页
  2.8 赤霉素处理验证第52-53页
3 讨论第53-57页
  3.1 光周期路径和赤霉素路径共同调控短日照条件下菊花的花芽分化和开花第53-54页
  3.2 GA通过诱导CmFTL和SOC1的表达促进长日照条件下菊花的花芽分化和开花第54-55页
  3.3 参与花芽分化和开花的转录因子家族第55页
  3.4 关于CmEMF基因功能的猜测第55-57页
第三章 菊花'神马'EMF2基因表达分析和瞬时转化再生体系的建立第57-71页
1 材料与方法第58-62页
  1.1 实验材料第58页
  1.2 试剂与仪器第58页
  1.3 试验方法第58-62页
    1.3.1 菊花CmEMF2基因的ORF验证第58-60页
    1.3.2 序列分析及系统进化树构建第60页
    1.3.3 菊花CmEMF基因的表达特性分析第60页
    1.3.4 CmEMF2.1基因的亚细胞定位分析第60-61页
    1.3.5 菊花'神马'瞬时转化再生体系的建立第61-62页
2 结果与分析第62-69页
  2.1 EMF2.1和EMF2.2的ORF验证第62-63页
  2.2 序列分析和比对第63-65页
  2.3 菊花CmEMF2基因在不同组织的表达模式第65页
  2.4 CmEMF2对长日照和短日照的响应模式第65-66页
  2.5 CmEMF2在菊花生长发育过程中的表达情况第66页
  2.6 CmEMF2.1基因的亚细胞定位分析第66-68页
  2.7 瞬时转化再生植株的获得第68-69页
3 讨论第69-71页
全文结论第71-73页
创新点第73-75页
参考文献第75-85页
附录第85-95页
攻读学位期间发表的学术论文第95-97页
致谢第97-98页

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